В 1228 году король Генрих поссорился с Людвигом, после чего тот был вынужден оставить свой пост. А в сентябре 1229 году Генрих напал на Людвига, разбив его.

Во время своего правления Людвиг смог утвердится в Баварии как наследственный правитель и укрепить центральную власть. Ему удалось одержать верх с могущественными епископами Фрайзинга, Регенсбурга, Зальцбурга, Пассау и Аугсбурга. Также Людвиг основал ряд городов: Ландсхут (1204 год), позже ставший резиденцией баварских герцогов, Штраубинг (1218 год), Ландау-на-Изаре (1224 год).

15 сентября 1231 года Людвиг был убит неизвестными на Кельгеймском мосту, из-за чего в историографии получил прозвище «Кельгеймский». В убийстве обвиняли Гогенштауфенов[4]. Наследовал Людвигу его сын Оттон II.

1231—1253 Оттон II Светлейший (нем. Otto II. der Erlauchte; 7 апреля 1206, Кельхайм — 29 ноября 1253, Ландсхут) — с 1227 года Пфальцграф Рейнский, с 1231 года герцог Баварии, из династии Виттельсбахов.

Сын Людвига I Кельгеймского. В результате брака Оттона на Агнессе, дочери Генриха V и внучки Конрада Гогенштауфена, император Фридрих II отдал рейнское пфальцграфство отцу Оттона, который передал последнее Оттону в 1227 году. В 1231 году, после смерти Людвига, Оттон также унаследовал и герцогство Бавария. В том же году он перенес резиденцию Виттельсбахов в Ландсхут.

Его правление в Баварии ознаменовалось внутренними раздорами из-за светской власти епископов, стремившихся к полной независимости. Папская партия временно сумела поколебать его верность Фридриху II, но во время величайшей опасности Оттон в 1246 году выдал свою дочь Елизавету за сына Фридриха, короля Конрада IV, и был верным помощником его в борьбе с Генрихом Распе и Вильгельмом Голландским, за что был отлучен от церкви, а страна его подверглась интердикту. Когда Конрад IV в 1251 году вступил в Италию, он назначил Оттона регентом Германии.

После смерти Оттона II Бавария была разделена между его сыновьями. Генрих стал герцогом Нижней Баварии, а Людвиг — Верхней Баварии. С этого момента и до начала XVI века герцогство Бавария часто делилась между разными линиями династии Виттельсбахов.

В 1340 году, после смерти последнего герцога Нижней Баварии, император Людвиг IV объединил в своих руках оба герцогства.

1340—1347 Людвиг IV (Людвиг Баварский) (нем. Ludwig der Bayer; 1281/1282, Мюнхен, Бавария, Германия — 11 октября 1347, Фюрстенфельдбрук, Германия) — герцог Баварии с 1294 года, король Германии (римский король) с 20 октября 1314 года, император Священной Римской империи с 17 января 1328 года из династии Виттельсбахов, сын герцога Баварии Людвига II Строгого и Матильды Габсбург, дочери короля Германии Рудольфа I.

1347—1349 Совместно: Людвиг V Бранденбургский, Стефан II, Людвиг VI, Вильгельм I, Альбрехт I, Оттон V.

1347-1361 Людвиг V (нем. Ludwig V.; май 1315 — 18 сентября 1361) — герцог Баварии с 1347 года, маркграф Бранденбурга в 1323—1351 годах, граф Тироля с 1342 года, из династии Виттельсбахов.

Людвиг V был старшим сыном императора Священной Римской империи Людвига IV. Уже в возрасте 8 лет Людвиг получил от отца маркграфство Бранденбургское, однако его правление там не приобрело популярности местного дворянства.

В 1342 году Людвиг женился на Маргарите Маульташ, правительнице обширного Тирольского графства к югу от Баварии. Маргарита, однако, по церковному праву, ещё не считалась разведённой со своим первым мужем Иоганном Генрихом Люксембургским, поэтому брак Людвига и Маргариты вызвал скандал европейского масштаба. Несмотря на защиту «первого в истории светского брака» со стороны видных философов того времени Уильяма Оккама и Марсилия Падуанского, папа римский, находящийся в жёстком противостоянии с императором Людвигом IV, отлучил молодую пару от церкви.

После смерти своего отца в 1347 году Людвиг V вместе со своими пятью братьями был провозглашён герцогом Баварии. Спустя два года братья решили разделить герцогство. Людвиг V, его младшие братья Людвиг VI и Оттон V получили во владение Верхнюю Баварию, включающую территории по рекам Лех, Изар, Ампер и верховья Инна.

Отлучённый от церкви Людвиг V не мог претендовать на корону Священной Римской империи после своего отца. Императором был избран Карл IV, из конкурирующего дома Люксембургов. Людвиг V в союзе с английским королём Эдуардом III пытались добиться избрания анти-королём Германии Гюнтера Шварцбургского, однако вскоре после его избрания четырьмя курфюрстами Гюнтер был разбит сторонниками Люксембургов и умер. Тем не менее Людвигу V удавалось сдерживать агрессию нового императора против владений Виттельсбахов: в 1350 году он подавил восстание в Бранденбурге, инспирированное Карлом IV и приведшее к разорению этого княжества, а позднее Людвиг V отразил нападение императора на Тироль.

В 1351 году Людвиг уступил Бранденбургское маркграфство своим младшим братьям за возможность единовластного правления в Верхней Баварии. Он планировал навечно объединить Тироль с Баварией и создал единую администрацию для обоих своих княжеств. С публикацией в 1356 году Золотой Буллы Карла IV, ограничившей круг немецких князей, имеющих право избрания императора, семью курфюрствами (Бавария не входила в их число), начался новый виток конфликта между Людвигом V и императором.