Початок громадянської війни
Збурювачем спокою, який провістив початок міжусобиць, стала доти усунута в тінь Запорозька Січ. Після смерті Богдана запорозьке низове товариство, до якого з Козацької держави відпливав найрадикальніший елемент, вперше відкрито заявило про незгоду зі змінами в житті України. Для збройної громади рівних, що нею, як і століття тому, лишалася Січ, були органічно неприйнятними жорсткі форми державної влади, зосередженої в руках старшини-дуків , ненависних козацькій голоті. Формальним приводом для протесту стало те, що запорожців не запросили на вибори нового гетьмана, тож обурене кошове товариство, вийшовши з Січі на територію Південної Київщини, почало на знак протесту грабувати хутори заможних козаків. Виговський розпорядився заблокувати Дніпровський Низ, не підвозячи туди харчі й боєприпаси. На цьому конфлікт, можливо, і був би вичерпаний, якби хвилею невдоволення не скористався один з лідерів старинної старшини, який приміряв гетьманську булаву до себе – полтавський полковник Мартин Пушкар .
Порозумівшися з кошовим січовиків Яковом Барабашем, Пушкар апелює за підтримкою до третьої сили – московського уряду: обидвоє пишуть на Виговського донос як на ляха , що ніби замислив продати Україну Польщі. Оцінивши двозначність ситуації, Виговський прийняв рішення ударити першим. Він поновлює активні зносини з Кримом (що вже було викликом Москві, бо татари вважалися союзниками Речі Посполитої) і, дочекавшись підходу ногайської кінноти Карач-бея, на початку травня 1658 р. виступає в похід на Лівобережжя, де в районі Полтави точилися локальні сутички, спровоковані козаками Пушкаря.
Після двотижневої облоги Полтави Виговському вдалося виманити строкате козацько-запорозько-селянське військо Пушкаря й Барабаша на урочище під містом, де 11 червня стався відкритий бій. Пушкарівці були вщент розгромлені, загинув і сам Пушкар, що бився надзвичайно хоробро. Відтяту голову полковника – першу старшинську голову, яка покотилася у братовбивчій війні – на списі принесли до намету Виговського. Полтаву цього ж дня було дощенту спалено, Якова Барабаша упіймано і повішено. Як твердили сучасники (втім, очевидно, як завжди перебільшуючи), антигетьманський виступ потягнув за собою загибель з обох сторін до 50 тис. людей, винищених уже без втручання ляхів.
Катастрофічну суть цього вступного акорду до громадянської війни з незрівнянним пафосом передає козацький літописець Самійло Величко, народжений у часи Руїни (наводжу цей фрагмент повністю):
Ще не згас вогонь багатокровної і багатоплачевної війни Хмельницького, запаленої з поляками, війни, яка сильно палала вісім років і з'їдала тоді Україну з Короною Польською взаємними руйнуваннями, ще не зітліли до решти людські трупи, прослані на всіляких лядських і українських бойовищах від посварної зброї, ще не змита дощовими краплями очервонена людською кров'ю на багатьох крайоглядах земля, ще не очистилося до чистого свого первісного й нешкідливого стану посмерджене від людських трупів повітря, ще не засохли сльозотічні зіниці матерів по синах, а жінок по чоловіках та інших своїх кревних, побитих військовою зброєю, ще не могли ні Україна від поляків, ні поляки від України зійтися з кревними своїми в господах своїх у любому колі чи поспати солодким сном, бувши впевненими у сподіваному мирі, аж тут, на цьому боці Дніпра, від Переяслава й Полтави, з причини двох людей, нового тоді гетьмана Виговського і полтавського полковника Мартина Пушкаря, запалав і набрав своєї сили до людського роздору новий великий вогонь внутрішніх чвар та кровопролиття, який спалював людське добро і знищував усе в корінь.
Спроба повернутися у звичний світ:
Гадяцька угода 1658 р.
Похід на бунтівного полковника, якого підтримувала Москва, показав, що жереб кинуто. Антимосковські настрої генеральної старшини з оточення нового гетьмана, незадоволення вищого духівництва, яке від початку косо поглядало на Переяславську угоду, спроби лобового наступу на Козацьку державу методами збройного тиску, врешті – ближче знайомство з політичними звичаями Московського царства, відразливими для людей, вихованих на традиціях станових вольностей і конституційних свобод Речі Посполитої, прискорили те, що почалося в останні місяці життя Богдана Хмельницького, коли козацька дипломатія гарячково шукала альтернативних варіантів союзництва. Іван Виговський, виконавець дипломатичних мережив старого гетьмана, продовжив цей курс, остаточно налагодивши дипломатичні контакти з Польщею, розпочаті Хмельницьким.
Після тривалих попередніх переговорів 16 вересня 1658 р. гетьман зібрав під Гадячем козацьку раду, на яку прибули й комісари Речі Посполитої. На подання Виговського рада схвалила так звані Гадяцькі пакти – угоду про повернення Козацької держави під скипетр короля. Гадяцький трактат, концепцію якого виробив Юрій Немирич, спирався на ідею перетворення Речі Посполитої у федерацію Корони Польської, Великого князівства Литовського і Великого Князівства Руського, тобто Козацької держави в межах, які на той час склалися. Усі три частини федерації мали об'єднуватися особою спільно вибраного короля, спільним виборним сеймом і зобов'язанням погоджених військових дій проти зовнішнього ворога. Вищим органом законодавчої влади на території Великого Князівства Руського мали б виступати Національні Збори, тобто виборний парламент, а виконавча влада – належати пожиттєво обраному і затвердженому королем гетьманові. Князівству належала власна скарбниця, свій вищий судовий трибунал та підпорядкована гетьманові армія у складі 30-тисячного Війська Запорозького, якому підтверджувалися усі права та вольності, а також 10-тисячного найманого війська. Православна церква урівнювалася у правах з Римо-католицькою тим, що в спільному сенаті Речі Посполитої постійні місця сенаторів отримували православний митрополит і п'ятеро владик, а унія на території Князівства мусила бути скасована. Окремим пунктом Гадяцької угоди оговорювалося існування двох університетів: Києво-Могилянської академії, урівняної у правах з Краківською, і новоствореної вищої школи зі статусом університету; по всій території держави дозволялося без обмежень засновувати колегії та гімназії з правом викладання по-латині. Врешті, проголошувалася повна свобода друку (у тому числі в питаннях, дотичних релігії), аби лиш друкована продукція не містила випадів проти особи короля.
Як бачимо, ідеї Гадяцького трактату є яскравою пам'яткою політико-правової думки свого часу, що за умов реалізації справді мали б шанс утвердити майбутнє польсько-литовсько-білорусько-української спільноти і оновити Річ Посполиту через нові форми співжиття її народів. На хвилі післягадяцького ентузіазму Виговський і його прибічники здобули переконливу перемогу над московським військом у Конотопській війні.Наприкінці вересня цар звернувся з грамотою до населення України, закликавши до збройного опору зраднику Виговському; водночас через агентів і шпигунів була розпочата антигетьманська агітація серед простолюду, зіперта на антишляхетські настрої низів. Після цієї словесної артпідготовки більш як 100-тисячна московська армія під командуванням князів Олексія Трубецького, Григорія Ромодановського і Семена Пожарського перейшла у квітні 1659 р. український кордон і рушила на південь. Після кількох сутичок з силами Ніжинського та Чернігівського полків, надто малими, аби стримати наступ, росіяни відтіснили 5-тисячний козацький загін полковника Григорія Гуляницького до Конотопа і заперли його в облозі. Вона тривала понад два місяці, аж доки на початку липня на виручку обложеним не підійшов Виговський, 16-тисячне військо якого було підкріплене майже 30-тисячною татарською кіннотою під проводом хана Мехмед-Гірея IV і кількатисячним загоном найманців – поляків, сербів, німців та румунів. Влучним маневром армія Виговського відтягла частину сил противника від міста і, влаштувавши засідку, 9 липня вдарила по ньому на переправі через р. Соснівку. Московські воєводи зазнали нищівної поразки, від якої, за висловом козацького літописця, міг утекти до свого обозу під Конотоп хіба що той, хто мав крилаті коні . Загалом же на полі бою полягло до 50 тис. московського війська (приголомшені сучасники називали як завжди перебільшені цифри, обраховуючи втрати до 130 тис.).
Однак наступні події швидко перекреслили тріумф гетьмана. Варшавський сейм урізав підписаний на переговорах текст Гадяцької угоди (зокрема, було заперечене право Козацької держави на карбування власної монети; вибір гетьмана мав здійснюватися шляхом подання на затвердження короля не однієї, а чотирьох кандидатур; обмежувалася дипломатична самостійність гетьмана, якому заборонялося приймати іноземні посольства). Ці поправки перетворювали угоду на модифікований варіант Зборівського договору 1649 р., з чим не могли змиритися навіть близькі прибічники гетьмана, як, наприклад, Іван Богун. Ще більший опір викликала угода серед відверто ворожої після розгрому Пушкаря лівобережної опозиції. На чолі з переяславським полковником Тимофієм Цюцюрою там почалося повстання, що витворило в тилу Виговського промосковські пункти опору в Ромнах, Гадячі, Лохвиці, Полтаві. Останнім ударом стала диверсія кошового Запорозької Січі Івана Сірка в улуси Ногайської Орди, приурочена до відсутності чоловічого населення, яке брало участь у Конотопській війні як союзник гетьмана. Тож і хан, і гетьман, не ліквідувавши опору в тилах і так і не вибивши московські гарнізони з Києва, Чернігова, Переяслава і Пирятина, змушені були зайнятися знешкодженням запорозької експедиції. Тим часом Цюцюра, спираючись на полковників Якима Сомка і Василя Золотаренка, двох свояків Богдана Хмельницького, особливо незадоволених тим, що регентство при юному гетьманичі було доручене Виговському, а не їм, ударив по відділах, залишених для оборони Чернігово-Сіверського прикордоння, розгромив їх і урочисто запросив князя Трубецького вступити в Україну.
На початку серпня 1659 р. в одному зі згаданих локальних боїв на прикордонні від рук людей Цюцюри загинув 47-річний Юрій Немирич, найосвіченіший українець, аристократ і перший канцлер задуманого ним, але так і не збудованого Великого Князівства Руського. Показово, що смерть цієї людини викликала однаково полегшене зітхання і в Польщі, і в Москві. У одному з листів-новин, які кружляли серед польської шляхти, зловтішно писалося: "Не допомогло йому те, що став русином" , а в Москві з задоволенням констатували – врешті убито найбільшого злодія і єретика.
У вересні цього самого року під містечком Германівкою (нині село Київської обл.) зібралася чорна рада , тобто загальне козацьке зібрання за участю старшини, черні і запорожців-січовиків, опанувати якою шансів у Виговського практично не було. Його опоненти били безпрограшною картою – гетьман запродав Україну ляхам. Козацьким депутатам на сейм Івану Сулимі й Прокопу Верещаці не дали слова, зарубавши їх на місці, а сам Виговський мусив рятуватися втечею. За кілька днів по тому нова рада в Білій Церкві проголосила гетьманом Юрія Хмельницького. Виговський скорився цьому рішенню і відіслав Хмельниченкові бунчук і булаву.
Після Білоцерківської ради екс-гетьман усунувся від політичного життя, хоча й обіймав номінальний пост київського воєводи і барського старости. Однак це не врятувало його. Звинувачений на початку 1664 р. Павлом Тетерею (схоже, безпідставно) у снуванні змови проти Польщі, Виговський був заарештований і 26 березня розстріляний без суду й слідства за законами військового часу як зрадник.