В 940 году Генрих получил от Оттона герцогство Лотарингию, однако, не смог добиться своего признания в этом княжестве и уже к концу 940 года бежал из Лотарингии.

В 941 году Генрих вновь поднял мятеж против своего брата и организовал покушение на убийство Оттона I в Кведлинбурге. Заговор был раскрыт, Генрих схвачен и помещён под арест в Ингелгейм. Однако вскоре братья опять примирились. Более того, после смерти Бертольда Баварского в 947 году, Оттон отстранил его сына от наследования и передал Баварию своему брату Генриху, женатому на племяннице умершего герцога.

Став правителем Баварии, Генрих с успехом отражал вторжения венгров и даже присоединил к своим владениям Фриульскую марку. В 955 году состоялась знаменитая битва на Лехе, в которой немецкие войска наголову разгромили венгерскую армию, что устранило венгерскую опасность для страны. Сам Генрих участия в Лехской битве не принимал в связи с болезнью.

В 954 году Генрих участвовал в подавлении мятежа Людольфа Швабского и Конрада Лотарингского. В следующем году он скончался и был погребён в аббатстве Нидермюнстер в Регенсбурге.

955—976 Генрих II Строптивый (нем. Heinrich der Zänker; 951 — 995) — герцог Баварии в 955—976 годах и с 985 года из Саксонской династии. Генрих получил своё прозвище благодаря его неоднократным восстаниям против императоров Священной Римской империи.

Генрих II был сыном герцога Баварии Генриха I, и Юдиты Баварской из династии Луитпольдингов. По отцу он приходился племянником императору Оттону I Великому.

В момент смерти своего отца Генриху исполнилось лишь четыре года и первое время от его имени Баварией правила мать Юдита. Уже в девятнадцатилетнем возрасте Генрих II организовал заговор против императора Оттона II в 974 году, стремясь завладеть престолом Германии. Однако мятеж был раскрыт, а Генрих заключён под стражу в Ингелгейм.

Вскоре ему удалось бежать и вернуться в Баварию, где он поднял восстание. Имперские войска в 976 году вторглись в герцогство и разбили Генриха II. Он был вынужден бежать, а корона Баварии была передана племяннику императора Оттона II Оттону Швабскому. Более того, восстание Генриха привело к разделу территории Баварского герцогства: в 976 году Восточная марка (будущая Австрия) и Каринтия, включающая территории от Штирии до Вероны, были отделены от Баварии и получили независимость.

Потеря престола не остановила Генриха II: в 977 году он стал инициатором так называемой Войны трёх Генрихов — нового восстания баварской аристократии против императора. Поражение этого выступления в 978 году означало подчинение Баварии центральной власти и падение её значения как одного из пяти основных племенных герцогств Германии. Генрих был арестован и помещён под надзор епископа Утрехтского.

Лишь после смерти императора Оттона II Генрих Строптивый обрёл свободу, но сразу же поднял мятеж против малолетнего императора Оттона III. Хотя и в этот раз ему не удалось овладеть германским престолом, ему была возвращена в 985 году Бавария, а в 989 году и Каринтия. Корону Германии смог получить только сын Генриха Строптивого, Генрих IV.

976—982 Оттон I (нем. Otto I.; 954 — 31 октября 982, Лукка) — герцог Швабии с 973 года и Баварии с 976 года. Сын Людольфа и Иды, внук императора Оттона I и Эдит. Его сестра Матильда была аббатисой монастыря в Эссене.

Луитпольдинги династия.

982—985 Генрих I Младший (нем. Heinrich I; 940—5 октября 989) — герцог Каринтии (976—978, 985—989) и Баварии (983—985, под именем Генрих III), последний представитель династии Луитпольдингов. Генрих I стал первым правителем нового государственного образования в юго-восточной Германии — герцогства Великая Карантания (Каринтия).

Людольфинги династия.

985—995 Генрих II Строптивый вторично.

995—1004 Генрих II Святой (нем. Heinrich II der Heilige; 6 мая 973, Бад-Аббах или Хильдесхейм — 13 июля 1024, Гроне) — император Священной Римской империи, представитель баварской ветви Саксонской династии.

Люксембурги династия.

1004—1009 Генрих I (нем. Heinrich I, фр. Henri I; 960 — 27 февраля 1026) — граф Люксембурга с 988 года и герцог Баварии под именем Генрих V в 1004—1008 и 1017—1026 годах, старший сын графа Люксембурга Зигфрида и Гедвиги.

Людольфинги династия.

1009—1017 Генрих IV Святой вторично.

Люксембурги династия.

1017—1026 Генрих V вторично.

Салическая династия.

1026—1027 Конрад II (около 990—4 июня 1039) — король Германии (1024—1039), первый император Священной Римской империи из Салической династии (коронован 26 марта 1027, Рим Папой Римским Иоанном XIX), сын графа Генриха Шпейерского и Аделаиды Лотарингской, правнук Лиутгарды, дочери Отто I Великого, в 1016 женился на Гизеле Швабской, вдове графа Бруно I Брауншвейгского и герцога Эрнста I Швабского.

1027—1042 Генрих III Чёрный (нем. Heinrich III; 28 октября 1017 — 5 октября 1056, Бодфельд, Саксония, Германия) — король Германии с 1039 года, император Священной Римской империи с 1046 года, герцог Баварии в 1027—1042 годах под именем Генрих VI, герцог Швабии в 1039—1045 годах, король Бургундии с 1039 года из Франконской (Салической) династии, сын императора Конрада II и Гизелы Швабской, дочери Германа II, герцога Швабии.

Люксембурги династия.

1042—1047 Генрих II (фр. Henri II; 1005 — 1047) — граф Люксембурга с 1026 года, герцог Баварии с 1042 года под именем Генрих VII.

Салическая династия.

1047—1049 Генрих VI вторично.

Эццонены династия.

1049—1053 Конрад I фон Цютфен граф фон Цютфен, умер в 1055

Салическая династия.

1053—1054 Генрих IV (нем. Heinrich IV, 11 ноября 1050, Гослар, Германия — 7 августа 1106, Льеж, Бельгия) — германский король, император Священной Римской империи, представитель Салической династии.

1054—1055 Конрад II брат императора Генриха IV.

1055—1061 Агнес де Пуатье вдова императора Генриха III, регентша Германии, умерла в 1077.

Нордгеймская династия.

1061—1070 Оттон Нортхеймский (нем. Otto von Northeim, ок. 1020 — 11 января 1083) — граф Нортхейма, герцог Баварии (1061—1070). Один из лидеров саксонского восстания против императора Генриха IV. Сын графа Бенно Нортхеймского. Представитель Нортхеймской династии.

Вельфы династия.

1070—1077 Вельф IV (нем. Welf IV; ок. 1030/1040 — 9 ноября 1101) — герцог Баварии (Вельф I) 1070—1077, 1096—1101, сын маркграфа Альберто Аццо II д'Эсте и Кунигунды Альтдорфской, сестре герцога Каринтии Вельфа III. Родоначальник второго дома Вельфов.

В 1055 году умер Вельф III, граф Альтдорфа и герцог Каринтии. Он владел большими земельными владениями в Швабии, Реции и Баварии. Поскольку прямых наследников у него не было, Вельф III завещал все владения монастырю Альтдорфа, где аббатисой была его мать — Имица, вдова графа Вельфа II. Она же решила передать эти владения Вельфу IV, единственному сыну своей дочери Кунигунды и итальянского маркграфа Альберто Аццо II д'Эсте.