С 1560 года Альбрехт управлял также графством Глатц в качестве преемника своего дяди Эрнеста Зальцбургского, но продал его императору Максимилиану II в 1567 году.

Альбрехт был любителем искусств, меценатом и коллекционером и сделал Мюнхен одним из культурных центров Европы. Книги его личной библиотеки послужили основой для Баварской государственной библиотеки в Мюнхене. Он имел огромную коллекцию греческого и римского антиквариата, картин и монет. Для хранения своей коллекции герцог отвел Антиквариум в Мюнхенской резиденции, ставший крупнейшим залом произведений искусства Ренессанса к северу от Альп. Он пригласил ко двору Орландо ди Лассо и покровительствовал многим другим творческим личностям, что повлекло за собой возникновение немалых долгов.

Альбрехт V был похоронен в Фрауэнкирхе (Мюнхен). Преемником стал его сын Вильгельм.

1579—1597 Вильгельм V Благочестивый (нем. Wilhelm V der Fromme; 29 сентября 1548; Ландсхут — 7 февраля 1626; Шлайсхайм) — герцог Баварии с 1579 по 1597 из рода Виттельсбахов.

Вильгельм родился в Ландсхуте. Он был сыном герцога Альбрехта V и его жены Анны Австрийской. Он получил иезуитское образование и выказал свою приверженность принципам Контрреформации. Получил прозвище «Набожный», потому что всё свободное время посвящал мессам, молитвам и религиозной литературе. Участвовал в общественной жизни, был паломником. Он, как наследный принц жил в своей резиденции крепость Траусниц в Ландсхуте. Между 1568 и 1578 он преобразил свой готический замок в произведение Ренессанса.

Как его отец и дедушка Вильгельм придерживался Контрреформации. Он сделал своего брата Эрнеста архиепископом Кёльна во время военной кампании 1583. Другой его брат Фердинанд командовал баварской армией первые 18 лет Кёльнской войны, чтобы обеспечить баварскому герцогу титул курфюрста. Союзная испанская армия под командованием Алессандро Фарнезе выслала из Кёльна соперника Виттельсбахов за курфюршество Гебхарда фон Вальдбурга. Это закрепило за баварскими герцогами владение архиепископством и курфюршеством на 200 лет, что служило особой гордостью Виттельсбахов.

Во время правления Вильгельма всё некатолическое население вынуждено было покинуть Баварию. Герцог сформировал Духовный совет, следящий за положением религиозных дел страны. Духовный совет строил новые католические монастыри, храмы и школы. В это время произошло большое количество случаев религиозного сожжения ведьм.

Между 1583 и 1597 годами в Мюнхене были построены основные центры Контрреформации — иезуитский колледж и иезуитская церковь Св. Михаила. Расходы на отправку иезуитских миссионеров в Америку и Азию привели к сильному опустошению казны. 15 октября 1597 года Вильгельм решил отречься от престола в пользу своего сына Максимилиана, а сам ушёл в монастырь, где провёл остаток жизни. Умер Вильгельм в 1626 году в заложенном им дворце Шлайсхайм. Похоронен в храме Св. Михаила, который он же и построил, будучи герцогом.

1597—1623 Максимилиан I (нем. Maximilian I. Kurfürst von Bayern; 17 апреля 1573 — 27 сентября 1651) — герцог Баварии с 1597 года, курфюрст Пфальца в 1623—1648 годах, курфюрст Баварии с 1648 года.

Сын герцога Вильгельма V. Воспитанный иезуитами, он проникся глубокой ненавистью к протестантству. В 1597 году отец передал ему правление, и Максимилиан I постарался водворить порядок в довольно расшатанных делах. Предприняты были реформы в управлении, суде и войске; особенное внимание обращено на финансы; значительно усилена власть князя в ущерб земским чинам.

В 1607 году Максимилиан I присоединил к своим владениям город Донауверт и тотчас же ввёл там католицизм. Когда это побудило колебавшихся дотоле протестантов сплотиться в унию (1608 год), Максимилиан I образовал против них католическую лигу (1609 год) и стал в её главе.

Несмотря на враждебное отношение к Габсбургам, он принял в 1619 году сторону Фердинанда II и выставил под залог Верхней Австрии войско под предводительством Тилли; последний разбил наголову Фридриха V Пфальцского и чехов при Белой Горе под Прагой (1620) и завоевал Пфальц. В награду за это Максимилиан I получил в 1623 году от императора Верхний Пфальц и достоинство пфальцского курфюрста.

Когда при дальнейшем ходе войны император старался подчинить себе и своему полководцу Валленштейну все имперские войска, Максимилиан I постарался разрушить эти планы и способствовал падению Валленштейна на собрании курфюрстов в 1630 году. Когда в 1632 году Густав Адольф занял Баварию, Максимилиан I был оттуда на время изгнан.

В 1637—1638 годах он сражался на Верхнем Рейне с шведами и французами, от которых страна его немало страдала. Желая избавить Баварию от бедствий войны, он, отдельно от союзников, заключил с французами и шведами Ульмское перемирие в 1647 году. По Вестфальскому миру 1648 года он получил верхний Пфальц, графство Кам и утверждение в курфюршеском достоинстве.