Нижнебаварское герцогство было образовано в 1255 году в результате раздела владений герцога Оттона II между его сыновьями: Генрих получил Нижнюю Баварию, а Людвиг — Верхнюю (с Пфальцем).

В 1331 году, в результате конфликта Генриха XIV с родственниками, выделились герцогства Бавария-Бургхаузен во главе с Оттоном IV, и Бавария-Деггендорф во главе с Генрихом XV, однако в 1332 году три герцога вернулись к совместному правлению.

После угасания нижнебаварской линии Виттельсбахов Людвигу IV удалось в 1340 году вновь объединить баварские владения семьи в единое целое.

Второе создание.

Когда дети Людвига IV в 1349 году разделили наследство отца, то Людвиг V, Людвиг VI и Оттон V получили часть, вновь названную «Верхней Баварией», а Стефану II, Вильгельму I и Альбрехту I досталась «Нижняя Бавария».

В 1353 году Нижняя Бавария была разделена вновь: Стефану досталось Баварско-Ландсхутское герцогство, а Вильгельму и Альбрехту — Баварско-Штраубинское герцогство.

Герцоги Нижней Баварии.

1255-1290 Генрих XIII (нем. Heinrich XIII; 19 ноября 1235 — 3 февраля 1290) — герцог Баварии в 1253—1255 годах, пфальцграф Рейнский в 1253—1255 годах, герцог Нижней Баварии (под именем Генрих I) с 1255 года. Генрих был вторым сыном герцога Оттона II и Агнес Пфальцской.

В 1253 году после смерти отца унаследовал Герцогство Бавария и Пфальц. При разделе государства с братом Людвигом в 1255 году, получил Нижнюю Баварию. Этот раздел был нарушением существующих законов и вызвал противодействие баварских епископов, которые обратились за помощью к чешскому королю Пржемыславу Отакару II. В августе 1257 года Пржемысл Отакар вторгся в Баварию, но Людвиг и Генрих отбили нападение (что было редким случаем взаимодействия двух братьев).

1290—1312 Оттон III (нем. Otto I von Niederbayern, венг. Ottó; 11 февраля 1261, Бургхаузен — 9 сентября 1312, Ландсхут) — в 1290—1312 годах герцог Нижней Баварии из династии Виттельсбахов, являвшийся с 1305 по 1307 годы венгерским королём под именем Бела V. Правил Нижней Баварией, в разное время имея четырёх соправителей.

1290—1296 Людвиг III (нем. Ludwig III, 9 октября 1269 — 9 октября 1296) — герцог Нижней Баварии (1290—1296).

Людвиг был сыном нижнебаварского герцога Генриха III и Елизаветы Венгерской, дочери венгерского короля Белы IV. Когда в 1290 году умер отец, Людвиг стал править герцогством совместно с братьями Оттоном V и Стефаном I. Он запомнился своими большими расходами на содержание двора, которые привели к росту налогов.

Людвиг был женат на Изабелле, дочери лотарингского герцога Ферри III. Детей у них не было.

1290—1310 Стефан I (нем. Stephan I; 14 марта 1271 — 10 декабря 1310) — герцог Нижней Баварии с 1290 года.

Стефан был сыном нижнебаварского герцога Генриха XIII и Елизаветы Венгерской, дочери венгерского короля Белы IV. Стефаном его назвала мать, в честь своего брата — венгерского короля Стефана V и, таким образом, привнесла имя «Стефан» в род Виттельсбахов.

В то время самым младшим сыновьям в семье предназначали духовную стезю, так как у них не было практически никаких шансов стать полновластными правителями (у Стефана было трое старших братьев), но папа Николай IV отказал ему в духовной карьере в Зальцбурге, и потому Стефану пришлось после смерти отца в 1290 году стать соправителем герцогства вместе со старшими братьями.

Людвиг скончался в 1296 году, а Оттон провёл 1305—1308 годы в Венгрии, и поэтому в начале XIV века Стефан был единственным реально правящим герцогом в Нижней Баварии. Он был противником Габсбургов, и умер в 1310 году во время войны против Фридриха Австрийского.

1310—1339 Генрих XIV (нем. Heinrich XIV; 29 сентября 1305 — 1 сентября 1339) — герцог Нижней Баварии с 1310 года.

Генрих был сыном нижнебаварского герцога Стефана I и Ютты Свидницкой. После смерти в 1310 году отца Генрих стал совместно с братом Оттоном IV правителем герцогства. За опекунство над юными герцогами боролись Людвиг IV Баварский и Фридрих Австрийский. 9 ноября 1313 года Людвиг IV разбил австрийские войска в битве при Гамельсдорфе, и Фридрих I был вынужден отказаться от претензий на Нижнюю Баварию.

В дальнейшем Генрих обычно поддерживал Людвига IV против Фридриха Австрийского в их борьбе за власть в Священной Римской империи, и в 1333 году Генрих был кандидатом на германскую корону, когда Людвиг рассматривал возможность своего временного отречения в ходя затянувшегося конфликта с Папой.

Из-за вопроса о разделе наследственных земель обострились отношения Генриха с братом Оттоном IV и двоюродным братом Генрихом XV. В 1322 году дело дошло до войны, и в 1331 году Оттон отделил себе территорию с Бургхаузеном, а Генрих XV — с Деггендорфом (в 1332 году, однако, герцоги решили вернуться к совместному правлению). Это привело к ухудшению отношений Генриха XIV с императором Людвигом IV, и он стал поддерживать Иоганна Люксембургского. Через несколько месяцев после примирения с императором в феврале 1339 года (что было скреплено в апреле свадьбой между сыном Генриха — Иоганном, и дочерью Людвига — Анной) Генрих XIV, получивший обратно Баварию-Бургхаузен, умер от проказы.

1310—1334 Оттон IV (нем. Otto IV; 3 января 1307 — 14 декабря 1334) — герцог Нижней Баварии с 1310 года.

Оттон был сыном нижнебаварского герцога Стефана I и Ютты Свидницкой. После смерти в 1310 году отца Оттон стал совместно с братом Генрихом XIV правителем герцогства. За опекунство над юными герцогами боролись Людвиг IV Баварский и Фридрих Австрийский. 9 ноября 1313 года Людвиг IV разбил австрийские войска в битве при Гамельсдорфе, и Фридрих I был вынужден отказаться от претензий на Нижнюю Баварию.

Из-за вопроса о разделе наследственных земель отношения между Оттоном и его братом Генрихом обострились, и в 1322 году дело дошло до войны. В 1331 году Нижняя Бавария была разделена; Оттон получил Бургхаузен, Траунштайн и ряд других городов. В 1332 году, однако, герцоги вернулись к совместному правлению.

1312—1333 Генрих XV (нем. Heinrich XV, 28 августа 1312 — 18 июня 1333) — герцог Нижней Баварии (1312—1333).

Генрих был сыном нижнебаварского герцога Оттона III и Агнессы Глогувской. Через две недели после его рождения умер отец, и опекунами малолетнего герцога стали Людвиг IV и Рудольф I, а позднее — ещё и Генрих XIV.