Шахмурад поддерживал тесные взаимоотношения с Османской империей и несколько раз отправлял в Стамбул послов.

Шахмурад скончался 30 ноября 1800 года и был похоронен на кладбище Ишан Имло в Бухаре, рядом с могилами почитавшихся им суфийских наставников – Хаджи Хабибуллы и шейха Мухаммад Сафара. К сожалению, его могила как и все кладбище было разрушено большевиками в 1930-х годах.

Преемником Шахмурада стал его старший сын эмир Хайдар.

1800-1826 Хайдар (1775—1826, годы правления 1800—1826) — четвёртый правитель узбекской династии мангытов Бухарского эмирата, старший сын эмира Шахмурада.

Хайдар был старшим сыном эмира Шахмурада, а его матерью была дочь Абулфейз-хана, который был чингизидом, но имел также непрямые генетические корни, восходящие к пророку Мухаммеду. Вероятно, по это причине Хайдар включил в свою генеалогию[как?] эпитет «сайид». Монеты, выпущенные им, также несут приставку «сайид».

В момент смерти отца Хайдар находился в Каршах, откуда был вызван в Бухару. Здесь был проведен традиционный обряд коронации — поднятия на белой кошме, за концы которого держались накиб, аталык, диванбеги и парваначи. На том основании, что мать его была дочерью Абулфейз-хана, и потому Чингисовой крови, Хайдар повелел читать хутбу и бить монету в свое имя.

Хайдар также короновался в Самарканде, взойдя на тронный камень Кукташ. Во время правления эмира Хайдара большое влияние приобрел Хаким кушбеги из мангытов.

В начале XIX в. в состав Бухарского эмирата, помимо основной его территории (долины Зеравшана, Кашка-Дарьи), входила также вся восточная область современной Туркмении, включая Мерв, завоеванный в результате походов Шахмурада. Бухаре же принадлежала значительная часть современного Афганского Туркестана, а также ряд районов нынешнего Таджикистана, в том числе Гиссар, временами также Ходжент (Ленинабад), Ура-тюбе, Пенджикент, Ургут и некоторые мелкие горные владения в верховьях Зерафшанa.

В 1801 году губернатором Самарканда эмир Хайдар назначил гуляма Давлата, который до этого был наместником в Гузаре. В 1817 году эмир Хайдар завоевал Балх, позже были подчинены другие владения к югу от Амударьи — Маймана, Бадахшан и Кундуз. Но в 1822 году был потерян Мерв, захваченный хивинским ханом Мухаммад Рахимом.[

В 1825 году эмир Хайдар заключил мир с правителем Ургута Каттабеком. Его дочь была выдана замуж за сына эмира Хайдара — Насруллу.

По данным Ахмада Дониша, эмир Хайдар «столкнувшись с раздорами и племенными междоусобицами, усмирил старшин и глав племен и стал после этого спокойно править». Вместо узбекских вождей на государственные должности были назначены иноземцы. «На первый взгляд подобные действия казались спасительными для государства, но впоследствии они принесли очень большой вред окраинам страны, так как во время правления его сына, эмира Насрулло, эти старшины и главы племен не могли выполнять никаких обязанностей и отдавали области врагам».

Эмир Хайдар, как государь и полководец, не отличался, особым талантом. Он увлекался изучением богословия и слыл большим ученым в этой области. При дворцовой мечети в арке он открыл медресе и сам был одним из преподавателей. По каждой богословской дисциплине эмир имел до 500 учеников.

Период царствования — эмира Хайдара богат событиями. Ему пришлось несколько раз подавлять мятежи китай-кипчаков на Миянкале, кенегесов в Шахрисабзе, горцев в Хисаре и т. д.

После смерти эмира Хайдара на престол был возведен его старший сын Мир-Хусейн (1797—1826). Он процарствовал всего лишь два месяца и четырнадцать дней (октябрь-декабрь 1826 года). По некоторым данным он был отравлен Хакимом кушбеги. Накануне смерти он оставил престол своему брату, второму сыну Хайдара Умару (декабрь 1826 — апрель 1827 гг.). Вскоре его брат Насрулла захватил власть и в апреле 1827 года взошел на престол.

1826 Мир- Хусейн.

1826-1827 Хайдар Умар.

1827-1860 Насрулла (1806—1860) — пятый правитель Бухарского эмирата (1827—1860), из узбекской династии мангытов третий сын эмира Хайдара.

После смерти эмира Хайдара (1800—1826) на престол был возведен его старший сын Мир Хусейн (1797—1826). Он процарствовал всего лишь два месяца и четырнадцать дней (октябрь-декабрь 1826 года). Накануне смерти он оставил престол своему брату, второму сыну Хайдара Мир Умару (декабрь 1826 — апрель 1827 гг.), который больше занимался развлечением, чем управлением.

Вскоре при поддержке влиятельного премьер-министра государства кушбеги Хакима третий сын эмира Хайдара Насрулла захватил власть и в апреле 1827 года взошел на престол.

Хаким кушбеги сам был из мангытов, братья его управляли двумя провинциями государства, а 13 сыновей заведовали разными округами. Позже после укрепления власти Насруллы, интриги придворных и несогласие Хакима кушбеги с некоторыми поступками Насруллы привели к тому, что в 1837 году он был сослан в Карши, затем в Нурату, а потом вызван в Бухару и отправлен в тюрьму. А в 1840 году он вместе с Аязом тупчибаши был казнен по приказу Насруллы.

Насрулла выпускал монеты не от своего имени, а в честь отца или деда с их именами. Насрулла вел жесткую борьбу против центробежных сил в лице глав родов и племен. В 1837—1845 годах большим влиянием в политической жизни Бухарского эмирата пользовался наиб и глава артиллеристов Абдусаматхан, родом из Тебриза. Абдусаматхан был первым организатором полка сарбазов и отряда артиллеристов — топчи в Бухаре. Насрулла за первые 5-7 лет правления отстранил от должностей всех воинских и гражданских лиц, служивших Хайдару и другим бухарским правителям в течение 200—300 лет. «Нынешние военные и гражданские чиновники бухарские все люди безродные, низкого происхождения», — отмечали современники.

Насрулла пытался расширить границы Бухарского ханства. Осенью 1841 года эмир Насрулла начав поход на Кокандское ханство, захватил Ура-тюбе и Ходжент. Согласно миру, заключенному с кокандским ханом Мухаммад Алиханом к Бухаре отошли Ура-тюбе, Заамин, Йом, а Ходжент управляемый братом Мухаммад Алихана Султан Мухаммадханом, должен был платить дань Насрулле. В 1856 году после 32-го похода Насрулла подчинил себе Шахрисабз. Он привлек подарками на свою сторону 30 тысяч кенагасов и только потом взял Китаб. Беками в регион были назначены мангыты — в Китабе — Аллаярбий, в Шахрисабзе — Абдухаликбий, в Яккабаге — Хамит-ходжа.

По данным Джозефа Вольфа, который побывал в Бухаре в 1844 году, по инициативе Абдусаматхана были казнены несколько англичан, в частности, Чарльз Стоддарт и Артур Конолли. Это привело к резкому охлаждению отношений между Бухарой и Британской империей.

В целом, следует признать, внешняя политика Насрулла не была успешной. Особенно это касается его походов на Коканд и Афганский Туркестан. Насрулла неоднократно совершал походы на Коканд. В 1842 году ему даже удалось захватить город и казнить Мухаммад Алихана с семьей. Но вскоре его наместник Ибрахим был свергнут, а бухарский гарнизон истреблен. Новый поход Насруллы закончился его поражением. Провозглашенного кокандского хана Шерали активно поддержало духовенство Ферганы — ходжи и ишаны, а также хивинский хан Аллакули-хан, вторгшийся в Бухарское ханство. Безрезультатно закончились и другие походы бухарцев.

В последний год своего правления (1860) эмир Насрулла выступил к афганской границе и даже перешел со своими войсками Аму-Дарью около Керки, но затем неожиданно повернул обратно и ушел в Бухару. Таким образом, можно считать, что в период правления эмира Насруллы борьба за Афганский Туркестан между бухарцами и афганцами закончилась победой последних, после чего названная провинция прочно вошла в состав Афганистана.