В январе 1906 г. в чине поручика поступил в Военное училище. Окончил в 1912 г. вместе с 32-м выпуском и получил звание капитана.

Сентября 1908 года Фердинанд I вступил на царский престол, приняв, по русскому образцу, титул царя Болгарии и объявил о полной независимости страны.

Начиная с 1911 года, наследный великий князь Борис начинает путешествовать за границу и постепенно освобождается от влияния отца. Он также становится известен на международной арене. В том же году он присутствует на коронации Георга V в Лондоне и на похоронах бывшей королевы Португалии Марии-Пии в Турине, где он входит в круг глав государств и членов королевских семей. 1 сентября 1911 года, во время визита к своему крёстному Николаю II, Борис становится свидетелем убийства премьер-министра Петра Столыпина, застреленного на его глазах в киевской опере.

В январе 1912 Борис достигает совершеннолетия. До этого он рассматривал себя как приверженца двух религий, православным и католиком, но после он исповедовал только православие. В том же месяце ему было присвоено звание капитана. Через девять месяцев началась Первая Балканская война, в которой сербы, греки, черногорцы и болгары объединились против Османской империи, чтобы освободить Македонию. Борис участвует в войне в качестве офицера связи при Штабе действующей армии, и часто находится на передовой.

Несмотря на победу в войне, Болгария и её союзники не смогли поделить плоды победы. Тогда Болгария решила напасть на своих прежних союзников и начала в 1913 году Вторую Балканскую войну за раздел Македонии. Борис снова находится в действующей армии. Война кончилась для Болгарии катастрофой, так как большая часть армии пострадала от эпидемии холеры. Борис, наблюдавший всё это, по окончании войны стал убеждённым пацифистом.

После такого военного фиаско, отречение Фердинанда от престола казалось неизбежным. Борису предлагали покинуть дворец, отправиться в войска, чтобы не ассоциироваться с политикой отца и приготовиться к восшествию на престол. Он отказался, ответив: «Я не держусь за власть, если монарх уйдёт, я уйду вместе с ним». Фердинанд не отрёкся, а Бориса отправили в высшую военную школу, где его содержат в тех же условиях, что и других курсантов. Заканчивает в 1915-м Военную Академию.

В 1915 году Фердинанд, подогреваемый реваншистскими настроениями, вводит Болгарию в Первую мировую войну на стороне Германии и Австро-Венгрии. Борис протестует против этого решения, но попадает под арест на несколько дней. Знавшие об этом Франция и Великобритания поэтому немедленно признали его царём в 1918 году. После ареста князь был назначен офицером специальной миссии Генерального Штаба болгарской армии, состоявшей в основном в координации действий разных фронтов и контроля за качеством военных операций. На этом посту он регулярно оказывался на линии фронта и лично познакомился с многими офицерами. С февраля 1916 г. — майор, а с января 1918 г — подполковник. Сразу после воцарения получает звание генерал-майора, а в октябре 1928 — генерала от инфантерии.

Болгария при Фердинанде потерпела несколько крупнейших военных поражений:

Во Второй Балканской войне, в результате чего Болгария вынуждена была передать соседям значительные территории, а также вынуждена была им платить репарации;

В Первой мировой войне, в результате чего по Нёйискому мирному договору потеряла дальнейшие территории, в том числе выход к Эгейскому морю, и должна была выплачивать значительные репарации победителям.

Население было недовольно, а страны, победившие в войне, требовали отречения Фердинанда от престола. Он выполнил это требование, отрёкся в пользу своего сына, и с тремя остальными детьми отправился в изгнание в свой родной город Кобург. 3 октября 1918 года в этих обстоятельствах князь Борис вступил на болгарский престол под именем Бориса III.

Начало правления было неудачным. Борис не имел достаточного опыта и был оторван от семьи (он не видел двух сестёр до конца 1921 года и своего брата Кирилла до 1926 года. Два неурожая 1917 и 1918 годов, карточная система и иностранная оккупация вызвали повышенную активность ультралевых партий: Земледельческого союза и коммунистов. Из всех стран, проигравших Первую мировую войну, только Болгария сохранила монархию.

6 октября 1919 года выборы привели к власти Земледельческий Союз, и царь был вынужден назначить его лидера, Александра Стамболийского, премьер-министром. Болгария была преимущественно аграрной страной, и премьер-министр был чрезвычайно популярен среди крестьян. Он быстро высказал свою враждебность как среднему классу и армии, так и самой идее монархии[27], и установил авторитарное правление. Борис неоднократно пытался высказать ему своё недовольство, но получил ответ, что болгарский царь царствует, но не управляет. Он признавался близким: «Я чувствую себя владельцем посудной лавки, к которую запустили слона. Я должен буду собрать осколки и залечить раны».

Июня 1923 года военный переворот сверг правительство Земледельческого союза, Стамболийский был захвачен и расстрелян. Один из лидеров переворота, Александр Цанков, был назначен премьер-министром нового правительства. Переворот стал началом долгого периода внутренней нестабильности. 23 сентября 1923 года произошло восстание, начатое коммунистами и продолжавшееся несколько дней. Оно было подавлено, после чего начался «белый террор», при котором жертвами террористических и анти-террористических сил стали около 20 тысяч человек. В одном только 1924 году произошло около двухсот политических убийств.