В 1156 году графство в качестве приданного жены перешло под управление императора Фридриха I Барбароссы.
Незадолго до его смерти, в 1189 году Бургундия перешла во владение его третьего сына — Оттона I (ок. 1170—1200). У Оттона не было сыновей, только две дочери.
Сначала графство в 1200 году перешло к Жанне, а после ее смерти в 1205 году — к ее сестре Беатрис II, которая управляла графством совместно с матерью, Маргаритой де Блуа. Чтобы прекратить беспорядки в графстве, ее дядя, король Германии Филипп Швабский в 1208 году выдал Беатрис замуж за герцога Меранского Оттона II. Но это вызвало конфликт в 1208—1211 годах между Оттоном и графом Осона Этьеном III, внука графа Гильома III, желавшим женить на Беатрис своего сына Жана и вернуть графство под управление Иврейского дома.
Оттон II и его сын Оттон III, чуждые по происхождению, языку и культуре, практически не принимали никакого участия в управлении графством, живя в основном в своих немецких владениях. Поэтому граф Осона, поддерживаемый королем Франции, герцогом Бургундии и архиепископом Безансона, постоянно возглавлял недовольных таким положением местных феодалов. В 1225/1227 году это вылилось в настоящую войну, в которой приняли участие также герцог Бургундии и граф Шампани.
Начиная с 1230 года одним из самых влиятельных людей в графстве становится граф Шалона Жан I Мудрый, сын графа Осона Этьена III. В 1214 году он женился на Маго, дочери герцога Бургундии Гуго III. В 1236 году он женил своего сына Гуго на Алисе Меранской, дочери графа Оттона II. В 1237 году Жан обменял герцогу Гуго Шалон и Осон на сеньорию Сален и ряд других владений, которые принесли ему большое богатство благодаря своим солончакам, а также позволили более активно вмешиваться в бургундские дела. Кроме того эти владения позволили ему взимать дорожные пошлины, поскольку именно через них проходила дорога из Италии во Францию. Кроме того Жан всячески старался увеличить свои владения, выкупая права на разные земли (их в Бургундии у него было больше пятидесяти).
Оттон III Меранский умер в 1248 году. Детей он не оставил, из-за чего его германские владения были были разделены между дальними родственниками. Бургундию же он еще при жизни завещал своей сестре Алисе, жене Гуго де Шалона.
Правление Гуго было довольно беспокойным. С 1250 года у Гуго постоянно возникали конфликты с отцом, желавшим править Бургундией от имени своей невестки. В 1258 году восстало население Безансона против архиепископа Гильома. Восстание поддержали Жан и Гуго, в результате чего оно охватило все бургундское графство. В 1259 году восстание осудил папа Александр IV, призвавший вмешаться короля Франции Людовика IX и герцога Бургундии Гуго IV. Восстание прекратилось в 1260 году.
Гуго умер в 1267 году, а Жан Мудрый — годом позже, оставив от трех браков многочисленное потомство. Графство Бургундия до 1279 года находилось под управлением вдовы Гуго, Алисы Меранской, вышедшей в 1268 году вторично замуж — за Филиппа Савойского. Владения же Жана Мудрого разделили его живые на тот момент сыновья. Один сын, Жан де Шалон (1243—1309), сеньор де Рофор, получивший земли на юге графства. Кроме того, после брака на Алисе, внучке герцога Гуго IV, он унаследовал графство Осер. Другой сын, Жан де Шалон-Арле (1259—1315), унаследовал владения на юге Юры, в центре Бургундии, а также Безансон.
После смерти Алисы Меранской в 1279 году графство перешло под управление сына, Оттона IV. Начало его правления прошло в соперничестве с дядей, Жаном де Шалон-Арле. Оттон был сторонником короля Франции, а Жан — Священной Римской империи, правителем которой в это время стал Рудольф I Габсбург. В 1289 году император воспользовался конфликтом между графом Базеля и графом Монбельяра Рено (братом Оттона IV), решив подчинить графство своему влиянию. Поддерживаемая Жаном де Шалон-Арле, двадцатитысячная армия Рудольфа вторглась в графство, захватив Монбельяр и осадив Безансон, где укрылись Оттон и Рено. Город Рудольфу захватить так и не удалось, но он опустошил окрестности города. Оттон был вынужден подчиниться императору. Безансон при этом получил особый статус и свободу управления, при этом он был выведен из подчинения архиепископа. Жан де Шалон-Арле, благодаря поддержке императора, стал в 1293 году мэром Безансона, а в следующем году стал виконтом Безансона.
В поисках защиты от притязаний Рудольфа, Оттон IV в 1291 году женился вторым браком на Маго (1268—1329), дочери графа Артуа Роберта II. Благодаря этому он сблизился с французским королевским двором. Позже он подписал тайный договор с королем Франции Филиппом IV, по которому обязался выдать старшую дочь, Жанну, за второго сына короля — Филиппа, в качестве приданного он обязался передать графства Бургундия. По тому же договору вторая дочь, Бланка, была обручена с младшим сыном короля — Карлом.
В 1295 году Филипп Красивый, не желая ждать брака, заставил Оттона уступить графство за 100 000 ливров. Однако большая часть дворян отказалась признать Филиппа правителем, объединившись вокруг Жана де Шалон-Арле. Восстание было поддержано Англией и императором, которые финансировали его. Только в 1301 году дворяне графства подчинились королю. Жан де Шалон-Арле в 1303 году получил королевскую пенсию.
Оттон IV, продолжавший носить титул пфальцграфа Бургундии, служил королю Филиппу. Он умер в 1302 году от раны, полученной в битве при Касселе. Его малолетний сын Роберт носил титул пфальцграфа до самой смерти в 1315 году, но реально графством распоряжался король Франции Филипп. В 1306 году он назначил губернатором графства Жана де Шалон-Арле. Брак между сыном короля Филиппом Длинный и дочерью Оттона IV Жанной II (ок. 1293—1330 год), состоявшийся в 1307 году, не изменил ничего, Жан де Шалон-Арле продолжал управлять графством от имени короля. В том же году произошло новое восстание, закончившееся безрезультатно.
После смерти короля Филиппа IV в 1314 году Жанна и Филипп Длинный смогли вступить в управление графством. Став в 1316 году королем, Филипп поручил управление графством жене, которая правила им до самой смерти в 1330 году. В управлении графством ей часто помогала мать, Маго, ставшая в 1302 году графиней Артуа. Сам король Филипп V умер в 1322 году, не оставив сыновей.
Еще при жизни он завещал графство Бургундия своей старшей дочери, Жанне III (1308—1347), которая в 1318 году была выдана за герцога Бургундии Эда IV (ок. 1295—1350 год). После смерти Жанны II в 1330 году графство Бургундия вместе с Артуа вошло в состав бургундского герцогства.
В составе герцогства Бургундия графство, которое с 1336 года в официальных документах стало называться Франш-Конте, пробыло до 1361 года, когда умер бездетным герцог Филипп Руврский, унаследовавший графство после смерти Жанны III в 1347 году. После чего графство вместе с Артуа перешло к младшей дочери короля Филиппа V и Жанны II — Маргарите I (1310—1382), вдове графа Фландрии Людовика I Неверского, правившей ими до самой смерти.
После смерти Маргариты Франш-Конте и Артуа перешло под управление ее сына, графа Фландрии Людовика II Мальского (1330—1384), а после его смерти — к его дочери, Маргарите II (1350—1405), которая была замужем за герцогом Бургундии Филиппом II Смелым. Благодаря этому браку Франш-Конте окончательно вошло в состав герцогства Бургундия и как независимое владение больше не существовало.
Архграфы в Верхней Бургундии.