Несмотря на отступление из Крыма, братья чувствовали себя победителями, и Муртаза провозгласил себя ханом. В это время в степи было уже три хана, но до столкновения дело не доходило.

В 1486 году Муртаза сделал попытку лишить престола Менгли-Гирея с помощью его старшего брата Нур-Девлета, который в это время находился в Москве то ли в почётном плену, то ли на службе у Ивана III и в этом году был посажен Касимовским ханом. Муртаза направил письма Нур-Девлету и Ивану с послом Шах-Баглулом, но Иван перехватил оба письма и не желая разрывать отношений с верным союзником Менгли-Гиреем, отправил письма ему. После этого с целью предотвращении враждебных действий на южные рубежи Иван III выдвинул войско под командованием того же Нур-Девлета.

Неуспех этой авантюры сильно подорвал авторитет Муртазы. Его брат Сайид-Ахмат всё более сближается с Шейх-Ахмедом. В 1490 году Шейх-Ахмед и Сайид-Ахмат предпринимают попытку захвата Крыма. Они усыпляют бдительность Менгли-Гирея переговорами, а затем внезапно нападают на Крым со своим союзником Астраханским ханом Абд ал-Керимом. Они разоряют северные земли Крыма, после чего отступают на нижний Днепр. Менгли-Гирей быстро отмобилизовал свои силы, получил 2000 янычар от турецкого султана Баязида II, а Иван III двинул на юг войско под командованием казанского хана Мухаммед-Амина и нового Касимовского хана Сатылгана, сына Нур-Девлета. Братья срочно отступили в свои владения.

Баязид II, видимо, намеревался отправить против ордынцев войска, чтобы наказать их за нападение на его верного вассала. Тогда Муртаза послал ему послание, в котором говорил, что в Крым он не ходил, что во всём виноват Сайид-хан и что тот раскаивается в своём поступке. Успокоенный мирными заверениями, Баязид не стал начинать карательной операции.

Однако авторитет Шейх-Ахмада снизился. Астраханский хан Абд-ал Керим напал на ногайские кочевья с целью грабежа. В результате этого отношения Шейха-Ахмада с Мангытским юртом резко ухудшились, гнев бия мангытов Мусы обратился и на союзников Абд-ал Керима. Коалиция ногайских князей Мусы и Ямгурчи и сибирского хана Ибака, которые в свое время убили хана Ахмата, вновь ставила целью свергнуть его детей и привести к власти Ибака. Ибаку с его сыном Мамуком удалось на какое-то время захватить власть в Поволжье. Он даже пытался вступить в переговоры с Иваном III предлагал союз и просил отпустить Ильхама, бывшего Казанского хана. Но Иван получил послание только в ноябре 1493 года, когда ногайцы и Ибак уже покинули Поволжье. Дело в том, что Менгли-Гирей, вопреки обещаниям, не прислал на помощь войска и дети Ахмата в союзе с астраханцами вытеснили ногайцев.

Шейх-Ахмат для улучшения отношений с ногайцами в 1493 году поспешил жениться на дочери Мусы, что вызвало негативную реакцию ордынской знати, которая свергла его и поставила ханом Муртазу. При этом его соправитель Сайид-хан и беклярибек Хаджике мангыт остались на своих местах. Однако уже в июне 1494 года Шейх-Ахмат вернул власть, а Муртаза и бекляри-бек Хаджике скрылись на Тереке у черкесов. Новым беклярибеком был назначен Таваккул, сын Тимур мангыта, бывшего беклярибеком ещё у Ахмата. Сайид-хан оставался соправителем, но после этого в политике активного участия не принимал.

Шейх-Ахмед в 1496 году в поисках союзников обратился к литовскому князю Александру Ягеллону. Тот согласился на союз, предлагая, в свою очередь, заменить на крымском престоле Менгли-Гирея, его братом Уз-Тимуром, который был у литовцев. Но посольство Александра перехватили крымцы. Менгли Гирей отослал письмо Александра в Москву. Контакты пришлось прекратить, до тех пор, пока Шейх-Ахмед не откочует ближе

В 1497 году Шейх-Ахмед отправил как посла своего брата Хаджи-Ахмата (Хожак-султан, Хаджике). На этот раз Александр уклонился от ответа, так как вёл переговоры с Менгли-Гиреем.

В 1498 году направляется новое посольство, но Александр даже не принял послов, так как он вел переговоры с послами Муртазы, который просил убежища в Литве. В 1498 году черкесы совершили налет на владенья хана, нанеся серьёзный урон, это было ответом на его попытки переселиться в Прикубанье.

В 1500 году сильная засуха и бескормица в Поволжье вынуждает Шейх-Ахмеда искать более плодородные земли. Он откочевывает в Приднепровье, но Менгли-Гирей уже укрепил эти земли крепостями, снабженными турецкой артиллерией. Шейх-Ахмед пытается решить вопрос миром, вступает в переговоры в Менгли-Гиреем, турецким наместником в Кафе шахзаде Мухаммадом, наконец с самим Баязидом II, но турки отсылают его к Менгли-Гирею, а от него он, естественно, получает отказ. В это время его люди, подгоняемые голодом, массово переходят на службу крымскому хану.

Зимой 1500—1501 годов Шейх-Ахмед готовит нападение на Крым, он призывает своих братьев Сайид-хана и даже Муртазу, а также старого союзника астраханского хана Абд ал-Керима. Александр оказал ему финансовую помощь, прислав 30000 червонцев. Однако к Шейх-Ахмеду присоединился только Сайид-хан.

Братья встретились у впадения в Дон реки Сосна. Менгли-Гирей со своими войсками уже ожидал их. Братья встали укреплённым лагерем, но между ними произошла ссора, в результате которой Сайид-хан и ещё один брат Бахадур-султан покинули лагерь. С Шейх-Ахмедом остались братья Хаджи-Ахмад (калга-наследник) и Джанай, а также бекляри-бек Таваккул.

Причина ссоры нелепа, но характерна для отражения нравов. Люди Шейх-Ахмеда выкрали из лагеря Сайид-хана двух богатых торговцев, видимо для выкупа. Когда Сайид-хан направил к брату гонца с требованием освободить людей, тот приказал казнить гонца.

Хотя силы Шейх-Ахмеда сократились, он смог привлечь на свою сторону ногайцев, пригласив их пограбить Крым. Менгли-Гирей просил у Ивана III прислать 10 000 воинов с пушками и пищалями, но тот уклонился. В результате Менгли-Гирей отступил в Крым, оставив пастбища Приднепровья ордынцам, чего и добивался Шейх-Ахмед.

Шейх-Ахмед, чтобы поправить материальное положение своих подданных совершил налет на Рыльск и Новгород-Северский, не глядя на то, что это города литовских союзников. После этого он стал требовать у Александра передачи ему Киева, намереваясь посадить там Глинских, как потомков Мамая. Переговоры затянулись, и было потеряно драгоценное время.

Иван, узнав о нападении на Литву, предложил хану союз. Позднее хан представлял это как признание Иваном своего «холопства». Казалось, возрождается величие ордынско государства. Однако в 1501—1502 году продолжалась засуха, а зимой были сильные морозы. Подданые переходили в Крым уже целыми родами.

Баязид предложил хану откочевать на южный Буг, но турецкий посол был схвачен и убит подданными хана. Это вызвало гнев Стамбула. В мае 1502 года Менгли-Гирей выступил из Крыма против Орды. Шейх-Ахмед в это время строил укрепления на Суле. Его подданные массово переходили на сторону крымцев. Менгли-Гирей разгромил Шейх-Ахмеда и прошел по всем его землям, завершив поход символическим сожжением Сарая. С этого момента крымские ханы называли себя повелителями Великого улуса.

Шейх-Ахмед с отрядом в 300 человек сначала укрылся в Астрахани, но видимо, не поладив с ханом покинул город и остановился около него. В 1503 году он просил Ивана помочь ему захватить Астрахань в обмен на отказ от союза с Литвой. И в июне же 1503 года направил посольство в Вильно с дарами и предложением союза. От Ивана ответа на посольство не было.

Шейх-Ахмед возобновил союз с ногаями, которыми после смерти Мусы правил его брат Ямгурчи. Шейх-Ахмед лично явился к ногайскому бию и получил у него войска под командованием своего шурина, сына Мусы Султан-Ахмета, с которыми стал осаждать Астрахань. Астрахань оборонял кроме Абд ал-Керима родной брат Бахадур-Султан. Однако под давлением Ивана III ногайцы оставили хана, после чего его положение стало безвыходным.