Настрої парламенту здалися, однак, Кромвелю небезпечними.
Друга громадянська війна і
Індепендентська республіка.
У травні 1647 на зборі армії сформувався особливий орган - Раду армії, який займався не тільки військовими справами, але й поступово ставав інститутом державного управління.
Між різними течіями парламентської опозиції розбіжності наростали, коли в 1648 році вибухнула Друга громадянська війна.
За підтримки леввелеров армія дозволяє свій конфлікт з Довгим парламентом. У грудні 1648 р. вона окуповує Лондон. Проводиться насильницька чистка парламенту. Зрештою залишається близько 100 слухняних армії депутатів.
Кульмінацією революції став організований за рішенням парламенту суд над королем Карлом 1 (січень 1649), в результаті якого Карл 1 був визнаний «тираном, зрадником, вбивцею і ворогом держави». Суд виніс йому смертний вирок. 30 січня 1649 при величезному скупченні народу на лондонській торговій площі Карлу 1 відрубали голову.
Страта короля стала заключним, формально - юридичним завершенням встановлення в Англії республіки.
Революція тріумфувала перемогу - феодальна монархія було повалено. Актом парламенту від 17 березня 1649 королівська влада оголошувалася знищеної, як «непотрібна, обтяжлива і небезпечна для блага народу». Через 2 дні її долю розділила палата лордів. 19 травня в урочистій обстановці Англія була оголошена республікою.
Вся законодавча влада в країні належала тепер однопалатному парламенту від імені палати громад. Виконавча влада була формально вручена обраному парламентом строком на 1 рік Державній Раді, але з 41 його члена тільки 11 не були одночасно членами парламенту. У Державній Раді всю владу здійснювала офіційно верхівка армії на чолі з Кромвелем. Таким чином, настільки урочисто проголошена республіка на ділі була диктатурою индепендентских генералів, лише прикритої парламентським фасадом.
Політична система влади була нестабільною. У складі Довгого парламенту після 1649 р. залишалося близько 80 членів (т. зв. «Охвістя»). У засіданнях і рішеннях справ брали участь ще менша кількість. Більшість з них були одночасно членами Державної Ради і Ради армії. Надзвичайно зросли авторитет і особиста військова влада О. Кромвеля.
До осені 1651 минуло 11 років з моменту обрання Довгого парламенту. Тим часом залишилося від нього «охвістя» явно не поспішаючи ні з саморозпуском, ні з встановленням граничного терміну своїх засідань. Коли стало очевидним, що «охвістя» готує виборчий закон, яким забезпечувалося повернення його членів до нового парламенту, його час настав.
Квітня 1653 Кромвель у супроводі військового загону з'явився до парламенту і розпустив його своєю владою. Одночасно був розпущений і Державна рада. Його функції перебрав на себе рада офіцерів, поповнений цивільними членами.
У липні 1653 зібрався так званий парламент святих (або «малий парламент» - близько 140 осіб), члени якого були або названі вищими офіцерами, або делеговані церковними громадами.
Настрої парламенту здалися, однак, Кромвелю небезпечними.
До тих пір поки парламент займався питанням про заміну церковного шлюбу цивільним або планував судову реформу, його ще терпіли, але, коли він замахнувся на церковну десятину терпінню офіцерської верхівки прийшов кінець. Не без її «ради» помірне більшість «малого парламенту» 12 січня 1654 стало до Кромвеля і склав свої повноваження. З розпуском Малого парламенту республіка фактично була ліквідована.
Вже через 4 дня була готова нова конституція країни, так зване «Знаряддя управління». Нова конституція, формально найбільше опікувалася «поділ влади», на ділі привела до повного зосередження влади в руках протектора. Кромвель був головнокомандуючим армії і флоту, він контролював фінанси і суд, керував зовнішньою політикою і в перервах між сесіями парламенту видавав ордонанси, що мали силу закону.
Ідея писаної конституції була новою для Англії. Конституція від 13 грудня 1653 встановлювала зовні республіканську, а по суті диктаторську систему влади. Законодавча влада «вільної держави Англії, Шотландії та Ірландії» зосереджувалася в подвійному інституті - парламенті і знову заснованому лорді - протекторі. Парламенту належали виключні повноваження змінювати, призупиняти, вводити нові закони, засновувати податки чи податі. Парламент повинен був скликатися регулярно (раз на 3 роки) і самостійно. Парламент повинен був складатися не менше ніж з 60 членів, «відомих своєю чесністю, богобоязливих і хорошої поведінки».
Вибір на посаду лорда - протектора проводився Державною Радою (членів якого, в свою чергу, обирав парламент). Лорд - протектор мав право затверджувати або відкладати закони парламенту. Він користувався практично необмеженою владою у справах управління. Протектор вважався головнокомандуючим армією, йому повністю належали права у сфері зовнішньої політики. Від його імені проводилися надалі всі призначення посадових осіб. Він мав право помилування.