Война была выиграна римлянами, но ценой высоких финансовых потерь.

Захватив Азию, Митридат решил присоединить к своим владениям и Грецию, обладать которой мечтали Ахемениды. Через Фракию и Македонию продвигалась армия под командованием Ариарата. Флот Архелая контролировал черноморские проливы, Киклады и Эвбею, а союзниками царя были Афины и многие греческие города. К 87 году ему удалось подчинить Аттику, Беотию, Македонию,Пелопоннес и Южную Фракию.

Осенью 88 до н. э. в Афины возвратился их посланник в Понте — Аристион, бывший предводителем антиримский партии. В знак особого расположения, Евпатор подарил ему перстень со своим резным портретом. Аристион созвал народное собрание, на котором было решено заключить союз с Понтийским царством, и был выбран стратегом.

Эти новости вызвали ожесточение среди богатых колонистов и римских граждан, проживавших на острове Делос. Они отказались признавать власть Аристона, и тот попросил Митридата о военной помощи, и в 87 году до н. э. в Грецию отплыл двухтысячный отряд под командованием Архелая и Митрофана. Вожди римской партии Медий, Каллифонт и Филон Ларисский бежали, их сторонники — казнены или отосланы в Пергам. Делос вместе с казной храма Аполлона Делийского возвращался Афинам.

Но римляне не собирались так просто уступать свои земли. Легат наместника Македонии Бруттий Сурра под стенами Димитриады нанёс поражение стратегу Митрофану, до этого успевшему захватить остров Эвбея. После этого римлянин направился в Беотию, но трёхдневноесражение с Архелаем не выявило победителя, после чего он отступил в Македонию. Осенью 87 года на территории Греции высадились пять римских легионов под командованием Суллы, навстречу которому выдвинулось войско под командованием сына Митридата Аркафия. Но царский сын умер во время перехода, и легионеры вторглись в Беотию.

В сражении при Херонее понтийцы были разбиты, и после этого укрылись в Афинах. Часть римлян начала осаду города, остальные была направлены на штурм Пирея, но эта атака была отбита. После этого было решено начать долгосрочную осаду, ради которой полководец был готов пойти на всё. Нуждаясь в деньгах для выплаты жалования и дереве для постройки осадных машин, Сулла направил своих людей в соседние храмы:

Кафис прибыл в Дельфы, но не решался прикоснуться к святыням и пролил много слез, оплакивая при амфиктионах свою участь. И когда кто-то сказал ему, что слышал, как зазвучала находящаяся в храме кифара, Кафис, то ли поверив этому, то ли желая внушить Сулле страх перед божеством, написал ему об этом. Но Сулла насмешливо ответил, что удивляется Кафису: неужели тот не понимает, что пением выражают веселье, а не гнев, и велел своему посланцу быть смелее и принять вещи, которые бог отдает с радостью.

Сулла отправил своего помощника Луция Лициния Лукулла к Лагидам, Селевкидам, и родосцам. С их помощью он смог собрать флот, с помощью которого начал активную борьбу в Эгейском море с понтийцами, благодаря чему Афины не имели доступа к морю. В городе начался полномасштабный голод, а попытки Архелая прорвать блокаду увенчались неудачей. Аристион отправил к Сулле послов, которые решили облегчить участь города рассказами о Тесее, Эвмолпе и Персидских войнах. В ответ полководец сказал им: Идите-ка отсюда, милейшие, и все свои россказни прихватите с собой: римляне ведь послали меня в Афины не учиться, а усмирять изменников.

Римляне начали ночной штурм, и 1 марта вступили в город. Стартовала полномасштабная резня, а Аристион бежал в акрополь, где продержался несколько дней. Сулла распорядился казнить всех официальных лиц Афин и Аристиона, после чего вывез 40 фунтов золота и 600 фунтов серебра. После взятия города, полководец направил силы на штурм Пирея. В течение нескольких дней в ходе кровопролитных боёв римляне заняли большую часть порта, и Архелай с оставшимися войсками отплыл в Беотию, а потом в Фессалию. Взятие Афин обошлось Риму в 15 000 — 20 000 человек.

Достигнув Фермопил, понтийский стратег присоединил к своим силам войско Ариарата, после чего под его властью оказалось 50 000 пехотинцев, 10 000 всадников и 90 боевых колесниц. Сулла также объединился с 6 000 легионом Гортензия, и командовал армией в размере 15 000 пехоты и 1 500 кавалерии. После этого Архелай направился в сторону Фокиды, и встал лагерем у города Херонея, расположив войско между холмами, когда его настиг Сулла.

Понтийский военачальник направил в атаку кавалерию и колесницы, но это не увенчалось успехом. Тогда в атаку пошло всё войско. В первых рядах шла кавалерия, затем 15 000 фаланга, набранная из освобождённых македонских рабов, а затем италийские перебежчики, вооружённые по римскому образцу. Конница разбила римские ряды, и начала их окружение. Но Сулла вместе со всадниками и двумякогортами смог отбросить понтийских всадников, которые своим отступлением смешали ряды фаланги. Римская пехота начала прорубаться сквозь понтийские ряды, а большая скученность и ландшафт окончательно решили исход битвы. Из войска Архелая уцелело 10 000 человек, которые смогли достигнуть Халкидики, и оттуда продолжили набеги на побережье.

Весть о поражении в битве при Херонее заставило Митридата начать новую волну репрессий. Первой жертвой стало племя галатов, чьихтетрархов он пригласил к себе на пир. Варвары пришли со своими семьями, и большая их часть была убита прямо там. Потом настал черёд острова Хиос, чей корабль во время морской битвы случайно задел царское судно, а островитяне подозревались царём в сношениях с Римом. Полководец Зенобий собрал с жителей контрибуцию в размере 2 000 талантов, а потом увёз их всех с родины на Чёрное море. Помимо этого он разослал шпионов в покорённые области, и активно поощрял доносы на противников царствующей персоны. Все эти вести вызвали восстания в ряде городов Малой Азии, и ухудшили отношение местного населения к Евпатору.

Января 86 года до н. э. умер Гай Марий, и новым консулом стал Луций Валерий Флакк. Он был противником Суллы, и Сенат направил его в Грецию, оттуда решил передвигаться к городу Византий. В 85 году до н. э. в Халкиде высадилась новая 80 000 понтийская армия под командованием Дориолая, соединившаяся с Архелаем. После этого Беотия снова перешла в руки Митридата.

Тогда Сулла, спрыгнув с коня и схватив знамя, сам кинулся навстречу врагам, пробиваясь сквозь толпу бегущих и крича: "Римляне, здесь, видно, найду я прекрасную смерть, а вы запомните что на вопрос: "Где предали вы своего императора?" - вам придется отвечать: "При Орхомене.

Сулла выдвинулся на встречу завоевателям, и битва между ними состоялась у Орхомена. Местом стала равнина, лишённая деревьев и простиравшаяся до болот. Сулла приказал копать ров перед своим лагерем, дабы лишить понтийскую кавалерию имевшихся преимуществ, но вражеская кавалерия разогнала римских землекопов. Преследуя их, всадники успели разгромить большую часть римского войска, и солдаты бросились в бегство. Сулла смог их остановить, и с помощью двух когорт с правого фланга смог отбросить кавалеристов. После этого римляне снова начали копать ров, что вынудило понтийцев начать новую атаку, которая была отбита. За один день понтийцы потеряли 15 000 человек.

На следующий день Сулла начал штурм вражеского лагеря, в ходе которого воины с обеих сторон проявили незаурядные героизм и мужество. Однако римляне смогли одолеть противника, и Архелаю пришлось бежать. В это время к Сулле прибыли представители римской аристократии, изгнанные из города его противниками, так что колебался в вопросе продолжения войны.

Митридат вышел навстречу Сулле и протянул ему руку, но тот начал с вопроса, прекратит ли он войну на условиях, которые согласованы с Архелаем. Царь отвечал молчанием, которое Сулла прервал словами: "Просители говорят первыми - молчать могут победители". Тогда Митридат, защищаясь, начал речь о войне, пытаясь одно приписать воле богов, а за другое возложить вину на самих римлян. Тут Сулла, перебив его, сказал, что он давно слыхал от других, а теперь и сам видит, сколь силен Митридат в красноречии: ведь даже держа речь о таких подлых и беззаконных делах, он без всякого труда находит для них благовидные объяснения.

Флакк решил переправиться через Босфор в Малую Азию, но потом в ходе ссоры был убит. Новый главнокомандующий Флавий Фимбрийпривлёк на свою сторону некоторые местные полисы, после чего разгромил армию под командованием сыном Евпатора Митридата. Тот бежал к отцу в Пергам, а затем они были вынуждены оставить город под натиском римлян и бежать в Питану. Царь решил собрать собственный флот у этого порта, чтобы иметь возможность для отступления. В это время Лукулл смог привлечь на свою сторону Книд, Кос, Самос, захватил Хиос и Колофон, после чего находился рядом со ставкой понтийского монарха. Фимбрия просил его помочь в поимке Митридата, но Лукулл отказался помогать представителю другой политической партии. Таким образом царь смог избежать пленения, и прибыл на остров Лесбос.

Узнав об Орхоменском поражении, царь дал приказ Архелаю заключить мир на благоприятных условиях. Сулла всей своей душой был в Риме, но он желал возвратиться туда триумфатором, и поэтому выдвинул жестоки условия: понтийский флот переходил под его власть, военные расходы оплачивал Понт, Митридат возвращал все свои завоёванные земли, пленников и перебежчиков. Стратег незамедлительно начал вывод войск, а об остальных пунктах решил узнать у своего повелителя. За это время легионеры разграбили земли энетов, дарданов и синтов, живших на границе с Македонией. Послы Диониса сообщили о его несогласии с потерей флота и уступкой Пафлагонии. Узнав это, Сулла отдал приказ о походе в Азию, и приказал Лукуллу готовить флот. Только личное участие Архелая смогло убедить его господина согласиться на мир.

В августе 85 года до н. э. лидеры противоборствующих сторон встретились у малоазийского города Дарданы. Суллу сопровождали четыре когорты пехоты и 200 всадников, Митридата — 20 000 гоплитов и 6 000 кавалеристов. Оставив спутников, они пришли к следующим условиям: Понт отдавал Сулле 3 000 талантов и 80 триер, провинция Азия возвращалась к Риму, а Вифиния и Каппадокия обретали свой прежний статус. малоазийские города получали амнистию, а некоторые из них (Хиос, Родос, Илиум, Магнезия-на-Меандре, несколько ликийских и карийских поселений) за сопротивление понтийцам наградили титулом Друзей римского народа. Стороны отказались от письменной копии договора. После этого Сулла разгромил войска под командованием Фимбрия и возвратился в Рим, а Дионис направил войска в Боспор и Колхиду, отделившихся от его владений за время войны. Римский государственный деятель весьма активно занялся восстановление довоенной ситуации в регионе. Для восстановления царей был направлен Гая Скрибония Куриона, а Пафлагония была разделена между местным царём Пиломеном и Атталом. Все реформы Евпатора были отменены.

Несмотря на декларируемые сторонами обязанность соблюдать неписаные условия мирного договора, нарушения были с обеих сторон. Бойцы Митридата не покинули несколько каппадокийских крепостей, а Сулла жестоко обошёлся с полисами, поддержавшими понтийцев.

Заместо покойного Аквилия, Сулла оставил Луция Лициния Мурену вместе с двумя легионами. С отплытием своего патрона, тот начал готовиться к войне с Понтом, к чему его побуждал Архелай, оскорблённый своим повелителем и опасавшийся за свою жизнь. Перебежчик и многие советники предлагали провести нападение на Синопу, где располагалась царская резиденция. Но легат решил атаковать центральные области Понта, и осенью 82 года до н. э. воины наместника вторглись в поселение Команы, а на ссылку понтийцами на мирный договор их лидер ответил, что этого договора не видал. После разграбления окрестностей, он вернулся к Ариобарзану на зимовку.

Митридат незамедлительно отправил послов в римский сенат с жалобой на беспредел наместника. А тот в это время форсировал рек Галис, и начал грабить понтийскую область Тетракосиокомум («Долину Четырёхсот Селений»). После этого римляне направились домой — в Галатию и Фригию. В Азии Мурену встретил посланник Калидий, объявивший о повелении Сената не нападать на понтийского царя, с которым заключён договор. Но Луций не отказался от своих намерений, и вновь направился по знакомому направлению.

Евпатор решил, что Рим официально начал новую войну, и приказал Гордию разграбить деревни на другом берегу Галиса. В этом месте расположился лагерем и Мурена, но схватка не стартовала до прихода войска с царём во главе. Более многочисленные понтийцы разгромили противника, и Луций бежал во Фригию. После этого Каппадокия в который раз была очищена от римских гарнизонов, а Дионис в знак благодарности принёс обильные жертвоприношения Зевсу-Воителю.

Вести из Азии вынудили Суллу отправить туда Авла Габиния с повторным приказом не начинать войну с царём Понтом, и примирить его с Ариобарзаном. Эта операция прошла весьма успешно: Митридат выдал за него свою четырёхлетнюю дочь, на основе чего контролируемая им часть Каппадокии так и не перешла в руки зятя.

После окончания Второй митридатовой войны, весной 80 г. до н. э. царь во главе флота отправился в Боспор, чьё население взбунтовалось против его власти. Сломив сопротивление местного населения, Митридат назначил правителем этой области своего сына Махаpa. Вслед за этим он ещё раз попытался подчинить себе приморские племена побережья Северного Кавказа: зихов, гениохов и ахейцев. Но в боях с ними в условиях холодной зимы, Дионис потерял две трети своего войска, и ему пришлось вернуться в Понт. В Синопе он вызвал к себе сына Митридата, управлявшего Колхидой. Он казнил его, подозревая в сепаратистских настроениях. Колхида после этого была, вероятно, отдана в управление Махару.

После этого в Рим были направлены послы для ратификации мирного договора о дружбе и сотрудничестве. Там же оказались послы Ариобарзана, которому тесть не вернул часть земель, хотя он и оставил север Каппадокии. Однако переговоры ни к чему не привели.

Не достигнув гармонии с Римской республикой, Митридат решил достичь преимущества в готовящемся конфликте. В 77 г. до н. э. по его совету царь Армении Тигран II совершил грабительский набег на Каппадокию, и вывел оттуда около 300 000 человек. Их поселили в окрестностях столицы Тигранакерта. Посольства к скифам, сарматам, фракийцам и бастарнам заключили с ними договоры о дружбе и союзе. Сторону царя приняли средиземноморские пираты, которые со своих баз в Киликии, Кипре и Крите организовывали нападения на италийские поселения и порты.

Ответ Сертория изумил Митридата; сохранилось предание, что он обратился к друзьям со следующими словами: "Какие же требования предъявит к нам Серторий, воссев на Палатинском холме, если теперь, загнанный к самому Атлантическому морю, он устанавливает границы нашего царства и грозит войной, если мы попытаемся занять Азию?".

Параллельно понтийский монарх начал переговоры с Квинтом Серторием, организовавшим восстание в римской части Испании. Понтийские послы Фанний и Магний сообщили условия альянса: в обмен на 3 000 талантов и 40 кораблей необходимо признать права их повелителя на провинцию Азия, которая по Дарданскому миру осталась за Римом. Все члены совета призвали своего лидера подписать договор, но Квинт согласился лишь на сдачу Вифинии, Каппадокии и Пафлагонии, никогда не принадлежавшие Риму и привыкшие к царской власти. Но провинцию Азия он признавал за своим отечеством.

Взамен в Понт прибыл бывший сенатор Марк Марий, в чью компетенцию было переустройство переобучение понтийских войск по римскому образцу. Было проведено перевооружение, хотя оно коснулось только пехоты. Параллельно шла активнейшая вербовка наёмников и привлечение рекрутов из подвластных племён, в армию Диониса входили халибы, левкосиры, ахейцы, гениохи, тавры, скифы, язиги, царские савроматы, кораллы, фракийцы, бастарны и галаты. К 74 году до н. э. царь обладал войском из 150 000—120 000 пехотинцев, 16 000 — 12 000 всадников и 120 серпоносных колесниц. Флот мог выставить 300—400 триер.

Осенью 74 г. до н. э. скончался Никомед Филопатор, в своём завещании передававший Вифинию во власть Римской республики. Однако у покойного были дети от брака с Ниссой (сын Ликомед и дочь Нисса), которых из-за её измены он объявил незаконными. Митридат встал на защиту прав внучатого племянника на престол. К 73 г. до н. э. города Вифинии и Мизии признали новую власть.

Параллельно сын царя Диофант снова оккупировал Каппадокию, тем самым прикрыв Понт с юга и обеспечив сообщение с киликийскими пиратами. Часть понтийской армии, во главе с Эвмахом и Марком Марием вторлась во Фригию и Пергам, где многие города перешли на их сторону. Но из-за сопротивления галатов и немногочисленных римских отрядов (одним из которых командовал Гай Юлий Цезарь) бои в Пергам шли с переменным успехом.

Командиром римских войск в провинции Азия был назначен Луций Лициний Лукулл, в то время как армией в Вифинии управлял консул Аврелий Котта. Последний и стал целью Митридата, блокировавшего его в городе Калхедон как с суши, так и с моря. Аврелий не стал дожидаться помощи Лукулла, и в ходе сражения его армия была полностью разбита, около 8 000 воинов остались на поле боя. После этого городская гавань была взята понтийскими войсками приступом, в ходе которого их потери составили 730 человек. Римляне потеряли 5300 человек убитыми и 4500 пленными, было сожжено 64 корабля (4 сгорело, 60 были захвачены).

В это время претор Марк Антоний был направлен на борьбу с пиратами. Подойдя к Криту, он потребовал у местных жителей прекратить оказывать помощь морским разбойникам и Понтийскому царству. Получив отказ, римляне схлестнулись с критскими моряками в морской битве, которую проиграли. Привязав пленных римлян к парусам и якорным цепям, островитяне вернулись в свои гавани. Претор был пленён, и умер спустя два года.

С лета 73 г. до н. э. внимание царя привлёк приморский город Кизик, один из вернейших союзников римлян в регионе. Захват этого города, обладавшего 2 гаванями и 200 корабельными доками, мог оказать существенное влияние на дальнейший ход войны. Понтийцы сразу захватили азиатские предместья, после чего частично переправились на остров Кизик. Таким образом осада велась с моря и суши. На помощь осаждённым прибыл Лукулл с 30 000 пехотинцами и 1 600 всадниками, что было гораздо меньше армии Понта.

Представитель Сертория Люций Магий, зная об убийстве своего лидера, вёл тайные переговоры с Лукуллом. Получив от него гарантии безопасности, он убедил Митридата не препятствовать римлянам, когда те занимали гору рядом с городом. Овладев ей, они смогли блокировать подвоз провианта в понтийский лагерь по суше.

С учётом этих событий, царь решился на крупномасштабный штурм Кизика. Имея численное преимущество, понтийцы отделили гавань двойной стеной и окружили рвами остальные районы. Были созданы многочисленные насыпи и изготовлены осадные машины, башни, «черепахи» для таранов. Перед атакой на кораблях были подвезены 3 000 пленных горожан, которые умоляли пощадить их и сдать город. Но командовавший обороной Писистрат велел со стены объявить о том, чтобы они терпеливо несли свою участь, раз попали в плен.

Однако многочисленные атаки не смогли изменить положения осаждённых. Зима лишила связи с морем, и в армии Митридата начался массовый голод, а потом и чума. Царь надеялся взять Кизик с помощью подкопов, но горожане смогли уничтожить их. После этого ночью Евпатор бежал на кораблях в Парос, направив войско в Лампсак, сильно поредевшее из-за перехода через разлившуюся реку Эсеп и нападений отрядов Лукулла.

После поражения от Гнея Помпея, Митридат вернулся в Пантикапей, чтобы собрать новое войско и огранизовать новый поход против римлян. Согласно Аппиану, Митридат, подражая Ганнибалу, надеялся вторгнуться в Италию через земли союзных ему сарматов, даков и галлов, по пути набирая среди них огромную армию для вторжения.

Но местное войско в Пантикапее восстало в пользу его собственного сына — Фарнака II, и возникла угроза пленения. Пытаясь избежать пленения, правитель принял яд, но тот не подействовал из-за выработанного с детства иммунитета. Тогда Митридат попросил своего телохранителя и друга галла убить себя мечом.

Весть о гибели его противника настигла Помпея во время похода на Петру, и очень сильно обрадовала римское войско. Возвратившись в Амис, полководец получил дары от Фарнака, среди которых были трупы представителей царской династии и самого Митридата. Так как в теле царя прибальзамировании был оставлен мозг, его личность смогли установить на базе боевых шрамов. Помпей не решился взглянуть на монарха, и приказал отослать труп в Синопу.

Энергичный и способный человек, впитавший в себя греческое воспитание и культуру, обладавший громадной физической силой. Он не имел систематического образования, но знал 22 языка, из которых персидский и греческий были ему родными, был знаком с лучшими представителями эллинистической культуры своего времени, написал ряд сочинений по естественной истории и считался покровителем наук и искусства. Однако наряду с этим он отличался суеверием, коварством и жестокостью. Это был типичный азиатский деспот.