С 17 октября 1963 года по 1979 год архиепископ Алексий – член Комиссии Священного Синода по христианскому единству и межцерковным отношениям.
Указом Святейшего Патриарха Алексия от 25 февраля 1968 года архиепископ Алексий возведен в сан митрополита.
С 10 марта 1970 года по 1 сентября 1986 года возглавлял общее руководство Пенсионным комитетом, осуществляющим пенсионное обеспечение духовенства, вдов и сирот священнослужителей и лиц, работавших в церковных организациях.
18 июня 1971 года во внимание к усердным трудам по проведению Поместного Собора Русской Православной Церкви 1971 года митрополиту Алексию предоставлено право ношения второй панагии.
Митрополит Алексий активно участвовал в жизни Русской Православной Церкви и выполнял ответственные поручения в качестве члена Комиссии по подготовке и проведению празднования 50-летия (1968) и 60-летия (1978) восстановления Патриаршества в Русской Православной Церкви; члена Комиссии Священного Синода по подготовке Поместного Собора Русской Православной Церкви 1971 года, а также председателя процедурно-организационной группы, председателя секретариата Поместного Собора; с 23 декабря 1980 года он - заместитель председателя Комиссии по подготовке и проведению празднования 1000-летия Крещения Руси и председатель организационной группы этой комиссии, а с сентября 1986 года - богословской группы.
Указом Святейшего Патриарха Пимена от 25 мая 1983 года назначен председателем Ответственной комиссии для разработки мероприятий по приему зданий ансамбля Данилова монастыря, организации и проведению всех реставрационных и строительных работ по созданию на его территории Духовно-административного центра Русской Православной Церкви. Освобожден от этой должности, согласно прошению, определением Священного Синода от 16 сентября 1986 года в связи с назначением на Ленинградскую кафедру.
Определением Священного Синода от 29 июля 1986 года назначен митрополитом Ленинградским и Новгородским с поручением управления Таллиннской епархией. По должности митрополита Ленинградского и Новгородского стал председателем Ленинградского филиала Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата.
Широка и многообразна деятельность митрополита Алексия на экуменическом поприще. В сотаве делегации Русской Православной Церки он участвовал в работе III Ассамблеи Всемирного Совета Церквей в Нью-Дели (1961); избирался членом Центрального Комитета Всемирного Совета Церквей (1961-1968); был участником сессий ЦК ВСЦ в Париже (Франция, 1962), Рочестере (США, 1963), Энугу (Нигерия, 1965), Женеве (Швейцария, 1966); президентом Всемирной конференции «Церковь и общество» - Женева (Швейцария, 1966); членом комиссии «Вера и устройство» ВСЦ (1964—1968) и участником сессии в Архусе (Дания, 1964).
В качестве главы делегаций Русской Православной Церкви участвовал в богословских собеседованиях с делегацией Евангелическо-Лютеранской Церкви Германии «Арнольдсхайн - II (ФРГ, 1962), в богословских собеседованиях с делегацией Союза Евангелических Церквей ГДР - «Загорск-V» в Троице-Сергиевой Лавре (1984), в богословских собеседованиях с Евангелическо-Лютеранской Церковью Финляндии в Ленинграде и Пюхтицком монастыре (1989).
День Святой Троицы, 6 июня 1971 года.
Торжественная встреча Архиепископа Кипрского Макария в Троице-Сергиевой Лавре (фото из ЖМП №12, 1971 г, стр.17)
Слева направо: в белых клобуках митрополитов агенты КГБ СССР «Дроздов» А.М.Ридигер, «Святослав» Никодим Ротов и «Антонов» Филарет Денисенко – все трое враги Православной Церкви (прим авт.)
Более четверти века митрополит Алексий посвящает свои труды деятельности Конференции Европейских Церквей. Он возглавлял дегации Русской Православной Церкви и участвовал в работе на Генеральных ассамблеях КЕЦ в Борнхольме (Дания, 1964), Петшах (Австрия 1967), Ниборге (Дания, 1971), Энгельберге (Швейцария, 1974), на Крите (Греция, 1979), Стерлинге (Шотландия, 1986).
С 1964 года митрополит Алексий - президент Конференции Европейских Церквей, на последующих генеральных ассамблеях переизбирался президентом.
С 1971 года митрополит Алексий - вице-председатель Президиума и Совещательного комитета Конференции Европейских Церквей. На первых заседаниях Президиума и Совещательного комитета КЕЦ, после VII и VIII Генеральных ассамблей 1974 и 1979 годов, переизбран на пост вице-председателя Президиума и Совещательного комитета; 26 марта 1987 года избран председателем Президиума и Совещательного комитета КЕЦ.
На VIII Генеральной ассамблее на Крите в 1979 году митрополит Алексий был основным докладчиком на тему «В силе Святого Духа - служить миру».
Он участник совместных заседаний Президиума Совещательного комитета КЕЦ и сессий Президиума Конференции Европейских Церквей, проходивших в различных странах Европы.
С 1972 года митрополит Алексий - член Совместного комитета Конференции Европейских Церквей и Совета Епископских Конференций Европы Римско-Католической Церкви и участник заседаний этого комитета в Швейцарии (1972, 1974, 1975, 1977, 1982, 1983, 1987), ФРГ (1973, 1 1977, 1981), Дании (1979), Люксембурге (1984), Испании (1986), Италии (1988), Северной Ирландии (1989); участник Европейских экуменических встреч Конференции Европейских Церквей и Совета Епископских Конференций Европы в Шантийи (Франция, 1978), Легумклостере (Дания, 1981), Рива дель Гарда - Тренто (Северная Италия, 1984), Эрфурте (ГДР, 1988).
15-21 мая 1989 года в Базеле (Швейцария) митрополит Алексий возглавил делегацию Русской Православной Церкви и был сопредседателем Европейской экуменической ассамблеи «Мир и справедливость».
Митрополит Алексий - инициатор и председатель четырех семинаров Церквей Советского Союза - членов КЕЦ и Церквей, поддерживающих с этой экуменической организацией братское сотрудничество, проходивших в Пюхтицком Успенском женском монастыре в 1982, 1984, 1986 и 1989 годах.
Митрополит Алексий снискал авторитет и признание на благородном поприще активного церковно-общественного патриотического и миротворческого служения.
С 1962 года он член Эстонского республиканского комитета защиты мира;
с 1963 года - член правления Советского фонда мира, участник всесоюзных конференций и заседаний бюро правления Фонда мира;
участник учредительного собрания общества «Родина», на котором избран членом совета Общества с 15 декабря 1975 года;
переизбран членом совета общества «Родина» 27 мая 1981 года и 10 декабря 1986 года;
24 октября 1980 года на V Всесоюзной конференции Общества советско-индийской дружбы избран вице-президентом этого Общества;
делегат IV Эстонской республиканской конференции Общества дружбы и культурной связи с зарубежными странами; 13 февраля 1981 года избран членом правления Эстонского республиканского общества дружбы и культурной связи с зарубежными странами; 20 декабря 1986 года переизбран членом правления Общества;
17 марта 1987 года избран членом правления Эстонского республиканского фонда культуры;
11 марта 1989 года избран членом совета Фонда славянской письменности и славянских культур;
делегат Конференции представителей советской общес-твенности за всеобщее разоружение и мир (29-30 мая 1962); Всесоюзной конференции представителей советской общественности за мир, национальную независимость и разоружение (17-18 июня 1965); Всемирного конгресса за мир и мирное сотрудничество (ноябрь 1964, Нью-Дели, Индия); Советской конференции сторонников мира (9-10 октября 1974); Всемирного форума миролюбивых сил (14-16 января 1977); Всемирной конференции «Религиозные деятели за прочный мир, разоружение и справедливые отношения между народами» (6-11 июня 1977, Москва);
председатель секретариата и делегат Конференции представителей всех религий в СССР за сотрудничество и мир между народами (1969);
участник Всесоюзной конференции, посвященной итогам V Всехристианского конгресса в Праге (14-16 ноября 1978, Москва);
глава делегации Русской Православной Церкви на коллоквиуме КЕЦ «Церкви Европы и Хельсинки» (октябрь 1975, Буков, ГДР);
делегат II Всехристианского мирного конгрессе в Праге (1964);
председатель комиссии «Мир и экумена» Христианской Мирной Конференции (1964-1968);
делегат от Русской Православной Церкви на Международной межрелигиозной встрече по созыву Всемирной конференции религиозных деятелей, 1982 года;
почетный гость Всемирной конференции «Религиозные деятели за спасение священного дар жизни от ядерной катастрофы» (10-14 мая 1982 Москва);
делегат Всемирной Христианской Конференци «Жизнь и мир» (20-24 апреля 1983, Упсала, Швеция). Избран на этой конференции одним из ее президентов;
участник Исследовательской консультации КЕЦ «Динамика надежды: доверие, разоружение, мир» (26-31 мая 1983, Москва);
с 19 декабря 1983 года - член общественной комиссии Советского комитета защиты мира по связям с религиозными кругами, выступающими за мир;
сопредседатель встречи религиозных деятелей Советского Союза и Индии, посвященной современному международному положению, в частности районе Индийского океана (1-2 октября 1984, Москва);
делегат Всесоюзной конференции сторонников мира (23 января 1985, Москва);
29 ноября 1986 года избран членом Ленинградского областного комитета защиты мира на Ленинградской областной конференции сторонников мира;
утвержден членом Комиссии по вопросам развития культуры, языка, национальных и интернациональных традиций, охраны исторического наследства Совета Национальностей Верховного Совета СССР;
избран 24 января 1990 года членом правления Советского фонда милосердия и здоровья; 8 февраля 1990 года - членом президиума Ленинградского фонда культуры;