Преимущества и недостатки метода ПЦР
Преимущества использования ПЦР по сравнению с традиционными микробиологическими методами:
1. Скорость и высокая производительность (то есть возможность параллельного анализа большого количества образцов). Процедура выделения микробной ДНК из клинического материала и последующей ПЦР - амплификации требует для своего завершения не более нескольких часов. Таким образом, весь процесс ПЦР-анализа – от момента поступления образца в лабораторию до получения конечного результата - занимает обычно не более одного рабочего дня. Преимущество ПЦР в скорости по сравнению с культуральными методами особенно заметно при исследовании медленнорастущих микроорганизмов.
2. Высокая специфичность - определяется уникальностью генетического материала каждого вида микроорганизмов. Поэтому при использовании праймеров, комплементарных определенной «видоспецифической» последовательности ДНК, и соблюдении оптимального температурного режима реакции, только ДНК искомого вида подвергается многократному копированию даже в присутствии большого количества другой, «балластной», ДНК, например ДНК человека или других видов микроорганизмов.
С другой стороны, всегда следует помнить об «узкой направленности» ПЦР в отличие от культуральных методов, которые позволяют выявить рост различных видов микроорганизмов при посеве на первичные накопительные среды.
3. ПЦР отличается чрезвычайновысокой чувствительностью. Теоретически для осуществления реакции достаточно всего одной копии искомой ДНК (РНК)- последовательности в исследуемом материале.
Чувствительность порядка 0,5-1 микроорганизма на пробу вполне реальна для ПЦР, что позволяет использовать ее даже в тех случаях, когда серологические и бактериологические исследования не дают положительного результата, вследствие крайне низкого микробного титра (например, при контроле инфекционной безопасности донорской крови и органов, диагностике хронических и латентных инфекций).
В то же время экстремальная чувствительность ПЦР требует новых подходов к клинической интерпретации результатов, получаемых в лаборатории. В частности, выявление в клинических образцах сапрофитных и условно-патогенных микроорганизмов может не означать наличия патологического процесса и поэтому не может быть автоматически интерпретировано как диагноз, особенно на фоне благополучной клинической картины у пациента. По этой же причине следует с осторожностью использовать ПЦР для анализа образцов с характерным полимикробным сообществом (кал и материал, полученный из верхних дыхательных путей и гениталий).
Экстремальная чувствительность реакции ферментативной амплификации ДНК является одновременно ахиллесовой пятой технологии ПЦР. Этот парадокс известен также как проблема чувствительности ПЦР к загрязнению (контаминированию) посторонними молекулами ДНК, которые могут служить мишенью для используемого набора праймеров. Даже единичные молекулы загрязняющей ДНК могут быть многократно копированы в процессе ПЦР, приводя к образованию целевого ДНК-продукта, а следовательно, к ложноположительному результату.
Существуют разные источники ПЦР - загрязнения. Наиболее частым является контаминирование реакционной смеси ДНК-продуктами предыдущих реакций. В результате ПЦР в каждой реакционной пробирке может образовываться более миллиарда копий исходной последовательности ДНК, каждая из которых, в свою очередь, является потенциальной мишенью для последующей амплификации. В процессе анализа синтезированные фрагменты ДНК могут легко распространяться в лаборатории в виде аэрозоля (при открывании реакционных пробирок), через руки исследователей и лабораторные принадлежности, загрязняя реактивы и материалы, используемые в ПЦР, и приводя к ложноположительному результату анализа образцов, в которых исходно отсутствовала ДНК искомого возбудителя.
В случае высокой концентрации микробной ДНК, в исследуемом клиническом материале ПЦР - загрязнение может происходить при переносе даже небольшого количества ДНК из одного образца в другой, например, через поверхность перчаток при открывании пробирок с образцами или через приспособления, используемые для механической гомогенизации тканей.
При использовании ПЦР с универсальными праймерами (см. выше) источником загрязняющей ДНК могут служить коммерческие препараты ДНК-полимераз и других реактивов, применяемых в ПЦР.
В связи с опасностью получения ложноположительных результатов в лабораториях, постоянно использующих ПЦР в диагностических целях, необходимы соблюдение строгих требований и специальные подходы, направленные на снижение риска ПЦР - загрязнения.
1. Одним из наиболее существенных требований, предъявляемые к диагностическим ПЦР - лабораториям, является необходимость разделения лаборатории на «пред – ПЦР - помещения», где осуществляются обработка образцов и приготовление реакционных смесей, и «после - ПЦР – помещения», где анализируются продукты реакции. Обязательными являются также раздельное хранение реактивов и материалов, используемых на разных этапах ПЦР, максимальное использование одноразовых пластиковых материалов на этапе, предшествующем амплификации, и регулярная обработка помещений ультрафиолетовым (УФ) излучением, повреждающим загрязняющие последовательности ДНК.
Дополнительные меры, обеспечивающие защиту ПЦР от загрязнения, могут включать использование ламинарных боксов для работы с образцами и приготовления ПЦР-смесей, специальные биохимические (урацилгликозилаза) и физико-химические (УФ излучение + изопсорален) методы инактивации ПЦР-продуктов. Особенно важно для оценки достоверности данных ПЦР-анализа и отсутствия ложноположительных результатов регулярное исследование отрицательных контролей (не содержащих ДНК-мишень) параллельно с клиническими образцами.
2. Помимо опасности получения ложноположительных результатов существует и обратная проблема, связанная со снижением чувствительности ПЦР, следствием которого являются ложноотрицательные результаты.Напрактике вопрос о соотношениитеоретической(то есть максимально возможной)и реальной чувствительности ПЦР не всегда решается однозначно. Чувствительность ПЦР может быть снижена вследствие многих причин, наиболее важной из которых является ингибирование реакции компонентами биологических образцов.
Ингибиторы ПЦР могут присутствовать в образцах крови (гемоглобин), мокроты, мочи, биопсийном материале. Различные вещества, например, часто используемые антикоагулянты (особенно гепарин) или компоненты кровяных питательных сред, могут также подавлять реакцию амплификации ДНК. Ингибирование ПЦР обычно можно выявить путем искусственного добавления ДНК-мишени к исследуемому образцу и ее последующей амплификации. Отрицательный результат, полученный с заведомо положительным контролем, может говорить о наличии ингибиторов, для устранения которых необходимо использовать разведение образцов или специальные методы подготовки проб.
Серьезную проблему представляет также выбор конкретных методов подготовки клинических образцов к исследованию с помощью ПЦР. В настоящее время не существует универсальных подходов к выделению ДНК разных видов микроорганизмов из различных источников. Быстрые методы подготовки проб, предусматривающие возможность автоматизации, иногда не позволяют достичь требуемого уровня чувствительности. С другой стороны, многоэтапные методики, позволяющие очистить и сконцентрировать микробную ДНК для ПЦР-анализа, оказываются трудоемкими и могут увеличивать риск контаминирования образцов.
Наконец, ПЦР является дорогостоящей. Для ее реализации необходимо комплексное оснащение лаборатории, включая не только термоциклер и устройство для ДНК-электрофореза, но и отдельные центрифуги, холодильники, дозаторы и другое оборудование. Затраты на ПЦР включают высокую стоимость реактивов и расходуемых материалов. Поэтому только в случае выявления и исследования труднокультивируемых возбудителей ПЦР может быть сопоставима по стоимости с традиционными микробиологическими методами.
Список рекомендуемой литературы
1 Колычев Н. М., Госманов Р.Т. Ветеринарная микробиология и иммунология - 2-е изд.
перераб. и доп. - Омск, 1996.
2 Костенко Т.С. и др. Практикум по ветеринарной микробиологии.-Москва, 1989.
3 Коляков Я.Е. Ветеринарная микробиология-изд. 2-е доп. и испр.- Москва,1965.
4 Коляков Я.Е. Ветеринарная микробиология-изд. 1-е доп. и испр.- Москва, 1960.
5 Байрак В.А. и др. Практикум по ветеринарной микробиологии. -Москва, 1982.
6 Бакулов И.А., Макаров В.В., Урванцев Н.Н. Методы борьбы с вирусными болезнями
животных. - М.: Россельхозиздат, 1988.
7 Диагностика вирусных болезней животных. - М. Колос, 1980.
8 Онуфриев В.П., Лихачев Н.В. и др. Инфекционные болезни крупного рогатого скота. -
Москва: Колос, 1974.
9 Общая и частная вирусология. Руководство под редакцией Жданова В.М. и
Гайдамович.С.Я. - М.: Медицина, 1982.
10 Сюрин В.Н., Фомина Н.В. Частная ветеринарная вирусология. - М. Колос, 1984.
ПРИЛОЖЕНИЕ А
Классификация вирусов
| Семейства | Род | Болезни |
| Поксивирусы | Парапоксивирусы Каприпоксивирусы Суиспоксивирусы авинопоксивирусы | Контагеозный дерматит овец Оспа овец и коз Оспа свиней Оспа птиц |
| Иридовирусы | африканвирус | Африкансакая чума свиней |
| Герпесвирусы | суидгерпесвирусы α - герпесвирус | Болезнь Ауески Инфекционный ларенготрахеит птиц, Болезнь Марэка, ифекционный ринотрахеит КРС, ринопневмония лошадей. |
| Аденавирусы | аденавирус | Аденавирусная инфекция КРС, птиц. |
| Ортомиксовирусы | инфлюэнцовирус | Грипп свиней, лошадей, птиц. |
| Парамиксовирусы | Парамиксовирус морбилливирус | Парагрипп КРС, болезнь Ньюкасла. Чума КРС, плотоядных |
| Рабдовирусы | лиссавирус | бешенство |
| Ретровирусы | Онковирусы | Лейкоз КРС, птиц |
| ретровирус | Инфекционная анемия лошадей | |
| Каронавирусы | каронавирусы | Инфекционный бронхит птиц, инфекционный гастроэнтерит свиней |
| Тогавирусы | пестивирус | Диарея КРС, чума свиней |
| Буньявирусы | наэровирус | Геморрагический гастроэнтерит МРС |
| Реовирусы | Реовирус | Ротовирусная инфекция КРС, инфекционный бурсит |
| орбивирус | Инфекционная катаральная лихорадка овец | |
| Пикорновирусы | автовирусы | ящур |
| энтеровирус | Везекулярная болезнь свиней,вирусный гепатит утят | |
| Парвовирусы | парвовирусы | Вирусный энтерит норок, Алеутская болезнь, парвовирусная инфекционная болезнь собак и свиней |
ПРИЛОЖЕНИЕ В