Функция сопоставления гипотетических протеинов фаги
P482
Структура генов фаги P482 - ORFs 1 до 20
Через последовательность сравнения с базами данных различных ORFs мог функция
сопоставляются. В частности, в области позднего Transkripts из фаги ДНК лежат
Сходства между 80 и 100%. Так что это, скорее всего, чтобы войти в ORF 1 и 2 субъединиц
из Terminase действовать. В Siphoviridae-фаги-это протеин для упаковки
Фаги-ДНК в пустом фаги головы и появление 3'-нависающими cos-Сайта
ответственность (Brüssow, 2001a). Небольшой Terminase-субъединицу фаги λ имеет
ДНК-связывающий домен, а затем АТФ-связующему (Беккера и золото, 1988). Которые
| Page 119 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
большой субъединицы носит также АТП-связующему и Endonuklease функция
(Дэвидсон и золото, 1992). Сравнение белковых последовательностей большой субъединицы из
Terminase показывает Сходство этого Белка с назначением Асен других Lactococcus-фаги,
но также с помощью последовательности Streptococcus-, Lactobacillusи Staphylococcus-фаги
(Desiere et al., 2001).
У всех Lactococcus-фаги с изометрической руководителей следить за Terminase-гены
ORFs, которые участвуют в структуре фаги головы и воротника (Lucchini et al.,
1998). Так что это, вероятно, голова у ORF 4 для соединения протеина между Фаги и
Хвост, у ORF 5 чтобы остов белка и при ORF 6 основной протеин
Фаги головы от P482 действовать. Как сравнение с Streptococcus-фаги показывает, возникают
при этом последовательность сходства фаги других молочнокислых бактерий (Brüssow и
Desiere, 2001b).
В следующем разделе структура генов для строительства расположены
Фаги стержня, опорной плиты и хвост фибры имеют значение. ORF кодирует 12
для основного протеина фаги хвоста и ORF 16 для "ленты meassure" - рулетка
для длины фаги стержня. На примере фаги TP901-1 влияние мог
Длина этого ORFs демонстрируются на длину стебля (Pedersen et al., 2000).
Так укороченные или фага удлинялось на наследство в связи с введением "в рамке"
Удалений или вставок. Белок ORFs в 16 может поэтому к протеину Ч
Фаги λ гомологи функции в P482 выполнить (Katsura, 1987).
Так как структура Генома фаги из-за своего модульного характера часто залуживанный
в качестве белковой или нуклеотидной последовательности, он играет для функции сопоставления отдельных
ORFs важную роль (Casjens et al., 1992). Сравнение последовательности генов,
Молекулярной массы и изоэлектрической точки Lactococcus-фаги P482 и с sk1
с E. coli-фаги λ подчеркивает через последовательность сравнение определенной функции Белка
(Chandry et al., 1997). Рис. 31 показывает пример изоэлектрической большое Сходство
Точки ряда важных белков позднего регион с одинаковой гипотетические функции.
Только у ORFs 7, 8, 10, 17 и 22 изоэлектрической точки отличаются
Lactococcus-фаги для определенных значений λ.
| Page 120 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Рис. 31. Сравнение изоэлектрической точки ряда важных белков позднего области
3 подогнанных dsDNA-фаги.
P482 на заказ ORFs 11 и 13
В области позднего фаги гены ионов проводились в фаги P482 две вставки.
Сравнительный анализ Генома других подогнанный dsDNA-фаги показали, что
P482-специфические ORFs 11 и 13 в морфогенеза модуль для хвоста и
Хвост лихорадок лежат (Brüssow и Desiere, 2001b; Lucchini et al., ICRP, 1999a). Которые
Хвост фибры играют важную роль в "Attachment" фаги к клетке хозяина
и отчасти владеют ферментативной активностью против поверхностных белков (песок Meier, 1994;
Scholl et al., 2001). Адсорбции в E. coli-фаги λ проходит через этого не позволит проникновению в них
карбокси terminalen конец хвоста волокно протеина на J LamB, мальтоза-связывающего
Поверхность белка, вместо (Wang et al., 2000). Хвост фибры находятся между 25 и 160 нм
длинные и состоят из 1 до 3 молекул 1-4 из различных Полипептидов. В
амино-концевой области хвоста волокно протеина связывает при этом к базовой пластине или
Вал фаги, карбокси терминалы к специфическому Рецептору (и Casjens
P482
Sk1
Лямбда
Лизин -
ORF22/O
RF20/R
Holin -
ORF21/O
RF19/S
Инициатор форме
Вания,
Injection -
ORF16/O
RF14/Ч
м
Ajor tail белка
ORF 12/O
RF11/V
м
Ajor head белка
ORF6/O
RF6/E
Head-tail connector
ORF4/O
RF4/B
Term
Inase -
O
RF1/ORF1/Nu
пи
Term
Inase -
ORF2/O
RF2/A
| Page 121 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Хендрикс, 1988). Путем построения гибридной волоконно показали, что
Хозяин спектр λ и Т4 через C-концевой конец ее хвоста fiber генов определяет
(понедельник et al., 1989). В Р1 Му и специфичности Хозяина будет через ДНК-Inversion
меняется. Возникающие хвост фибры обладают теми же амино-терминальной области,
но отличаются в карбокси терминала до конца (Глазго, 1989).
В P482 IGR между стоп-Кодон ORF 11 и начала ORF 12 состоит
некоторыми исключениями из основания аденин (5'-TAAAAATATAAAAA
GGAAAATAAAAAATGA-3'-). На примере протеина Член Совета фаги λ мог
показано, что базовые последовательности 5'-A A/G AAAATGA-3' тип "Slippery-Sequence"
представляет и ведет через смещение чтения одной сетки синтез белка (и Левин
Хендрикс, 1993). Этот элемент также входит в вышеуказанной последовательности. Однако
не Перекрытие происходит между стоп - и Startcodon.
Как Tab. 25 показывает, не имеет P482-специфические ORF 11 только Сходство с фаги
bIL170 и bIL41 936 вида, но и последовательности имеет сходство с ORFs
из P335-фаги Tuc2009, TP901-1, r1t и c2 для видов, принадлежащих фаги с2.
Последние 200 аминокислот карбокси в терминалах конца содержат около 40% идентичные
Аминокислоты, как из Str. thermophilus-фаги известной последовательности разделов. Дюплесси
et al. смогли на примере Streptococcus-фаги показать, что эта последовательность области
хозяина специфичности фаги отвечает. Подобные последовательности указывают на
близкое родство хозяин бактерии Lactococcus и Streptococcus . Через
Различия в последовательности амино-терминальной области позволит проникновению в них осуществляется к каждому
Фаги характерные белки штока и опорной плиты. Модули могут
Рекомбинация Дюплесси и Moineau, 2001) быть заменен (.
В какой степени на рис. 24 представленных IR и DR структуры как Сигнал для Рекомбинации
или Insertion служить события, может быть проверено только в результате мутации эксперименты.
Сравнение cosрегионе фаги sk1 и bIL66 показывает 93% идентичности Последовательности
между ORF50 фаги в sk1 и соответствующем диапазоне bIL66. В bIL66
данная делеция из ORFs 48 и 49 не в окружении "Direct Повторов" (Chandry
et al., 1997). Другой Удаления-/Insertion механизм приводит в bIL67 и c2, двух
Lactococcus-фаги с prolaten головами, по обе стороны deletierten ДНК к 23
ВР-длинный "Direct Repeat" (лубберса et al., 1995).
| Page 122 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
ORFs 21 и 22
В лизиса-Cassette фаги в P482 образом, как и другие фаги с изометрической
Руководителей на Holin (ORF 21) лизин (ORF 22). Из бактериофаги молочнокислых бактерий
двух разных классов лизин-генов известны. В случае P482 N-
Acetylmuramoyl L-аланин Amidase. Этот парень был фаги также в других
936 определены виды, а также находится в Lactococcus-фаги BK5-T US3 и до
(Gasson, 1996a). В отличие от них обладают Lactococcus-фаги LC-3 и один Tuc2009
Лизин в Muraminidase-типа, также в Lactobacillus-фаги mv1, LL-H, АДГ и
Пхи-g1e происходит. Оба класса под Amino терминалы делятся на два домена:
Половина носит ферментативную активность, карбокси терминалы раздел содержит субстрат
связывающих домена (Brüssow, 2001a). Путем генетической модификации лизина des Gens
Фаги Tuc2009 смогли порождает химер из двух доменов с новыми характеристиками
(Sheehan et al., 1996).
Функционально соответствует λ в Holin протеина S фаги. Он продырявит которые
Клеточной мембраны для лизина, который имеет гомологи функция белка из R λ,
свободный доступ к клеточной стенке получает. Это Holin различных фаги владеет „двойной старт
motif“ с двумя метионин Кодона, разделенных одной или двух аминокислот.
По крайней мере одна из этих аминокислот является лизин или аргинин. В случае sk1 которые
два метионина-через три Кодона аминокислоты отделены друг от друга, один из которых
Аргинин (Chandry et al., 1997). Считается, что более короткий протеин для
Разрушение клеточной мембраны несет ответственности, в течение длительного времени перевод продукта
один ингибитор представляет (Янг и Bläsi, 1995).
P482-специфические ORFs 31 и 32
Из P482-специфические ORF 32 владеет картиной на принадлежность Белка к D12-
Класс ДНК(аденин-н6)-Метил Трансфер Асен указывать. Последовательности из
консервативные мотивы CM-I и СМ II шумных F-G-G-G-G (аминокислоты 38-42), L-Y-L-
D-P-P-Y (аминокислоты 222-228) (Timinskas et al., 1995). В идентифицировал как далеко
Аминокислотные мотивы, выводы о функции протеина разрешить, можно следующим образом
оценить. В базах данных последовательностей 163 из 160 видов в настоящее время, в
залуживанные мотив II СМ носить (по состоянию на апрель 2002 года). 58% этих белков указывают на самом деле
Метилирование активности. При 32 функции белков пока не проверен и при
37 последовательностей результат был ложно положительным. Соотношение правильно определили
Последовательностей к общему количеству проверенных последовательностей составляет 71,76%. Кроме того
| Page 123 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
7 белков известны функции ДНК(аденин-н6)-Метил Трансфер Асен удовлетворить,
мотив но не носить. Поскольку в ORF 32 еще другой мотив был выявлен, что
белка функция ДНК(аденин-н6)-Метилтрансферазы назначает увеличивается
Вероятность правильности этого предположения еще раз.
С LlaI и LlaII из L. lactis 2 дополнительные ферменты этого типа известны. У обоих
это Methylase-субъединицы одним ограничением и модификация системы
для фаги спасения. Консервированные мотивы LlaI шумных F-A-G-T-G (aa 32-36) . A-
Y-I-D-P-P-Y (aa 190-196) и являются частью Плазмиды pTR2030 (Hill et al., 1991). LlaII является
также Плазмида-закодированы на pSQR700 и способствует последовательности F-I-G-G-G (aa 43-47) и
V-Y-F-D-P-P-Y (aa 191-197) (Moineau et al., 1995a).
Основная функция ДНК(аденин-н6)-Метил Трансфер Асен состоит в том, что ДНК
Чтобы защитить хозяина от деградации посредством рестрикционных ферментов. Фермента EcoRV из E. coli
последовательность GATATC (Beck et al определяет, например., 2001). В зависимости от
Метилирование состояние первого Аденина палиндром из последовательности двух
различные реакции катализирует. Находится после репликации хозяина ДНК
Hemimethylierung перед, Methylase-субъединицы активно метилированы и вновь
синтезированные цепи. Встречает EcoRV на чужое дна в две нити
Определение последовательности присутствуют unmethyliert, разрезают эти последовательности и зависимости
теряет свою вирулентность. Многочисленные фаги механизмы устойчивости основаны на ограничением и
Модификация систем (см. рис. 1 и Tab. 1).
При P482 которые Methylase не кодируется, но от ДНК хозяина бактерии но
от фаги. Ни в одном из на геноме P482 выявленных стал ORFs
Ограничение субъединицы локализованы. Которые Methylase должно быть так в одиночку эффективно. ORF 32
находится в непосредственной близости от модуля Репликации и будет вместе с ранних генов Фаг
выражен. Возможно, фаги метилированных ДНК сразу после их синтеза и
больше не признаю, поэтому для собственного хозяина фаги обороны. Также в T-even-фаги
от E. coli были метил Асен идентификации (Hattman, 1970). Которые Methylase владеет Т4
Последовательность сходства к ДЭМ-Methylase от хозяина бактерии (Kossykh et al., 1995). Которые
Функция фаги этой кодировке Methylase тем не менее остается неясным. Сравнение
Ферменты из Т2 и Т4, их последовательность отличается в 3 аминокислот, показывает
повышение эффективности метилирования в Т2. Возможно, это является причиной для снижения
Деградация Т2-ДНК (Kossykh et al., 1997).
Помимо ДЭМ-метил Асен т-фаги были лишь немногие ферменты этого
Типа в бактериофаги определены. Это Methylase-Gen (ORF 13) Haemophilus
| Page 124 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
influenzae фаги HP1 находится как в P482 в области раннего фаги гены (Esposito et al.,
1996). Из фага phiCh1 паразитирует Natrialba magadii, представитель архей, и обладает
также ДЭМ-подобного белка с консервированной выше областях. В
сопутствующий ORF находится в области поздних генов и ведет к неполному
Метилирование GATC-последовательностей (Witte et al., 1997). В пробирке протеин способен
ДЭМ--От мутантов E. coli сочетающиеся к животным. Функция в своей естественной среде
но остается неясным (Baranyi et al., 2000). Mx8-это ENTER TEMP фага от Myxococcus
xanthus которого mox-белка в метилирования фаги - хозяина и ДНК участвует
(Magrini et al., 1997). Также в шигеллы Флекснера-фаги SfV были несколько метил Асен
определены из которых соответствует ORF 41 закодированные с помощью ДЭМ-Methylase-тип (Эллисон
et al., 2002).
В ДНК прокариот-метил грунтовки играют важную роль в регуляции
Репликации, Mismatch-ремонт, рекомбинации, и транспозицией
Гена (Marinus, 1989; Polaczek et al., 1998; Radman и Wagner, 1986). Помимо
recA-зависимой рекомбинации (би и Лю, 1994) был в E. coli также является recA-
независимый механизм Рекомбинации обнаружены различные ферменты
метилирование зависимых Mismatch-би ремонт и Liu, 1996) участвуют (. Прежде чем
ДЭМ-Methylase в репликации вновь синтезированных прядь methylieren может, будет у
Неудачно от спаривания mutH-Endonuklease обрыв цепи в GATC-интерфейс
unmethylierten цепи вставить. MutS и MutL обнаружить разрыв цепи и поменять
по unmethylierten прядь. Troester et al. (2000) обнаружили новый, с двумя
описанные выше механизмы Рекомбинации независимых deletion механизм
(Troester et al., 2000). Которые безошибочной ДНК, на которые ДЭМ-Methylase участвует,
зависит от состояния метилирования GATC-обнаружение последовательности.
Которые P482-специфические ORFs 31 и 32 расположены на одном 1150 bp длинные вставки на
кодируя области только 25 bp длинные "Intergenic Region" разделены. Которые
Протеины ORFs 31 и 32 оба указывают на сходство Последовательности от 33 до 36% ORFs
в филогенетически родственников бактерий Streptococcus pyogenes , чьи функции еще
неизвестно Ferretti et al., (., 2001; Smoot et al., 2002). Два через гены, скорее всего так
ДНК-обмен с представителем семейства Streptococcus/Lactococcus или
входящих в нее попасть фаги в P482-геном. От ORF закодированные 32
Methylase могут быть вовлечены в процесс Рекомбинации или деградации
Фаги-через ДНК рестрикционных ферментов хозяина предотвратить.
| Page 125 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
ДНК-репликации модуль ORFs 46-38
Помимо сходства Последовательности ORFs из фаги sk1, bIL170 и TP901-1 назначение
ORF 41 фаги P482 39% идентичности Последовательности к ORF 14 фаги Tuc2009 на.
Этот Genabschnitt кодирует для топоизомеразы I, которая является частью ДНК-репликации модуля
. ДНК-репликации модуль Lactococcus-фаги Tuc2009 содержит другие важные
Гены, как одноцепочечной связи белка, Methylase и "Replisome Органайзер"-
Белка (Brüssow, 2001a). Ни ДНК, ни аминокислотная последовательность сравнений позволяют
назначение этой функции ORFs фаги в P482. Последовательность подобие
ORF 46 для ДНК-полимераз из bIL170, sk1, bIL67 и с2, Допускается презумпция, что
у ORF 46 также для ДНК-полимеразы-субъединицу фаги P482.
Поскольку ORFs 41 и 46 расположены в последовательности модулей между ORFs 38 и 46,
залуживанные области двух других фаги 936 имеет вид, кажется, здесь
для фаги эссенциальная области vorzuliegen. Это может для себя
Механизм репликации этих фаги вида действий. Также в фаги TP901-1 лежат гены
нескольких участвующих в репликации белков подряд. На топоизомеразу I-Gen
(ORF 11) следует Ген для одноцепочечной связывающего белка (ORF 12) и Replicase-
Белка (ORF 13) (Ostergaard et al., 2001).
"Origin of Replication" не может быть идентифицирован для P482. В sk1 он находится
за пределами модуля Репликации на 440 bp длинными "Intergenic Region" между
ORFs 47 и 48 (Chandry et al., 1997). Как Alignment ранних генов фаг
P482, sk1 и bIL170 (рис. 26) показывает, возникают в этой области никакого Сходства
между фаги 936 вида на. Высокая вариабельность фаги-отражает Origins
также в различной устойчивости поведения в Origin атакующих область
Фаги гена резистентности abiK при фаги из P335 - 936-виды сопротивляется (Boucher et al.,
2000).
Endodesoxyribonuclease-функция ORFs 37, 47, 50
На P482-специфические ORFs 37, 47 и 50 способов Сходство с генами других
Организмов, которые обладают Endonuklease активности. Как и Streptococcus thermophilus-
Фаги содержат поразительно низким G+C содержание (Foley et al., 2000). Из Рис. 29
выходит, что эти Сходства не на L. lactis-фаги как bIL170 и r1t
ограничить, а также аминокислота иметь мотивы, из B. subtilis-фаги известны
(Goodrich-Blair и Shub, 1994). Как в P482 три ORFs (ORFs также лежат в bIL170
E11, E20 и E37), которые могут иметь эту функцию. Геном E. coli-фаги
| Page 126 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Т4 содержит 7 протеинов с Endonuklease деятельности (Mosig, 1998). На примере этих фаги
было показано, как тесно ДНК-репликации и рекомбинации связаны друг с другом
. Ферменты, необходимые для репликации ДНК несет ответственности, также являются
Рекомбинация операциях участвует, и наоборот ставят между уровнями
Рекомбинация исходных продуктов для репликации ДНК являются. Mosig (1998) разработал 5
различные модели Взаимодействия рекомбинации и репликации где
Endonukleasen играют роль (Mosig et al., 2001).
Анализ с помощью компьютерных программ PROSITE и PFAM показал ORFs для 37 и
50 принадлежность к семейству HNH-Endonukleasen. Также в ORF с 3 был
программа Sequence БЛОКА мотив HNH-Endonukleasen установлено. Эти
как "Homing-Endonukleasen" назначенных генетических элементов типичным образом
Group I-Интрон закодированы. Позаботьтесь о своем собственном, тоже laterale путем распространения
14-40 bp длинные, бесплатные интро вставок, в которые сам-gesplicte мРНК в Интрон
проанонсировал (Edgell и Shub, 2001). После их консервативные аминокислотные мотивы будут
Endonukleasen в LAGLIDADG-GIY-YIG-His-Cys - и HNH-белка
Семьи разделены (охлаждения Mann et al., 1999).
С момента их первой идентификации в 1970 году в Saccharomyces cerevisiae смогли более
250 представителей "Homing-Endonukleasen Шевалье и Стоддард быть идентифицированы (,
2001). Group I-Интрон в трех царствах Eucaryota, архей и Eubacteria далеко
распространение, а также в митохондриальной и хлоропластах ДНК (Foley et al.,
2000). Как пример Lactobacillus delbruekii-фаги LL-H (Mikkonen и
Alatossava, 1995) и различных Streptococcus thermophilus-фаги показывает, тянется
распространение Group I-Интрон с Endonuklease также функцию фаги от
LowGC грам-положительных бактерий (Foley et al., 2000).
Несмотря на их широкое распространение функции "Homing-Endonukleasen" неизвестно.
Обыкновенно предполагается, что они не более чем конъюнктурный, parasiti дна
Куски представляют. Однако также известны случаи, в которых Интрон хозяина положительно
влияет. В Aspergillus nidulans помогает Интрон кодировке Endonuklease при Splicen от
Хозяина Интрон (Ho et al., 1997). Пример бывший, сейчас в праздник
Хозяин интегрированный геном "Homing-Endonuklease" предоставляет ХО из Saccharomyces cerevisiae представляют.
Это амино кислота способствует мотив LAGLIDADG-семья и который катализирует из Mating
Дрожжи (Kostriken et al., 1983). В отличие от многих описанных в литературе
Group I-интронов, которые рекламируются в генах, работу которых после Сами-в Splicen
mRNAs восстанавливается, с ограничить Интрон фаги в модули P482
| Page 127 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
разные залуживали последовательности областей (см. 4.4.3). Может кто
Group I-Интрон кодированных Endonukleasen в приведенной выше комбинации
Репликации и рекомбинации событий по реорганизации в существующий генофонд
Модули задействованы. Один тип суперинфекции иммунитет передают Endonukleasen I-HmuI
и I-HmuII B. subtilis-фаги SP82. Пока вы еще только однорядная дроби в
ДНК вставки ДНК будет другой, инвазии хозяина концы фаги вырезать
(Goodrich-Blair и Shub, 1996).