Что программа умеет считать 3 страница
Пункты меню <SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN> позволяют установить необходимый Вам <SPAN style="COLOR: blue">Set Atom Type</SPAN><SPAN style="COLOR: purple"> </SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">(</SPAN><SPAN style="COLOR: blue">тип атома</SPAN>), <SPAN style="COLOR: blue">Set Charge</SPAN><SPAN style="COLOR: purple"> </SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">(</SPAN><SPAN style="COLOR: blue">заряд</SPAN>), и <SPAN style="COLOR: blue">Constrain Geometry</SPAN><SPAN style="COLOR: purple"> </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">ограниченную геометрию</SPAN>), отличные от тех, которые устанавливаются программой по умолчанию.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Измерение длины связи<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
Если Вы выбираете связь, а не атом, информация о ней появляется в строке состояния. HyperChem имеет библиотеку длин связей между атомами конкретного типа и гибридизации, что устанавливается по умолчанию
Когда информация о длине связи в библиотеке отсутствует, то HyperChem использует среднее значение ковалентных радиусов двух атомов.
Для измерения расстояния нужно изменить форму курсора на <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Wingdings"> ;</SPAN> (<SPAN style="COLOR: red">Select</SPAN>) и выделить эту связь. В строке состояния появляется значение длины связи между двумя атомами, выраженное в ангстремах (Ả<SPAN style="FONT-FAMILY: 'Lucida Console'"></SPAN>)
При этом в меню <SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN> становиться активным пункт <SPAN style="COLOR: blue">Constrain bond length</SPAN>, который позволяет Вам установить желаемую длину связи, отличную от той, которую устанавливает Разработчик моделей программы по умолчанию.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Измерение углов связей<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
Для того чтобы измерить угол между двумя связями нужно последовательно выделить первый, второй и третий атомы, связи между которыми и образуют угол. При этом второй атом должен находиться в вершине этого угла. Величина угла появится в строке состояния.
В меню <SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN><SPAN style="COLOR: blue"> </SPAN>становится активным пункт <SPAN style="COLOR: blue">Constrain Bond Angle</SPAN>, что позволяет Вам изменить величину данного угла.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Измерение торсионных углов<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
Последовательно выделите первый, второй (вершина угла) атомы и третий атом, который расположен вне плоскости молекулы. В строке стояния появиться величина торсионного угла между плоскостями, в которых лежат два первых атома, и плоскостью третьего атома.
Пункт<SPAN style="mso-ansi-language: EN-US"> <SPAN lang=EN-US style="COLOR: blue">Constrain Bond Torsion</SPAN><SPAN lang=EN-US> </SPAN></SPAN>в<SPAN style="mso-ansi-language: EN-US"> </SPAN>меню<SPAN style="mso-ansi-language: EN-US"> </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN><SPAN style="COLOR: blue"> </SPAN>становится активным, что позволяет Вам изменить по желанию эту величину.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Измерение расстояния между двумя несвязанными атомами<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
Прежде, чем Вы приступите к измерению, нужно в меню <SPAN style="COLOR: blue">Select</SPAN><SPAN style="COLOR: blue"> </SPAN>отметить <SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol">Ц</SPAN> пункт <SPAN style="COLOR: blue">Multiple Selections</SPAN><SPAN style="COLOR: purple; mso-bidi-font-style: italic"> </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Множественные выборы</SPAN>). Это позволяет выделить более одного атома в рабочем окне. <SPAN style="COLOR: teal">L-щелчком</SPAN> <SPAN style="FONT-FAMILY: Wingdings"> ;</SPAN> выделите два любых атома, при этом строка состояния показывает расстояние между ними.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Водородные связи<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
Чтобы подтвердить благоприятные условия для образования водородных связей, HyperChem вычисляет их и выводит на дисплей.
Водородные связи формируются, если расстояние до водородного донора - менее чем 3.2 Е и угол ковалентной связи донора и акцептора - менее чем 120 градусов.
Чтобы подтвердить условия для водородной связи:
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В меню <SPAN style="COLOR: blue">Display</SPAN> отметьте <SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol">Ц</SPAN> пункт <SPAN style="COLOR: blue">Show Hydrogen Bonds</SPAN><SPAN style="COLOR: purple"> </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Показать водородные связи</SPAN>)
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Там же выберите <SPAN style="COLOR: blue">Recompute H Bonds</SPAN><SPAN style="COLOR: purple"> </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Вычислить заново водородные связи</SPAN>)
HyperChem отображает водородные связи пунктирной линией.
Водородные связи не вычисляются автоматически в каждой конфигурации, поэтому, когда Вы изменяете геометрию молекулы, водородные связи приходится вычислять заново.
<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 18.0pt">5.<o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 18.0pt">Создание небольших молекул в 2D и 3D (Упражнение</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 13.5pt">)<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; mso-bidi-font-size: 13.5pt"><![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>Теперь, когда Вы научились строить атомы и связи между ними можно приступать к построению молекулы. Хотя HyperChem позволяет Вам делать молекулы любого размера, по практическим соображениям мы рекомендуем Вам ограничиться построением небольших и средних молекул.
В этом упражнении, Вы будите строить молекулу 1-гидрокси-3-фенил-2 пропена.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Откройте в меню <SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN> в <SPAN style="COLOR: blue">Default elements</SPAN> периодическую таблицу элементов
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Отметьте (<SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol">Ц</SPAN> ) <SPAN style="COLOR: blue">Allow ions</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Допустимы ионы</SPAN>) и <SPAN style="COLOR: blue">Explicit hydrogens</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Добавить водороды</SPAN>). Если <SPAN style="COLOR: blue">Explicit hydrogens</SPAN> не выключить, то они в процессе рисования не будут автоматически добавляться к углеродному остову.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Выберите углерод (С) и закройте диалоговый ящик. Углерод устанавливается как встроенный элемент для построения
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Теперь нарисуйте следующую структуру:
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>У Вас при построении могла получиться неверная геометрия, но прежде чем модифицировали эту структуру, сохраните вашу работу. Этот путь позволит Вам не рисовать все заново, а лишь вносить необходимые исправления в первоначальный вариант построенной молекулы.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Чтобы сохранить Вашу работу:<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="COLOR: maroon"><![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Выберите в файловом меню <SPAN style="COLOR: blue">Sa</SPAN><SPAN lang=EN-US style="COLOR: blue; mso-ansi-language: EN-US">v</SPAN><SPAN style="COLOR: blue">e …</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Сохранить</SPAN>).
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Появляется диалоговое окно сохранения файла. Убедитесь, что файл будет сохранен в нужную папку. В <SPAN style="COLOR: blue">File name</SPAN> введите желаемое имя файла (лучше, чтобы оно наиболее полно отражало содержание файла и параметры расчета)
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Убедитесь, что <SPAN style="COLOR: blue">Save as type </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Тип файла</SPAN>) это <SPAN style="COLOR: green">HIN</SPAN>.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]><SPAN style="COLOR: teal">L-щелчком</SPAN> выберите <SPAN style="COLOR: blue">OK</SPAN>.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">5.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Диалоговое окно закрывается и в верхнем левом углу экрана над панелью инструментов появляется название файла
Теперь Вы можете модифицировать структуру, и все изменения будут сохранены в этом файле (для сохранения можно выбрать <SPAN lang=EN-US style="COLOR: blue; mso-ansi-language: EN-US">Save</SPAN> в меню <SPAN style="COLOR: blue">File</SPAN> или использовать соответствующий значок на панели инструментов). Вы всегда сможете вернуться к последнему сохраненному варианту.
Добавьте, где это необходимо двойные связи <SPAN style="COLOR: teal">L-щелчком</SPAN>. Полуторные связи ароматического кольца обозначаются пунктирной линией. Их можно нарисовать при помощи двойного <SPAN style="COLOR: teal">L-щелчка</SPAN> вблизи одной из внутренних сторон кольца.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Маркирование атомов<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В меню <SPAN style="COLOR: blue">Display</SPAN><SPAN style="COLOR: blue"> </SPAN>нужно выбрать <SPAN style="COLOR: blue">Labels</SPAN><SPAN style="COLOR: blue"> </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Этикетки</SPAN>).
<![if !supportEmptyParas]><![endif]><o:p></o:p><![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В появившимся блоке опции <SPAN style="COLOR: purple">Атом</SPAN><SPAN style="COLOR: purple"> </SPAN>автоматически отмечено <SPAN style="COLOR: blue">None</SPAN>. Можно выбрать <SPAN style="COLOR: blue">Symbol</SPAN>, <SPAN style="COLOR: blue">Name</SPAN>, <SPAN style="COLOR: blue">Number</SPAN><SPAN style="COLOR: blue"> </SPAN>и пр., отметив нужное <SPAN style="COLOR: teal">L-щелчком,</SPAN> и нажать на <SPAN style="COLOR: blue">OK</SPAN>.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Блок закрывается и все атомы помечаются.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Редактирование индивидуальных атомов<o:p></o:p></SPAN>
Вся структура в рабочем окне построена из атомов углерода, но чтобы структура была верной, необходимо заменить один из углеродов на атом кислорода.
Для этого:
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Откройте таблицу элементов и одним <SPAN style="COLOR: teal">L-щелчком</SPAN> выберите кислород и закройте ящик. Кислород устанавливается как встроенный элемент.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Наведите курсор на атом углерода в конце алифатической цепи и щелкните по нему однократно левой кнопкой мыши. Углерод <SPAN style="COLOR: aqua">C </SPAN>(атом голубого цвета) заменится на кислород <SPAN style="COLOR: red">O</SPAN> (атом красного цвета). Теперь основная углеродная цепь выстроена.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для того чтобы построенная схема приобрела правильную геометрию, в меню <SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN> выберите <SPAN style="COLOR: blue">Model Build </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Разработчик моделей</SPAN>). Схема 2D (двумерная) преобразуется в трехмерную структуру 3D.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p><![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Если в процессе преобразования геометрии молекула была повернута или смещена на периферию экрана, то ее можно вернуть в первоначальное положение, используя соответствующие кнопки панели инструментов <!--[if gte vml 1]><v:shape id=_x0000_i1031
style="WIDTH: 15pt; HEIGHT: 14.25pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata
o:title="Рисунок26"
src="./chapter_05.files/image010.png"></v:imagedata></v:shape><![endif]--><![if !vml]><![endif]><SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>( <SPAN style="COLOR: red">Rotate out-of plane</SPAN>, <!--[if gte vml 1]><v:shape id=_x0000_i1032
style="WIDTH: 14.25pt; HEIGHT: 15pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata
o:title="Рисунок27"
src="./chapter_05.files/image012.png"></v:imagedata></v:shape><![endif]--><![if !vml]><![endif]><SPAN style="COLOR: red">Translate</SPAN>).
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">5.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для того чтобы автоматически добавить необходимое количество атомов водорода необходимо в меню <SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN> выбрать пункт <SPAN style="COLOR: blue">Add Hydrogens </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Добавить водороды</SPAN>)
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">6.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Если водороды не отображаются, то в меню <SPAN style="COLOR: blue">Display</SPAN> отметьте <SPAN style="COLOR: blue">Show Hydrogens</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Показать водороды</SPAN>) и повторите команду <SPAN style="COLOR: blue">Add Hydrogens</SPAN>.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">7.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Построенную таким образом структуру сохраните.
<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 24.0pt">6. <o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 24.0pt"><![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 24.0pt">Расчеты в HyperChem<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="COLOR: blue">Setup (Меню установки)<o:p></o:p></SPAN>
Меню <SPAN style="COLOR: blue">Setup</SPAN> задает метод расчета. Это может быть: молекулярная механика, полуэмпирические квантово-химические методы (10 вариантов, от расширенного метода Хюккеля до метода РМ3) и неэмпирический метод Хартри-Фока (ab initio) в различных базисах.
Меню <SPAN style="COLOR: blue">Setup</SPAN> содержит опции для проведения молекулярно-механических и квантово-химических расчетов энергетических, геометрических и электронных параметров молекулярных систем. После того, как Вы выбрали нужную опцию в меню <SPAN style="COLOR: blue">Setup</SPAN>, используйте меню <SPAN style="COLOR: blue">Compute</SPAN>, для проведения расчетов необходимых характеристик.
Программа HyperChem может выполнять расчеты энергии систем и их равновесной геометрии методом молекулярной механики с использованием четырех модельных потенциалов (MM+, AMBER, BIO+ и OPLS), девятью полуэмпирическими квантово-химическими методами (Расширенный метод Хюккеля, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/1 и ZINDO/S), или неэмпирическим (ab initio) методом квантовой химии в различных базисах.
Меню <SPAN style="COLOR: blue">Setup </SPAN>имеет следующие пункты:<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
| <TBODY><SPAN lang=EN-US style="mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">Molecular mechanics<o:p></o:p></SPAN> <SPAN lang=EN-US style="mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">(</SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Молекулярная</SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US"> </SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">механика</SPAN><SPAN lang=EN-US style="mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">)</SPAN><SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US"><o:p></o:p></SPAN> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Выберите опцию Molecular mechanics (Молекулярная Механика), чтобы использовать ньютоновский (а не квантово-химический) метод расчетов молекулярных потенциалов<o:p></o:p></SPAN> |
| <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Semi-empirical<o:p></o:p></SPAN> <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">(Полуэмпирический)</SPAN><o:p></o:p> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Выбор полуэмпирического метода (Semi-empirical) позволит использовать один из квантово-химических методов расчета параметров молекулярных систем вместо молекулярной механики или ab initio<o:p></o:p></SPAN> |
| Ab Initio<o:p></o:p> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Выбор Ab Initio (неэмпирический метод Хартри-Фока) позволит использовать этот метод квантовой химии вместо молекулярной механики или одного из полуэмпирических методов. <o:p></o:p></SPAN> |
| Periodic box<o:p></o:p> (Периодический ящик)<o:p></o:p> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Периодический ящик (Periodic Box) Выбор этого пункта позволит поместить молекулярную систему в периодический ящик, содержащий молекулы воды<o:p></o:p></SPAN> |
| <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Restraints (Ограничения)<o:p></o:p></SPAN> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Ограничения (Restraints)Выбор этого пункта позволяет добавлять граничные условия (действующие силы) для 1, 2, 3 и 4 выделенных типов атомов для молекулярной механики и квантовой химии. Этот пункт меню остается неактивным в случае, если такого выделения сделано не было.<o:p></o:p></SPAN> |
| Set velocity<o:p></o:p> (Присвоение скорости)<o:p></o:p> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Присвоение скорости (Set Velocity). Выбор этого пункта позволяет устанавливать скорости атомам, входящим в систему. Этот пункт используется в некоторых видах молекулярно-динамических расчетов.<o:p></o:p></SPAN> |
| <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Вычисления с использованием сети (Network)<o:p></o:p></SPAN> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Выбор этого пункта (Network) позволяет проводить расчеты с использованием удаленного сервера для молекулярно-механических, полуэмпирических и неэмпирических расчетов</SPAN><o:p></o:p> |
| <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Select paprameter set<o:p></o:p></SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">(Выбор набора параметров)<o:p></o:p></SPAN> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Выбор этого пункта позволяет устанавливать альтернативный набор параметров для молекулярной механики</SPAN><o:p></o:p> |
| <SPAN lang=EN-US style="mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">Compile parameter file <o:p></o:p></SPAN><SPAN lang=EN-US style="mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">(</SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Компиляция</SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US"> </SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">файла</SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US"> </SPAN><SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">параметров</SPAN><SPAN lang=EN-US style="mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">)<o:p></o:p></SPAN> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Выбор этого пункта позволяет преобразовать новый файл параметров из текстового вида или файла базы данных в двоичный код, используемый программой HyperChem<o:p></o:p></SPAN> |
| <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Reaction map<o:p></o:p></SPAN> <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">(Карта реакции)</SPAN><o:p></o:p> | <SPAN style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">Выбор этого пункта позволяет строить карту реакции, т.е. путь от реагентов к продуктам реакции и синхронного поиска переходного состояния. Этот пункт остается неактивным до тех пор, пока не сделан выбор реагентов и продуктов реакции</SPAN><o:p></o:p> </TBODY> |
<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 13.5pt">
6.1.<o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 13.5pt">Молекулярная механика (ММ)<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
Выбор в меню <SPAN style="COLOR: blue">Setup</SPAN> пункта, соответствующего молекулярной механики, позволяет использовать классический Ньютоновский метод вычислений энергии одной точки, равновесной геометрии и молекулярной динамики объектов вместо квантово-механического подхода (одного из полуэмпирических методов или неэмпирического метода Хартри-Фока (ab initio)).
В методе молекулярной механики атомы рассматриваются как ньютоновские частицы, которые взаимодействуют друг с другом посредством неких потенциальных полей, задаваемых эмпирически. Потенциальная энергия взаимодействия зависит от длины связей, углов связи, торсионных углов и нековалентных взаимодействий (в т.ч. сил Ван-дер-Ваальса, электростатических взаимодействий и водородных связей). В этих расчетах силы, действующие на атомы, представляются в виде функций координат атомов.