Депортация чеченцев и ингушей
29 января 1944 года нарком внутренних дел СССР Лаврентий Берия утвердил «Инструкцию о порядке проведения выселения чеченцев и ингушей», а 31 января вышло постановление Государственого Комитета Обороны о депортации чеченцев и ингушей в Казахскую и Киргизскую ССР. 20 февраля вместе с И. А. Серовым, Б. З. Кобуловым и С. С. Мамуловым, Берия прибыл в Грозный и лично руководил операцией, в которой были задействованы до 19 тыс. оперативных работников НКВД, НКГБ и «СМЕРШ», а также около 100 тыс. офицеров и бойцов войск НКВД, стянутых со всей страны для участия в «учениях в горной местности». 21 февраля он издал приказ по НКВД о депортации чечено-ингушского населения. На следующий день он встретился с руководством республики и высшими духовными лидерами, предупредил их об операции и предложил провести необходимую работу среди населения, а уже утром следующего дня началась операция по выселению.
Депортация и отправка эшелонов в пункты назначения началась 23 февраля 1944 года в 02:00 по местному времени и завершилась 9 марта 1944 года. Операция началась по кодовому слову «Пантера», которое было передано по радио. Депортация сопровождалась немногочисленными попытками бегства в горы или неподчинением со стороны местного населения.
По официальным данным в ходе операции были убиты 780 человек, арестовано 2016 «антисоветских элементов», изъято более 20 тыс. единиц огнестрельного оружия, в том числе 4868 винтовок, 479 пулеметов и автоматов. Скрыться в горах сумели 6544 человека.
Депортация балкарцев
24 февраля 1944 года Берия предложил Сталину выселить балкарцев, а 26 февраля он издал приказ по НКВД «О мероприятиях по выселению из КБ АССР балкарского населения». За день до этого Берия, Серов и Кобулов провели встречу с секретарём Кабардино-Балкарского обкома партии Зубером Кумеховым, в ходе которой было намечено в начале марта посетить Приэльбрусье. 2 марта Берия в сопровождении Кобулова и Мамулова съездил в Приэльбрусье, сообщив Кумехову о намерении выселить балкарцев, а их земли передать Грузии, чтобы та могла иметь оборонительный рубеж на северных склонах Большого Кавказа. 5 марта вышло Постановление ГКО о выселении из КБ АССР, а 8-9 марта началась операция. 11 марта Берия доложил Сталину, что «балкарцев выселено 37 103 человека»
Депортация крымских татар
Всего из Крыма было выселено 228 543 человека, 191 014 из них — крымские татары (более 47 тыс. семей). С каждого третьего взрослого крымского татарина взяли подписку о том, что он ознакомился с постановлением, и что за побег с места спецпоселения грозил срок 20 лет каторжных работ, как за уголовное преступление.
Депортации азербайджанцев
Весной 1944 года принудительные переселения были проведены в Грузии. В конце марта 608 курдских и азербайджанских семей численностью 3240 человек — жители Тбилиси, «самовольно оставивших работу в сельском хозяйстве и прибывших на проживание в Тбилиси», были переселены внутри Грузинской ССР, в Цалкинский, Борчалинский и Караязский районы. В городе была оставлена только 31 семья военнослужащих, инвалидов войны, педагогов и учащихся вузов. В соответствии с постановлением ГКО № 6279сс от 31 июля того же года из пограничных районов Грузинской ССР были выселены турки-месхетинцы, курды, хемшилы и другие, причём подконтингент «другие» состоял в основном из азербайджанцев. В марте 1949 года численность азербайджанских спецпоселенцев, выселенных из республики, составляла 24 304 человека, которые в течение 1954—1956 гг. фактически были сняты с учёта спецпоселений.
В 1948—1953 гг. переселению подверглись азербайджанцы, проживавшие в Армении. В 1947 году первый секретарь Коммунистической партии Армянской ССР Григорий Арутинов добился принятия Советом министров СССР постановления «О переселении колхозников и другого азербайджанского населения из Армянской ССР в Кура-Араксинскую низменность Азербайджанской ССР», в результате чего до 100 тысяч азербайджанцев подверглись переселению «на добровольных началах» (а по сути — репатриации) в Азербайджан. 10 000 человек было переселено в 1948 году, 40 000 — в 1949 году, 50 000 в 1950 году.