Принятие иночества и Епископства.
В 1829 году протопресвитер Иосиф принял постриг с оставлением прежнего имени.
Восьмого (21) августа 1829 года в День празднования иконы Божией Матери «Толгская» старший соборный протоиерей Иосиф Семашко хиротонисан был во Епископа Мстиславского, викария Полоцкой епархии с оставлением присутствующим в коллегии.
Из-за отсутствия в Санкт-Петербурге униатской «церкви» хиротония совершалась в католическом костеле Брестским униатским Митрополитом и Андреевским кавалером Иосафатом (Булгаком) (1756-1838) и Епископом Полоцким Мартусевичем, а также латинским «епископом» Гедройцем.
В марте 1830 года Епископ Иосиф (Семашко) отправился для обозрения Белорусской и Литовской епархий, чтобы на месте проверить, как приняты и как исполнялись на деле преобразовательные меры, направленные к сближению унии с Православием, и что еще требовалось предпринять для достижения намеченной цели.
Обзор епархий продолжался в течение шести месяцев, после чего Епископ Иосиф возвратился в Санкт-Петербург с подробным отчетом Правительствующему Синоду о проделанной работе.
В период с 1830 по 1833 гг. в связи с возникновением мятежа в Царстве Польском правительство Российской Империи не обращало внимания на униатский вопрос должным образом. Однако Епископ Иосиф (Семашко) не оставлял начатого им дела, а потому решительными действиями Владыки ознаменовались 1833-1837 годы.
Второго (15) апреля 1833 года Владыка назначен был Литовским епархиальным греко-униатским Епископом с оставлением членом Греко-униатской коллегии.
Прошение об отставке.
В начале этого периода, не видя деятельной поддержки со стороны Русского правительства в осуществлении намеченных ранее мероприятий, одобренных Императором, Епископ Иосиф (Семашко) решился оставить столь успешно начатое дело и 15 (28) мая 1833 года написал прошение в Святейший Синод о личном присоединении к Православию.
Правительство понимало, что столь решительный, но частный поступок Владыки не принес бы пользы общему великому делу воссоединения униатов с Православием, и предложило владыке временно отложить его намерение, обещая поддержку в исполнении всех его предложений по униатскому вопросу.
Владыка Литовский.
Получив в самостоятельное управление Литовскую епархию, Епископ Иосиф (Семашко) мог в полной мере осуществить на деле свои предложения относительно униатов.
Владыка тщательно ознакомился с положением и настроением духовенства в епархии, состоянием учебного процесса и со всеми другими вопросами епархиальной жизни, ознакомился с людьми, подбирал себе верных помощников. Все его распоряжения направлены были на сближение униатской «церкви» с Православной (устройство иконостасов, введение служебников Московской печати, устранение органов и др.).
В 1834 году Владыка снова обозревал свою епархию. Поездки его по епархии оставляли у всех только благоприятное впечатление. Своим участливым вниманием, кротостью и мягкостью в обращении Епископ Иосиф (Семашко) приобретал всеобщие симпатии, а потому основная масса униатского населения и духовенства принимала нововведения Владыки доброжелательно и охотно содействовала в его начинаниях.
Впрочем, не обошлось и без протестов.
Сопротивление латинян.
Часть духовенства, наиболее близкая к латинству, не соглашалась с реформами Епископ Иосиф (Семашко) и выражала даже письменные протесты на имя Синода и Государя Императора.
Отрицательную роль в этом деле играли польские помещики, от которых духовенство в значительной степени зависело материально.
Много трудностей и противоборства встретил Владыка на благом пути воссоединения, однако в достижении поставленной цели действовал он всегда решительно и твердо.
Так, у Владыки произошли разногласия со сторонниками частных присоединений униатов к Православию. Он прекрасно знал, что есть значительное число лиц, готовых сразу принять Православие, но стоял всегда за постепенное перевоспитание всего униатского народонаселения через униатское духовенство. Такое мнение Епископ Иосиф (Семашко) в дальнейшем полностью оправдало себя.
Коварные враги Православия – латиняне всеми силами стремились помешать Владыке, однако часто возникали недоразумения и среди единоверцев. Так, некоторые русские администраторы нередко угождали польской партии по недомыслию и другим корыстным причинам. В этот период Епископ Иосиф (Семашко) работал до крайнего истощения сил.
В начале 1837 года Владыка стал настойчиво добиваться скорейшего присоединения униатов к Православию, заявляя об их готовности к воссоединению. Вместе с тем не прекращалась и его работа по воспитанию униатского духовенства в духе Православия. Неустанно изменялся и внутренний вид храмов, порядок богослужений в них все чаще восстанавливался по чину Православной Церкви.