Церковь в годы войны 1939-1945 гг. Псковская миссия. Восстановление патриаршества. Изменение государственной политики в области религии.
Вторжение немцев в Россию привело к значительным послаблениям, предоставленными большевиками Церкви, фактически к восстановлению церковной структуры Московского Патриархата. Церковь была нужна как пропагандистский инструмент, мобилизующий русских людей на борьбу и создающий у западных союзников иллюзию восстановления гражданских свобод в СССР. А главная причина была в том, что гитлеровцы открывали на оккупированных территориях закрытые большевиками храмы.
В то время Церковь возглавлял Патриарший местоблюститель, впоследствии ставший с разрешения Сталина Патриархом. В 1930 году он, в интервью иностранным корреспондентам, был вынужден утверждать, что Русская Церковь имеет около 30 тысяч приходов и 163 епископа, занимающих свои кафедры, а закрытие храмов объясняется распространением атеизма.
Подобной риторики от митрополита Сергия требовали и в связи с началом Великой Отечественной войны, и снова на весь мир прозвучали не соответствовавшие действительности слова о том, что в СССР религия не притесняется, а фашисты, якобы, на занятой территории разрушают Церковь, уничтожают православные святыни и преследуют верующих. Но если предыдущие сообщения такого рода вызывали громкие возражения лишь в среде эмигрантов и чад Зарубежной Церкви, на это последнее Местоблюстителю возразил архиерей Московской Патриархии, лишь незадолго до того назначенный самим митр. Сергием Экзархом Литвы, Латвии и Эстонии.
В середине августа 1941 г. экзарху Сергию удалось установить контакт с командованием группы армий «Север» и получить разрешение направить православных миссионеров в занятые российские области для создания «Православной Миссии в освобожденных областях России». Организация миссионерской работы на Северо-западе России стала теперь главной заботой митрополита Сергия. Центром миссии стал Псков.
Благодаря стараниям многих исследователей восстановлена весьма полная картина существования так называемой Псковской православной миссии в годы 1941–1944 годы.
Владыка также взял на себя окормление православного населения областей, прилегавших к его экзархату и занятых немцами, которые относились к юрисдикции Ленинградского митрополита. Псковская миссия — охватывала огромную территорию от Пскова до Ленинграда и включала Остров, Порхов, Опочку, Гдов, Лугу и Гатчину. Спустя всего 40 дней после начала фашистской оккупации на псковскую землю прибыли первые 14 миссионеров.
Явление это было подлинно удивительным. Хотя бы даже потому, что создана была Псковская православная миссия одновременно стараниями главного идеолога нацизма Альфреда Розенберга с одной стороны и советской разведкой с другой. Пользуясь тем, что за время советской власти на Псковской земле не осталось ни одного действующего прихода, Гитлер и Розенберг разработали план восстановления здесь православной жизни, с тем чтобы народ на оккупированных землях не роптал против захватчиков, а, напротив, восхвалял гитлеровскую власть.
В то же время Сталин и Берия выработали свой план, по которому на оккупированных территориях православные священники и монахи должны были быть вовлечены в борьбу с фашистскими оккупантами. Основная ответственность была возложена на главного организатора разведывательно-диверсионной работы на оккупированных территориях Павла Анатольевича Судоплатова.
Православные священники, с одной стороны, вынуждены были в своих проповедях призывать народ к смирению и хвалить немцев за то, что они способствуют возрождению христианства на Псковской земле. С другой стороны, те же священники прятали у себя партизан, людей, разыскиваемых гестаповцами, в том числе и евреев. Есть свидетельства, что в Псково-Печерском монастыре людей прятали под куполами. Никто не мог догадаться, что там можно кого-то скрывать. Все привыкли, что могут быть подпольщики, а что бывают и «подкупольщики», Начиная с 1942 года, православные священники организовали постоянный сбор средств для поддержания советских военнопленных, находящихся в фашистских концлагерях.
Вскоре после освобождения Псковской земли от оккупантов органы НКВД стали арестовывать всех членов Псковской православной миссии. Приговоры им были суровые – от десяти лет до двадцати. Многие не вернулись потом из лагерей.
Многие из священников Псковской православной миссии при наступлении советских войск эмигрировали и окончили свои дни за границей, кто в Швеции, кто в Германии, кто в Америке