Excavata Cavalier-Smith, 2002, emend. Simpson, 2003

Надтип простейших. К данной группе принадлежит множество разнообразных видов: свободно живущих, симбиотических и паразитических, в том числе некоторые важные виды паразитов человека.

2. Клади́стика (от др.-греч. κλάδος (kládos) — ветвь) — направление филогенетической систематики. Характерные особенности кладистической практики состоят в использовании так называемого кладистического анализа (строгой схемы аргументации при реконструкции родственных отношений между таксонами), строгом понимании монофилии и требовании взаимно-однозначного соответствия между реконструированной филогенией и иерархической классификацией. Кладистический анализ — основа большинства принятых в настоящее время биологических классификаций, построенных с учётом родственных отношений между живыми организмами.

Кладистика относится к числу трёх ведущих таксономических школ, доминирующих в современной биологической систематике; ей противостоят фенетика, основанная на количественной оценке так называемого общего сходства (англ. overall similarity), и эволюционная таксономия, которая, подобно кладистике, при построении системы опирается на эволюционную близость (т. е. общность происхождения), однако не требует строгого соответствия системы и филогении (в частности, это выражается в признании права на существование в системе парафилетических групп)^[1].

Кладистика основана на идеях немецкого энтомолога и систематика Вилли Хеннига (1913—1976), изложенных в его работах 1950—1960-х гг., однако название кладистика было впервые использовано только в середине 1960-х годов критиками этого направления филогенетической систематики, а современные формализованные процедуры были разработаны только в 1970-е гг. его последователями в США.

Апоморфный признак (или апоморфия) — это характеристический признак, выделяющий группу видов среди множества других и унаследованный членами группы от их общего предка. Плезиоморфный признак (или плезиоморфия) — это характеристический признак, унаследованный видами группы видов от их общего предка и характеризующий бо́льшую по объёму группу, содержащую первую в качестве своей подгруппы^[4]. Прилагательные «плезиоморфный» и «апоморфный» используются вместо «примитивный» и «продвинутый» для предотвращения оценочного суждения об эволюционных формах, поскольку оба они могут обозначать структуры, крайне полезные при некоторых обстоятельствах и вредные — при других. Нередко набор плезиоморфных форм неформально называется «базисом» для клады или клад, которым этот набор присущ.

Для наглядного представления филогенетических взаимоотношений между различными таксонами в кладистике принято использовать кладограммы — древовидные схемы предполагаемых генеалогических связей таксонов различного уровня, отображающие иерархию монофилетических групп^[5]. При этом терминальным таксонам отвечают терминальные элементы кладограммы, нетерминальным — её рёбра (т. е. междоузлия — вообще говоря, не все, если не всякая клада получает в данной системе статус таксона). Узловые точки кладограммы не соотнесены никаким таксонам: они соответствуют анцестральным (предковым) видам отдельных нетерминальных таксонов, причём такие виды всегда трактуются как гипотетические и не специализированы^[6].

Ряд распространённых в кладистике терминов введён для описания позиций таксонов внутри кладограммы. Вид или клада является базальной группой относительно другой клады, если первая имеет больше плезиоморфных черт, чем вторая. Базальная группа, как правило, насчитывает меньшее количество видов по сравнению с развитыми группами; наличие в кладограмме базальной группы не является обязательным.

Клада или вид, находящийся в кладограмме внутри другой клады, может называться «вложенной» или «вложенным» в эту кладу.

Ч.Дарвин в книге «Происхождение видов…» первым заявил, что естественная система должна быть генеалогической и отражать родственные связи между организмами. Однако пионерские работы в этой области принадлежат немецкому естествоиспытателю Э.Геккелю, автору термина филогенез. Именно благодаря его трудам систематика во многом перестала быть разделом морфологии – тесно связав свою судьбу с филогенетикой, она стала филогенетической. Но классическая филогенетика во многом разрабатывалась именно как классификационная доктрина, задачей которой была разработка исторически осмысленной естественной системы.

На этом основании филогенетику и филогенетическую систематику иногда отождествляют, а принципы филогенетики зачастую рассматривают как принципы филогенетической систематики. Однако это некорректно. Обе названные дисциплины объединяет то, что они действительно исследуют филогенетические (родственные) отношения между организмами и на этой основе выделяют близкородственные группы. Однако для филогенетики, как раздела эволюционной биологии, выявление этих групп служит средством реконструкции процесса филогенеза. В отличие от этого, для филогенетической систематики построение системы таких групп является ключевой и при этом конечной задачей, далее решения которой она, вообще говоря, не идет.

3. Прокарио́ты (лат. Procaryota, от др.-греч. προ «перед» и κάρυον «ядро»), или доя́дерные — одноклеточные живые организмы, не обладающие (в отличие от эукариот) оформленным клеточным ядром и другими внутренними мембранными органоидами (за исключением плоских цистерн у фотосинтезирующих видов, например, у цианобактерий). Для клеток прокариот характерно отсутствие ядерной оболочки, ДНК упакована без участия гистонов. Тип питания осмотрофный и автотрофный (фотосинтез и хемосинтез). Единственная крупная кольцевая (у некоторых видов — линейная) двухцепочечная молекула ДНК, в которой содержится основная часть генетического материала клетки (так называемый нуклеоид) не образует комплекса с белками-гистонами (так называемого хроматина). К прокариотам относятся бактерии, в том числе цианобактерии (синезеленые водоросли) и археи. Потомками прокариотических клеток являются органеллы эукариотических клеток — митохондрии и пластиды.