Автомобильный общественный транспорт
Междугороднее автомобильное сообщение из городского округа «город Якутск» осуществляются рейсовыми автобусами и таксомоторными службами во все районы республики, за исключением западных и арктических.
Рейсовыми автобусами осуществляют перевозки до п.Мохсоголлох Хангаласского улуса, с.Намцы Намского улуса, с.Исит Хангаласского улуса, с.Майя Мегино-Кангаласского улуса и г.Нюрба Нюрбинского улуса.
Все населенные пункты городского округа «город Якутск» связаны сетью автобусных маршрутов. Городские и пригородные пассажирские перевозки осуществляются автобусами. Троллейбусное и трамвайное сообщение в ГО «город Якутск» отсутствует.
Пассажирская сеть ГО «город Якутск» включает в себя 19 городских и 6 пригородных маршрутов, на которых ежедневно перевозится более 100 тыс. пассажиров. В среднем, ежедневно на выполнение маршрутов выходит 550 автобусов, в том числе на городские маршруты 520 автобусов и на пригородные маршруты – 35 автобусов.
В летний период дополнительно открываются 3 сезонных дачных маршрута и маршрут на местность «Ус Хатын» (осуществляется только во время проведения городского праздника Ысыах).
Городские маршруты, в основном, обслуживаются, автобусами малой вместимости типа ПАЗ-3205. Пригородные маршруты обслуживаются муниципальным пассажирским автотранспортным предприятием, владеющим автобусами большой вместимости (Zonda YCK 6105 НС, КАВЗ 4235-03, ЛиАЗ 5256).
В ГО «город Якутск» наблюдается сокращение автобусного парка. Число автобусов сократилось с 908 единиц в 2005 году до 774 единиц в 2011 году. При этом наибольшее сокращение их количества наблюдалось в 2010 году.
Изменение количества автобусов в г. Якутске, единиц
Сегодня городской автобусный парк состоит из 56 автобусов МУП «ЯПАК» и 750 автобусов, эксплуатируемых некоммерческим партнерством «Союз Авто».
В среднем, ежедневно на линию выходит 40-44 автобусов МУП «ЯПАК», остальные автобусы на данный момент не используются из-за отсутствия запчастей или полного использования полезного ресурса. Данное количество автобусов недостаточно для качественных пассажирских перевозок, особенно по сезонным дачным маршрутам.
Движение автобусов по внутригородским маршрутам осуществляется по интервалам, и составляет от 5 до 30 минут, в зависимости от времени работы и маршрута движения. В среднем ежедневно на линию выходит 520 автобусов НП «Союз Авто», что также недостаточно, в отдельных случаях интервалы движения автобусов достигают до 40 минут, что негативно сказывается на качестве оказываемых услуг.
Речной транспорт
Речные перевозки в ГО «город Якутск» функционируют на базе грузопассажирского порта г.Якутска, расположенного в северной части города, вдоль протоки «Городская». Порт осуществляет погрузо-разгрузочные работы, хранение грузов и пассажирские перевозки. Общая длина причального фронта составляет 1100 м.
Пассажирские перевозки осуществляются с такими населенными пунктами республики как Хандыга, Олекминск, Сангар, Жиганск, Исит и Тикси.
Основным речным грузоперевозчиком в ГО «город Якутск» является ОАО «Ленское объединенное речное пароходство», приписной флот которого насчитывает 328 единиц флота общей грузоподъёмностью около 400 тысяч тонн.
Воздушный транспорт
В связи с ограниченной транспортной доступностью большинства районов Республики Саха (Якутия) большое значение в осуществлении грузопассажирских перевозок имеет воздушный транспорт. В городе действуют два аэропорта: «Якутск» (основной; осуществляет внутренние республиканские, российские и международные рейсы) и «Маган» (запасной; расположен в одноимённом пригородном посёлке).
В 2012 году был введен новый пассажирский терминал аэропорта «Якутск», оснащенный 3 телескопическими трапами, которые в суровых климатических условиях позволили значительно повысить комфорт воздушных перевозок.
Воздушное сообщение ГО «город Якутск» имеет со всеми районами Республики Саха (Якутия), в которые невозможно попасть автомобильным транспортом или попадание в них связано с большими временными затратами, и многими городами России.
В ГО «город Якутск» базируются основные воздушные перевозчики республики: ОАО «Авиакомпания «Якутия» и ОАО «Авиакомпания «Полярные авиалинии».