Должен ли налоговый орган при расчете недоимки учитывать сумму налоговых вычетов, не заявленную налогоплательщиком в декларации (п. 1 ст. 171 НК РФ)?

Налоговый кодекс РФ не содержит ответ на данный вопрос.

По данному вопросу есть две точки зрения.

Официальная позиция исходит из того, что в случае выявления недоимки инспекция не обязана уменьшать сумму доначисленного налога на вычеты, не заявленные налогоплательщиком. Есть примеры судебных решений, подтверждающие данный подход.

Противоположная позиция заключается в том, что при расчете недоимки, пеней и штрафа налоговый орган должен учесть сумму вычетов, даже если налогоплательщик не заявил их в декларации.

Подробнее см. документы

Позиция 1. Налоговый орган не должен учитывать при расчете недоимки сумму вычетов, не заявленных в декларации

Письмо ФНС России от 31.01.2008 N 03-2-03/157

Разъяснено, что если в ходе проверки инспекция установит занижение налоговой базы, то у нее нет обязанности уменьшить сумму доначисленного налога на налоговые вычеты, не заявленные налогоплательщиком самостоятельно.

Постановление ФАС Волго-Вятского округа от 06.07.2010 по делу N А79-12979/2009

Суд отклонил довод предпринимателя о том, что, если он не обращался в инспекцию с декларацией с отраженными в ней суммами вычетов, право на вычеты может быть учтено в суде. Суд со ссылкой на п. 1 ст. 81 НК РФ указал, что налогоплательщик может заявить о своем праве на вычет путем отражения суммы этого вычета в налоговой декларации. Поскольку этого сделано не было, инспекция не обязана уменьшать выявленную недоимку на не заявленные в декларации вычеты.

Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 30.06.2010 по делу N А33-13425/2008

Суд учел положения ст. ст. 171, 173 НК РФ и указал, что уменьшение сумм налога на установленные вычеты носит заявительный характер и является правом, а не обязанностью налогоплательщика. Наличие документов, обусловливающих применение вычетов, подтверждает лишь наличие соответствующего права, но не заменяет его декларирования. Поскольку вычеты по НДС не заявлялись налогоплательщиком в налоговой декларации, у налоговой инспекции отсутствовали основания для проверки их обоснованности и документального подтверждения.

Постановление ФАС Поволжского округа от 14.07.2010 по делу N А57-16460/2009

Суд пришел к выводу, что инспекция правомерно не учла вычеты НДС при доначислении суммы налога, поскольку они не были отражены в декларации. При этом суд не учел факта представления предпринимателем деклараций по НДС, поскольку они были представлены после окончания выездной проверки и не являлись предметом ее исследования.

Позиция 2. Налоговый орган должен учесть при расчете недоимки сумму вычетов, не заявленных в декларации

Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 22.06.2010 по делу N А46-18970/2009

Суд пришел к выводу, что при расчете недоимки, пеней и штрафа налоговый орган был обязан учесть не отраженные ранее в декларациях вычеты НДС и образовавшуюся в связи с этим сумму к возмещению, о которых налогоплательщик заявил в ходе представления возражений по материалам проверки. При этом суд отклонил довод инспекции о том, что право на возмещение налога возможно реализовать в порядке ст. 176 НК РФ путем представления уточненной декларации и в ходе выездной проверки такое право не учитывается. Непредставление уточненной декларации не лишает налогоплательщика права на возмещение НДС и не исключает обязанности налогового органа установить фактическую сумму недоимки с учетом имеющейся переплаты.