Вслед за выборами в Федеральное собрание были проведены выборы в местные законодательные собрания и Думы, созданных вместо распущенных советов.

Согласно Конституции Россия являлась Федеративной демократической Республикой с президентской формой правления. Президент являлся гарантом Конституции, главой государства, Верховным главнокомандующим. Он назначал правительство страны, которое имело ответственность только перед Президентом, Президент обладал правом отлагательного вето, издавать Указы, имеющие силу Закона. Президент имел право роспуска Думы, в случае троекратного отклонения ею кандидатуры премьер-министра, предложенной Президентом.

Права Государственной Думы были значительно меньше по сравнению с полномочиями распущенного Верховного Совета и ограничены функцией принятия законов. Депутаты потеряли право контроля над деятельностью административных органов (право депутатского запроса). После принятия Думой закона он должен быть утвержден Советом Федерации – второй палатой Федерального Собрания, состоящей из руководителей местных законодательных органов и глав администрации субъектов Федерации. После этого закон должен быть утвержден Президентом и только после этого считался принятым. Дума наделась рядом исключительных прав: утверждать бюджет государства, объявлять амнистию и импичмент президенту, утверждать кандидата на пост премьера, однако в случае трехкратного отклонения она должна распускаться.

В январе 1994 года новое Федеральное Собрание начало свою работу. Понимая, что в условиях конфронтации невозможна нормальная деятельность, депутаты и президентские структуры вынуждены были пойти на компромисс. В феврале 1994 года Дума объявила амнистию участникам августовских (1991) и октябрьских (1993) событий. Амнистировались все, кто совершил противоправные действия, как с одной, так и с другой стороны. В апреле–июне 1994 года принят меморандум о гражданском мире и общественном согласии, подписанный всеми думскими фракциями, большинством политических партий и движений России. Подписание этих документов способствовало прекращению гражданского противостояния в обществе.

Президенту так и не удалось получить поддержки радикального экономического курса, что и обусловило некоторую его корректировку. Из правительства были удалены сторонники радикальных преобразований Е. Гайдар и Б. Федоров.

Ухудшение экономической ситуации в стране вело к изменению соотношения сил в обществе. Это показали итоги выборов во вторую Государственную Думу, проходившие 17 декабря 1995 года.

Вторая Дума оказалась более оппозиционной правительству и президенту, чем первая.

Сразу же после подведения итогов думских выборов началась борьба за президентский пост. Кандидатами в президенты стали: В. Жириновский (ЛДПР), Г. Зюганов (КПРФ), генерал А. Лебедь, Г. Явлинский, врач-офтальмолог С. Федоров, миллиардер В. Брынцалов, экс-президент СССР М. Горбачев, Б.Н. Ельцин.

В июне 1996 года прошел первый тур президентских выборов. Голоса избирателей разделились следующим образом. Б.Н. Ельцин – 35,28%, Г. Зюганов – 32,04%. Остальные претенденты получили меньше голосов.

Во втором туре выборов 3 июля 1996 года за Б.Н. Ельцина проголосовало 53,8% принявших участие в выборах, за Г. Зюганова 40,3%. Основными лозунгами избирательной компании Б.Н. Ельцина стало «Зюганов – это гражданская война». Имелось в виду, что переход власти к коммунистам будет означать новый передел собственности. А сделать это теперь, когда госсобственность перешла в частные руки, можно лишь силой оружия. Переизбрание Б.Н. Ельцина на новый срок ни привели к стабилизации в стране.

Постоянное противостояние законодательной и президентской властей привело к тому, что важнейшие экономические вопросы не решались. Реальная политическая власть все в большей степени сосредотачивается в руках крупнейших финансовых групп, возникших в ходе приватизации и раздела государственной собственности. Эти группы прибрали к рукам все электронные средства массовой информации. Престиж власти упал до нуля. Во всех ветвях власти расцвели коррупция, финансовые махинации. Обыденным явлением стали террористические акты, заказные убийства банкиров, предпринимателей, политических деятелей, журналистов.

Основная масса населения России была полностью отчуждена от власти. Власть, как исполнительная, так и законодательная была оторвана от народа, воспринималась как нечто чужеродное интересам людей. Важнейшим вопросом 90-х годов стало решение проблемы национально-государственного строительства и национального отношений.

Декабря 1999 г. прошли выборы в третью Государственную Думу. Ее председателем, как и во Второй Думе, стал Г. Селезнев. В отличии от своей предшественницы в ней не было четко выраженного левого или правого большинства.

Вслед за выборами в Думу 31 декабря 1999 г. Б.Н. Ельцин выступил с заявлением о передаче полномочий Президента действующему Премьеру В. Путину. Согласно Конституции 26 марта 2000 г. были проведены досрочные президентские выборы. На высший пост страны выдвинули свои кандидатуры 11 человек. В их числе В. Путин, Г. Зюганов, Г. Явлинский, А. Тулеев, Э. Панфилова и др. Общая тональность выступлений претендентов сводилась к повышению роли государства в решении экономических, политических и социальных проблем при верховенстве закона. Президентом России был выбран В. Путин, премьер-министром стал М. Касьянов.

Еще весной 1991 года М.С. Горбачев обещал автономным республикам, краям и областям прямое участие в подписании договора о Содружестве Суверенных Государств на равных правах с союзными республиками. Б.Н. Ельцин пошел дальше, предлагая руководителям автономий брать столько полномочий, сколько они смогут «проглотить». В результате все автономные республики объявили себя суверенными государствами (первым декларацию о государственном суверенитете принял Татарстан). В республиках были проведены выборы президентов, приняты национальные конституции. Наиболее остро вопрос о суверенитете ставили республики, обладающие большими природными запасами (Татарстан – нефти, Якутия – алмазов и т. д.). Они требовали права контроля над недрами и возможности распоряжаться самостоятельно природными ресурсами. Таким образом, после распада СССР, казалось наступила очередь России. Тем более, что дистанцирования от центра первыми начали проводить сами российские лидеры, положившие начало центробежным тенденциям.

В результате долгих и трудных переговоров, 31 марта 1992 года был подписан Федеративный договор, определивший взаимоотношения между субъектами Российской Федерации. Согласно договору земля, недра, природные ресурсы провозглашались фактически совместной собственностью федеральных органов власти и органов власти субъектов Федерации. Субъекты Федерации получали право распоряжения своими природными богатствами, но федеральные органы власти должны были контролировать их международную и внешнеэкономическую деятельность. Признавался государственный суверенитет субъектов Федерации, но они не имели права выхода из состава России.

Большинство республик удовлетворилось частичными уступками центральных властей – договор был подписан всеми автономиями, за исключением Татарстана и Чечни. Президент Татарстана М. Шаймиев добился подписания (февраль 1994 г.) отдельного договора, предоставившего вопросы пользования землей, природными ресурсами, предприятиями.

Наиболее острые формы конфликт принял в Чечне. В августе 1991 г. в Чечено-Ингушской республике начались массовые митинги и демонстрации с требованием отставки Верховного Совета Чечено-Ингушетии. Правительство России первоначально расценило эти выступления как борьбу демократических сил против коммунистического правительства, поддержавшего ГКЧП. Верховный Совет был распущен, новое руководство Чечни заявило о независимости ее от России. Президентом стал генерал Д. Дудаев, который провозгласил создание независимой чеченской республики Ичкерия (Ингушетия выделилась в самостоятельную республику в составе России). Чеченцы захватили имущество и вооружение Советской Армии на территории республики, блокировали железные дороги и автомагистрали. Оказался перерезанным нефтепровод из Баку в Новороссийск, началось массовое выселение русского населения с территории.