Удивительное разнообразие ДНК в окаменелостях
Предположим, мы нашли в Сибири кость мамонта и хотим выделить из нее ДНК, чтобы секвенировать его геном. Для начала мы должны защитить кость от контаминации. Это значит, нам нельзя даже прикоснуться к ней голыми руками, потому что ДНК с наших рук попадет на кость и частично проникнет в ее поверхностные слои. Нам также нельзя дышать на эту кость, помещать ее в нестерильный пакет или позволять другим костям соприкасаться с ней. Итак, мы надеваем перчатки, маски и сетчатые шапочки для волос и храним каждый образец отдельно от других. Когда мы отделяем от образца кусочек, чтобы отправить его в лабораторию (ил. 5), то используем стерильные инструменты, работаем на стерильных поверхностях и после каждого образца обрабатываем все это хлорной известью.
По возвращении в лабораторию после полевых работ мы не достаем образец из стерильного пакета, пока не попадем в лабораторию. Там, облаченные в наши стильные и стерильные одежды исследователей древней ДНК, мы дробим кость в порошок с помощью стерильных дробящих инструментов и выделяем из этого порошка ДНК, используя стерильные растворы и стерильное лабораторное оборудование. По окончании выделения ДНК обломок мамонтовой кости уменьшается до размеров содержимого крошечной прозрачной пробирки: в ней содержится еще меньшее количество жидкости, на вид неотличимой от воды. В этой жидкости должна находиться ДНК мамонта.
А также ДНК бактерий.
А также ДНК грибов.
А также ДНК насекомых, растений, мышей, собак, людей и других живых существ.
Однако эти участки не мамонтовой ДНК не являются контаминантными. Точнее, это не контаминанты в том смысле, в каком таковым считалась бы моя ДНК, найденная в образце. Обнаруженные в нашей выжимке фрагменты ДНК, не принадлежащие мамонту, вероятнее всего, попали внутрь кости до того, как мы ее откопали, – где-то между моментом смерти мамонта и обнаружением его кости в земле. Бактерии, живущие в почве, грибы, насекомые и растения – все это организмы, которые заселяют кость и растут вокруг нее, пока она разлагается в земле. Вода, просачивающаяся сквозь почву, также несет с собой ДНК, которая попадет внутрь нашей кости. Даже моча содержит в себе ДНК. Несколько лет назад мы доказали, что ДНК овец можно обнаружить в Новой Зеландии в тех же слоях почвы, в которых в изобилии встречается ДНК моа, несмотря на то что овцы появились там спустя сотни лет после исчезновения этих птиц. В современной Новой Зеландии живет множество овец. Много овец выделяют много мочи, которая проникает сквозь почву в глубокие слои и смешивается с ДНК моа.
В некоторых костях мамонтов содержится большой процент мамонтовой ДНК по сравнению с ДНК микроорганизмов и других экзогенных источников. Именно эти кости мы предпочитаем использовать для секвенирования. К сожалению, очень трудно определить соотношение ДНК мамонта и других видов ДНК в образце, не продолжив работу и не проведя эксперимент: нужно выделить ДНК, секвенировать ее и посмотреть, что получится.
К счастью, существует несколько общих правил, касающихся сохранности ДНК, которыми можно руководствоваться при выборе образца.
Во-первых, ДНК лучше сохраняется в условиях холода. Химические процессы, в ходе которых происходит ее распад, при низких температурах протекают медленнее. Среди подходящих мест для поиска – замерзшая почва (вечная мерзлота) Арктики, а также пещеры, расположенные на большой высоте. Тропические острова – совершенно не то место, где могла хорошо сохраниться ДНК, что станет плохой новостью для энтузиастов, желающих воскресить дронтов (хотя не все дронты умерли на Маврикии, некоторых из них перевезли в Европу живьем, и в музейных коллекциях можно найти множество их останков).
Во-вторых, ДНК разрушается под действием ультрафиолета. УФ-лучи наносят ДНК одинаковые повреждения при жизни и после смерти, но только у мертвых нет механизмов восстановления ДНК, оберегающих нас от развития ужасного рака кожи каждый раз, когда мы выходим на солнце. Это снова-таки указывает на пещеры как на идеальные места для обнаружения хорошо сохранившихся останков, и можно предположить, что быстро погребенные останки хорошо сохранятся с большей вероятностью, чем останки, пролежавшие незащищенными на поверхности в течение многих месяцев или лет.
В-третьих, вода наносит особенно сильный ущерб ДНК. Быстрое высушивание трупа и его нахождение в условиях низкой влажности или при отрицательной температуре способствует длительному сохранению ДНК. Древнюю ДНК удавалось выделить из естественным образом мумифицированных останков людей, степных бизонов, мамонтов и представителей других видов. Наконец, разные виды тканей в разной степени подвержены повреждению и разложению. К примеру, кости оказались лучшим источником неповрежденной ДНК, чем мягкие ткани, что, возможно, связано каким-то образом со структурой костного матрикса или же с костными клетками самими по себе. Еще один прекрасный источник хорошо сохранившейся ДНК – волосы и шерсть, так как гидрофобная оболочка волоса ограничивает количество воды и микробов, которые могут проникнуть внутрь и повредить ДНК.