Что программа умеет считать 2 страница
<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 13.5pt"></SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 13.5pt; mso-ansi-language: EN-US">2.<o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 13.5pt">Основная техника построения и редактирования объектов<o:p></o:p></SPAN>
После открытия HyperChem желательно расширить окно на полный экран. В большой рабочей области гораздо удобнее строить молекулы.
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Рисование отдельных атомов:<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="COLOR: maroon"><![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN><![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Откройте в меню <SPAN style="COLOR: blue">Build</SPAN><SPAN style="COLOR: blue"> </SPAN>пункт <SPAN style="COLOR: blue">Default element</SPAN>. В нем содержится диалоговое меню <SPAN style="COLOR: blue">Element Table</SPAN> - периодическая таблица элементов Д. И. Менделеева.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p><![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для выбора элемента курсор мыши наведите на желаемый элемент и щелкните левой клавишей.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Если нажать на кнопку <SPAN style="COLOR: blue">Properties...</SPAN> , откроется окно, содержащее информацию о физических свойствах выбранного элемента.
После нажатия <SPAN style="COLOR: blue">ОК</SPAN> окно исчезает.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Можно также отметить •<SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN> <SPAN style="COLOR: blue">Allow ions</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Допустимы ионы</SPAN>) или <SPAN style="COLOR: blue">Explicit hydrogens</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Добавить водороды</SPAN>).
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">5.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>После выбора элемента закройте <SPAN style="COLOR: blue">Element Table</SPAN>.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">6.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Переместите курсор в рабочую область. При этом он приобретает форму прицела <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN>
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">7.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Разместите в поле построения выбранный атом, нажав однократно на левую кнопку мыши. Так можно разместить на любом расстоянии друг от друга неограниченное число атомов одного элемента.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">8.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для смены элемента вновь необходимо открыть <SPAN style="COLOR: blue">Default Element</SPAN> и щелкнуть по нему левой кнопкой мыши.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">9.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для соединения двух атомов между собой "прицел" мыши <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Symbol">Е</SPAN> (<SPAN style="COLOR: red; mso-bidi-font-style: italic">Draw</SPAN>) наведите на атом и, не отпуская левой клавиши (<SPAN style="COLOR: teal">L-протяжка</SPAN>), проведите линию до другого атома. Таким образом, все размещенные в пространстве атомы можно соединить в одну молекулу посредством химических связей.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">10.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Существует другой способ построения молекулы. После того, как Вы разместили один атом в поле построения, не отпуская левой клавиши (<SPAN style="COLOR: teal">L-протяжка</SPAN>) проведите от него линию до места, где должен находиться второй атом и, не отпуская кнопки мыши, однократно щелкните. Это позиция второго атома.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p><![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">11.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>При построении молекул необходимо учитывать, что не все из них имеют плоскую структуру, поэтому для размещения отдельных атомов в пространстве под определенным углом относительно друг друга молекулу можно разворачивать, выбрав указатель мыши <SPAN style="COLOR: red"><!--[if gte vml 1]><v:shape id=_x0000_i1032
style="WIDTH: 15pt; HEIGHT: 14.25pt" type="#_x0000_t75"><v:imagedata
o:title="Рисунок21"
src="./chapter_02.files/image012.png"></v:imagedata></v:shape><![endif]--><![if !vml]><![endif]></SPAN><SPAN style="COLOR: red">Rotate out of plane</SPAN><SPAN style="COLOR: red">.<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">12.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Чтобы химическую связь сделать кратной (двойной, тройной, полуторной), прицел<SPAN style="COLOR: red"> </SPAN><SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Symbol">Е</SPAN><SPAN style="COLOR: red"> </SPAN>необходимо разместить рядом с линией, изображающей одинарную связь и однократно (двукратно) нажать на левую клавишу мыши.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">13.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для удаления связей или атомов пользуются правой клавишей мыши (<SPAN style="COLOR: teal">R-щелчок</SPAN>).
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Работа с выделенными атомами (молекулами)<o:p></o:p></SPAN>
Удалить или копировать сразу несколько атомов или всю молекулу можно после их выделения. Для этой цели служит кнопка <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Wingdings"> ;</SPAN>(вложенные друг в друга пара кружочков).
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Вначале необходимо выбрать параметры выделения в меню <SPAN style="COLOR: blue">Select</SPAN>. Можно выделять как отдельные <SPAN style="COLOR: blue">атомы</SPAN>, <SPAN style="COLOR: blue">остатки</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">residues</SPAN>), так и целые <SPAN style="COLOR: purple">молекул</SPAN>ы, по отдельности или вместе.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>После того, как Вы настроили параметры выделения (например,
<SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"> атом), нужно навести курсор на выделяемый объект в рабочем поле и сделать <SPAN style="COLOR: teal">L-щелчок</SPAN> кнопкой мыши.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Таким же образом можно выделить связь между двумя атомами. В этом случае в параметрах выделения должен быть обязательно отмечен •<SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN><SPAN style="COLOR: blue">Atoms</SPAN>.
Выделенные фрагменты можно удалить или запомнить в буфер с последующим извлечением из него (соответствующие кнопки на меню или разделы в меню <SPAN style="COLOR: blue">Edit</SPAN>).
Выделенные фрагменты можно также отдельно перемещать или вращать на рабочем поле, выбрав соответствующие инструменты и «схватив» их правой кнопкой мыши (только для этого необходимо в меню <SPAN lang=EN-US style="COLOR: blue; mso-ansi-language: EN-US">Fail/Preferences/Tool</SPAN><SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US"> </SPAN>отменить<SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US"> (•</SPAN><SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN><SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US"> ) <SPAN style="COLOR: blue">whole molecular translation</SPAN>). <o:p></o:p></SPAN>
Для отмены выделения поместите курсор в пустой области экрана и щелкните левой кнопкой мыши. Чтобы отменить выделение отдельного атома, фрагмента или связи курсор <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Wingdings"> наводят на выделенный объект и однократно щелкают правой клавишей мыши.
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Выбор группы атомов<o:p></o:p></SPAN>
При выборе группы атомов они заключаются в прямоугольник
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В меню <SPAN style="COLOR: blue">Select</SPAN> не должно быть помечено <SPAN style="COLOR: blue">Select Sphere</SPAN>.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Выберите точку в пустой части рабочей области, проведите от нее линию, одновременно удерживая левую и правую клавиши мыши (<SPAN style="COLOR: teal">LR -протяжка</SPAN>) к выделяемым атомам. При этом будет рисоваться прямоугольник, отображающий границу области выбора.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Отпустите кнопки мыши, и все атомы области выбора окажутся выделенными.
В этом же окне можно выделить вторую группу атомов. Для этого в меню <SPAN lang=EN-US style="COLOR: blue; mso-ansi-language: EN-US">Select </SPAN>необходимо<SPAN style="mso-ansi-language: EN-US"> </SPAN>отметить<SPAN lang=EN-US style="mso-ansi-language: EN-US"> (</SPAN><SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol">•)<SPAN style="COLOR: blue"> Multiple Selections</SPAN>. </SPAN>После чего таким же образом в прямоугольник заключить другую группу атомов. При этом новые выделенные атомы добавятся к предыдущим.
Чтобы выделить все атомы нужно в пустом пространстве рабочей области поместить курсор <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Wingdings"> </SPAN> и однократно щелкнуть левой кнопкой мыши. Для отмены всех выделений нужно однократно нажать на правую кнопку мыши, когда курсор находится в пустом пространстве рабочей области.
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Удаление атомов<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="COLOR: #993300">Для удаления одного атома или связи:<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Произведите однократный щелчок на инструментальное изображение <SPAN style="COLOR: red; FONT-FAMILY: Symbol"> (<SPAN style="COLOR: red; mso-bidi-font-style: italic">Draw</SPAN>) панели инструментов.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Наведите курсор на удаляемый объект и произведите <SPAN style="COLOR: teal">R-щелчок</SPAN>. Атом или связь исчезнут.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p><SPAN style="COLOR: #993300">Для удаления нескольких атомов или связей:<o:p></o:p></SPAN>
Посредством <SPAN style="COLOR: teal">LR-протяжки</SPAN> заключите в пространство внутри прямоугольника атомы и связи, которые подлежат удалению
В меню <SPAN style="COLOR: blue">Edit </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Редактирования</SPAN>) выберите <SPAN style="COLOR: blue">Clear</SPAN><SPAN style="COLOR: purple"> </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Очистить</SPAN>)<SPAN style="COLOR: purple">.</SPAN> Появится диалоговый блок, где будет задан вопрос: "Хотите ли вы удалит выбор?". Нужно нажать "<SPAN style="COLOR: blue">Да</SPAN>".
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p><SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Копирование атома в буфер:<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt; mso-bidi-font-style: italic">1.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В меню <SPAN style="COLOR: blue">Select </SPAN>отметьте <SPAN style="FONT-FAMILY: Symbol"></SPAN> <SPAN style="COLOR: blue">Atoms</SPAN>.<o:p></o:p>
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">2.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Щелчком левой клавиши в рабочем поле выделить атом или связь.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">3.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>В меню <SPAN style="COLOR: blue">Edit </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Редактирования</SPAN>) выбрать <SPAN style="COLOR: blue">Copy </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Копирование</SPAN>). Копия атома или связи сохраняется в буфере.
<![if !supportLists]><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; mso-bidi-font-size: 12.0pt">4.<SPAN style="FONT: 7pt 'Times New Roman'"> </SPAN></SPAN><![endif]>Для вставки объектов из буфера в рабочую область можно выбрать в меню редактирования команду <SPAN style="COLOR: blue">Past </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Вставить</SPAN>).
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Очистка рабочей области HyperChem:<o:p></o:p></SPAN>
Выберите в меню <SPAN style="COLOR: blue">File </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Файл</SPAN>) пункт <SPAN style="COLOR: blue">New </SPAN>(<SPAN style="COLOR: blue">Новый</SPAN>). Появляется диалоговое окно, в котором содержится вопрос: "Хотите ли вы сохранить текущие изменения в данном файле?".
Нужно выбрать "<SPAN style="COLOR: blue">No</SPAN>". HyperChem очищает рабочую область.
<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">3.<o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Создание полипептидов
<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt"><![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">До сих пор Вы учились строить отдельные молекулы и отображать их, читая координаты из файла <SPAN style="COLOR: green">HIN</SPAN>. В этом разделе изложены принципы построения полипептидов посредством<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>последовательного выбора остатков аминокислот из библиотеки HyperChem.<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Чтобы открыть диалоговое меню библиотеки аминокислот:<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Выберите меню <SPAN style="LAYOUT-GRID-MODE: line; COLOR: blue">Databases</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">База Данных</SPAN><SPAN style="LAYOUT-GRID-MODE: line">)</SPAN> пункт <SPAN style="LAYOUT-GRID-MODE: line; COLOR: blue">Amino Acids</SPAN> (<SPAN style="COLOR: blue">Аминокислоты</SPAN><SPAN style="LAYOUT-GRID-MODE: line">).</SPAN><o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Это диалоговое меню является устойчивым и остается открытым все время, пока Вы строите полипептид.<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Последовательно выбирая остатки, Вы строите вторичную структуру полипептида. Но для этого нужно в диалоговом окне отметить, что должна представлять из себя эта структура: альфа-спираль (</SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">Alphe</SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt"> </SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">helix</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">), бетта-лист (складчатость) (</SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">Beta</SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt"> </SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">sheet</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">) или другие варианты. Автоматически устанавливаются<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>как phi так и угол psi. Угол омеги (</SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">Omega</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">) можно изменить но обычно это 180 º для транс-пептидной связи. Начинайте построение с </SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">N</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">-конца полипептидной цепи.<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Чтобы построить цепь:<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">L-щелчком последовательно выбирайте аминокислоты начиная с </SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">N</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">-концевого остатка. HyperChem строит цепь, располагая аминокислоты<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>под соответствующими углами относительно друг друга<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt"><![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Создание цвиттер-иона<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt"><![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">В построенной Вами<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>полипептидной цепи<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>N-конец содержит HN- , а C-конец -CO группу. Создание цвиттериона модифицирует N- и C- концевые остатки аминокислот.<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Чтобы создать цвиттерион в меню База данных виберите пункт Цвиттерион<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">(Zwitterion). HyperChem<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>добавит атом<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>кислорода на C-конец полипептида (получится СОО-) и два протона к N-концу (до </SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">NH</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">3</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">).<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="COLOR: #993300">Мутагенез<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Сайт-специфический мутагенез играет важную роль в белковой инженерии. Замена конкретной аминокислоты на критическом месте может изменить структуру и свойства белка, а следовательно, функцию.<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Чтобы заменить остаток: <o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Сначала выберите аминокислоту, которую нужно заменить. Для этого в меню Дисплей в пункте Этикетки (</SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">Labels</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt"> ) отметьте Name+Seq как опции для маркирования остатков и нажмите OK. Можно также в меню Выбор (</SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">Select</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">) отметить Остатки (</SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">Residues</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">).<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">После чего измените форму курсора на </SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; FONT-FAMILY: Wingdings; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman'; mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Wingdings"><SPAN style="mso-char-type: symbol; mso-symbol-font-family: Wingdings"> ;</SPAN></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt"> </SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">Select</SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt"> </SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">и </SPAN><SPAN lang=EN-US style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ansi-language: EN-US">L</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">-щелчком кнопки мыши выберите нужную аминокислоту.
<o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">В меню База данных становиться активным пункт<SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>Мутировать (Mutate), который ранее был неактивен<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">В диалоговом меню Mutate выберите из списка аминокислоту, на которую будет заменен выделенный остаток и нажмите OK. Происходит замена<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt">Сохраните полученную структуру.<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; mso-bidi-font-size: 18.0pt">4. <o:p></o:p></SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 16pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 18.0pt">Измерение параметров структур (Measuring Structural Properties)<o:p></o:p></SPAN>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; mso-bidi-font-size: 18.0pt"><![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p></SPAN>
Данный раздел описывает технику измерения структурных связей. Дается также описание способов измерения углов, а также дисплейных характеристик атомов, как, например, заряды и пространственные координаты.
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
<SPAN style="FONT-SIZE: 14pt; COLOR: #993300; mso-bidi-font-size: 12.0pt">Характеристики атомов<o:p></o:p></SPAN>
<![if !supportEmptyParas]><![endif]> <o:p></o:p>
Для того чтобы получить информацию об основных характеристиках атома его нужно выделить. В строке состояния появляются: номер атом, тип, и заряд для выбранного силового поля молекулярной механики<SPAN style="FONT-FAMILY: Arial"> </SPAN>Она также показывает x, y и z-координаты этого атома.