Завоевание Новгорода Москвой. События накануне: договоренности Новгорода с Литвой и угроза католицизма для Новгорода.
При митрополите Филиппе I вновь резко обозначились нестроения в Пскове и Новгороде. Псковичи снова требовали себе епископа, и их волнение с трудом удалось унять св. Ионе Новгородскому. В самом Новгороде с 1470 г., после смерти св. Ионы, также началось брожение. Ионе был традиционно, по жребию, избран преемник – ризничий почившего архиепископа Феофил, который и должен был отправиться в Москву на поставление. Однако в Новгороде в это время к власти пришла партия знаменитой посадницы Марфы Борецкой, которая держалась пролитовского курса и намеревалась отложить Новгород от великого князя Московского. К Марфе примкнул один из неудачливых кандидатов на архиепископство монах Пимен, бывший ключник Ионы. Пимен успел изрядно наворовать из архиерейской казны, а потому сумел купить себе расположение многих новгородцев. Беспринципный карьерист, он заявил, что готов ехать на поставление к Григорию Болгарину в Киев. Между тем, в том же 1470 г. Григорий отрекся от унии и был признан Константинопольским патриархом Дионисием в качестве митрополита всея Руси, так как Московских Первосвятителей патриарх не признавал. Дионисий направил в Литву, Новгород и Москву грамоты с требованием признания Григория законным митрополитом Константинопольской юрисдикции. Иоанн III написал в Новгород знаменитое послание, в котором приводил уже ставшими традиционными аргументы, подкреплявшие сомнение в истинности Православия греков и обосновывавшие необходимость перехода Русской Церкви к независимости от Константинополя-Стамбула. Иоанн III написал Ионе слова относительно патриарха Дионисия, ставшие впоследствии «крылатыми»: «...не требую его, ни его благословенья, ни его неблагословенья, имеем его от себя, самого того патриарха, чюжа и отреченна».
О восстановлении Православия в Литовской Руси у нас еще будет отдельный разговор. Пока же заметим, что угроза перехода Новгорода в юрисдикцию Григория после его отречения от унии тем самым еще более возросла. При этом отказ самого Григория от унии еще не означал, что угроза обращения Новгорода в католичество исчезала: признав над собой власть монарха-католика, Новгород скорее всего рано или поздно был бы совращен в унию, как это позднее произошло с западно-русскими землями.
Монаха Пимена, который зарекомендовал себя отъявленным проходимцем, новгородцы вскоре изгнали. Однако Марфа Борецкая продолжала вести курс на сближение с королем Казимиром IV Ягеллончиком. Результатом этого стал предательский по отношению ко всей Руси договор с польско-литовским государем, который заключил Новгород. Стремясь сохранить свою вольность, а вместе с ней и торгашеские выгоды, новгородское боярство пошло на откровенную измену интересам Руси. Однако надеяться на то, что Казимир сохранит в Новгороде неприкосновенными его древние вечевые порядки и православную веру, было большой наивностью. Тем не менее, агонизируя, партия бояр-сепаратистов ввергала Новгород в пучину трагического противостояния с Москвой. Нареченный архиепископ Феофил, боясь потерять кафедру, также принял участие в сговоре с Казимиром. В Москве это расценили как политическую измену и отступничество от Православия, так как в искренность отречения Григория от унии здесь не очень верили, но знали о том, сколь стремился угодить Риму католик Казимир IV.
В июне 1471 г. на Новгород двинулся во главе московской рати сам великий князь Иоанн III. Причем вдогонку ему митрополит Филипп послал грамоту, в которой просил государя не проливать крови православных новгородцев, веря, что они придут к нему с повинной. Этого, однако, не произошло. И в результате на реке Шелони произошло сражение, которое окончилось страшным разгромом и избиением новгородцев, хотя силы москвичей были во много раз меньше. Большинство простых новгородцев шло на эту войну, что называется, «из-под палки», воюя за непонятные им интересы партии Борецких. Результат был закономерен. После Шелонского побоища новгородцы прислали к Иоанну посольство во главе с нареченным архиепископом Феофилом просить пощады. Новгородцами великому князю была выплачена гигантская по тем временам контрибуция (15,5 тыс. рублей). Был заключен мир, условиями которого были обязательства новгородцев не отдаваться впредь никогда под власть Казимира и сохранять не только государственное, но и церковное подчинение Москве. После этих событий проблема Новгорода была практически решена. Феофил был рукоположен Филиппом и великорусскими архиереями, и более в Новгороде особых сложностей в церковной жизни уже не возникало.