Отличие ферментов от неорганических катализаторов
Практикум
По общей и экологической биохимии
Часть II
«Ферменты. Ферментативная кинетика»
Минск МГЭУ
УДК 577:574 (076.5)
ББК 28.69
П69
Рекомендовано к изданию УМО вузов
Республики Беларусь по экологическому образованию
(протокол № 3 от 14 июня 2011 г.)
Авторы:
Бокуть С.Б., зав. кафедрой биохимии и биофизики, доцент, к.б.н.,
Сяхович В.Э., ст. преподаватель кафедры биохимии и биофизики,
Богданова Н.В., преподаватель кафедры биохимии и биофизики,
Докучаева Е.А., преподаватель кафедры биохимии и биофизики,
Дроздов А.С., аспирант кафедры биохимии и биофизики
Рецензенты:
Кафедра клинической лабораторной диагностики Государственного учреждения высшего образования «Белорусская медицинская академия последипломного образования»;
Г.И. Новик, заведующая лабораторией «Коллекция микроорганизмов»
Государственного научного учреждения «Институт микробиологии Национальной академии наук Беларуси», кандидат биологических наук
П69 Практикум по общей и экологической биохимии. Часть II: «Фермен-ты. Ферментативная кинетика» / Бокуть С.Б. и др. – Мн., 2013 – 74 с.
Практикум содержит учебно-методические материалы для проведения лабораторных работ по курсу «Общая и экологическая биохимия» со студентами 2-го курса. Для каждой лабораторной работы приводятся основы теории по определенной теме, контрольные вопросы для подготовки к занятию, список рекомендуемой литературы, перечень заданий к занятию, описание используемых в лабораторной работе приборов, материалов и реактивов. Включены материалы, описывающие классификацию ферментов, принципы методов определения их активности, а также основы кинетики ферментативных реакций.
Все лабораторные занятия написаны авторами настоящего издания совместно.
Соответствует учебной программе курса «Общая и экологическая биохимия» для студентов МГЭУ имени А.Д. Сахарова.
Практикум рекомендуется для студентов ВУЗов, обучающихся по специальностям 1-33 01 05 «Медицинская экология» и 1-80 02 01 «Медико-биологическое дело».
Ó С.Б. Бокуть, В.Э. Сяхович, Н.В. Богданова, Е.А. Докучаева, А.С. Дроздов 2012
Ó Международный государственный экологический университет им. А.Д. Сахарова, 2012
Содержание
| Ферменты. Ферментативная кинетика | |
| Лабораторная работа №4 Сравнительное действие ферментов и катализаторов неорганической природы | |
| Лабораторная работа №5 Количественный анализ каталитической активности ферментов. Анализ амилолитической активности амилазы слюны | |
| Лабораторная работа №6 Кинетика ферментативных реакций Регуляция активности ферментов | |
Лабораторная работа № 4
| Тема: | Сравнительное действие ферментов и катализаторов неорганической природы |
| Цель работы: | Изучение каталитической активности ферментов и сравнение эффективности действия катализаторов биологической и неорганической природы |
Оборудование и материалы:
· Спектрофотометр Solar PV 1251B
· Термостат
· Плитка электрическая
· Пипетки стеклянные на 1 мл и 5 мл
· Микропипетки автоматические
· Цилиндры мерные на 250 мл и 100 мл
· Стакан на 300 мл
· Пробирки стеклянные
· Штативы для пробирок
· Стеклянные палочки
· Предметные стекла
Реактивы:
· Крахмал, 1% раствор
· Гидроксид натрия (NaOH), 10% раствор
· Сульфат меди (CuSO4), 1% раствор
· Раствор Люголя (йод, 1% раствор в KJ, 2,5%)
· Соляная кислота (HCl), 10% раствор
· Вода дистиллированная
Теоретическая часть
Ферменты
Живые системы состоят из достаточно ограниченного набора химических элементов, на долю которых (C, H, O, N, P, S) приходится более 99% общей массы клеток. Поскольку химический состав клеток, существенно отличается от химического состава земной коры, это означает, что биологические системы способны осуществлять химические реакции особого рода.
Если не принимать во внимание воду, почти все молекулы клетки относятся к соединениям углерода. Среди химических элементов Земли именно углерод занимает особое место по способности образовывать множество малых и больших молекул (макромолекул). Из-за малого размера атома и наличия на внешней оболочке четырех электронов атомы углерода могут образовывать прочные ковалентные связи с другими атомами, а также друг с другом, что приводит к формированию колец или длинных цепей и, как следствие, созданию больших и сложных молекул.
Одно из часто встречающихся определений биологических систем сводится к тому, что живые организмы представляют собой автономные самовоспроизводящиеся химические системы, построенные из специфического и вместе с тем достаточно ограниченного набора углеродсодержащих малых молекул и макромолекул.
Итак, основу жизнедеятельности любого организма составляют химические процессы особого рода. Практически все реакции в живой клетке протекают с участием высокоэффективных природных биокатализаторов, называемых ферментами, или энзимами. Рассматривая клеточные метаболические пути, может показаться, что клетка обладает возможностью осуществлять любую необходимую ей реакцию, используя для этой цели соответствующий фермент. В действительности это не так. Хотя ферменты и являются мощными катализаторами, они могут ускорять только те реакции, которые «разрешены» с точки зрения термодинамики. Среди множества энергетически возможных реакций ферменты избирательно преобразуют соответствующие «реагенты», называемые субстратами, по физиологически полезному пути. Таким образом, ферменты управляют всеми метаболическими процессами организма.
До недавнего времени считалось, что абсолютно все биокатализаторы являются веществами белковой природы. Однако в 80-е годы ХХ столетия были обнаружены специфические низкомолекулярные РНК, обладающие каталитической активностью. Эти каталитические РНК по аналогии получили название рибозимов. Остальные известные на данный момент биокатализаторы клетки, число которых превышает 2500, имеют белковую природу и характеризуются всеми свойствами белков. К настоящему времени расшифрованы аминокислотные последовательности сотен различных ферментов, многие получены в кристаллическом виде, по данным рентгеноструктурного анализа установлена трехмерная пространственная структура и описаны механизмы их действия и изучается их роль в клеточных метаболических превращениях.
Подобно неорганическим катализаторам, ферменты: не расходуются в процессе реакции, увеличивают скорость как прямой, так и обратной реакции, не изменяют положения равновесия. Однако белковая природа ферментов обусловливает появление у них ряда свойств, в целом нехарактерных для неорганических катализаторов.
Отличие ферментов от неорганических катализаторов
1. Ферменты имеют более высокую каталитическую активность (в миллионы раз превышающую действие неорганических катализаторов). Например, гидролиз белка в присутствии неорганических кислот и щелочей протекает при 100°С в течение нескольких десятков часов. При участии ферментов этот процесс сокращается до десятков минут при 30–40°С;
2. Каталитическая активность ферментов проявляется в очень мягких условиях (умеренные температуры 37–40°С, нормальное давление, близкие к нейтральным значения рН среды 6,0–8,0);
3. Ферменты обладают высокой специфичностью действия, т.е. каждый фермент катализирует в основном только строго определенную химическую реакцию (для сравнения, платина в органическом синтезе катализирует несколько десятков химических превращений);
4. Скорость ферментативных реакций подчиняется определенным кинетическим закономерностям;
5. Ряд ферментов при формировании третичной и четвертичной структуры подвергаются пост-трансляционной модификации;
6. Размеры молекулы ферментов обычно намного превышают размеры их субстратов;
7. Активность ферментов в клетках строго контролируется и регулируется.