Функциональный анализ фаги генома

В дополнение к поиску последовательности сходство с БЛАСТНЫЕ Алгоритмов для ДНК - и

Белковых последовательностей были ORFs фаги в P482 также на предмет наличия

определенные аминокислоты анализирует мотив. Это возникает, например амино кислоты мотив

[LIMAC]-[LIVFYWA]-x-[DN]-P-P-[FYW] выделяет программу на PROSITE

Сходство с ДНК(аденин-н6)-Метил Трансфер Асен (PS00092). "АТП-GTP

binding site A (P-Loop)"мотив описан [AG]-x(4)-G-K-[ST].

Как Tab. 26 показывает, содержат некоторые белковые последовательности фаги характерные P482

Аминокислотные мотивы. Для HNH-Endonukleasen была типичная последовательность разделе

независимо от нескольких программах ORFs в 37 и 50 идентифицирован. Через

BLAST-сравнение найденных результатов, что ORF 22 для N-Acetylmuramoyl

L-аланин-Amidase, была подтверждена 2 программы. Хотя P482-

специфические ORF 32 нет сходства Последовательности клали в базах данных за ДНК

P482_ORF37 :

P482_ORF50 :

bIL170_E11 :

bIL170_E20 :

bIL170_E37 :

r1t_ORF41 :

SP82

Пхи-E :

P482_ORF47 :

------------MKKIMEVVRYK--EKYLVSDKГDVFKENKKYTIKKKQATNKYGYKVTKI----НГKQE

-------------------МRYKKIDT-VIVЛЕНГKVYRELKDRCRLIKGTLRNNGYLQLTI----КНKTI

------------MSEVETFVKIEGFE-KYEVSNLГKVRNIKSGRILKP-WIVP-НGYLMHQLCENNKKKНЛ

-------------------МRYKKIDD-LIVFEНГKIYKEMKNKCKLTGLTKSKTGYLMVSV----КГKRM

------------------МВKYRIYEENYIILSНГEVWKIHKNHYRKMKPNKKKNGYWNVSI----ННKAT

-----------------MWVKI-ARNNNYSINEНГМVRNDNTEHIKQP-FTNKDNGYLIVDLYMNNKSEKV

----------------MEWKDIKGYEGHYQISDНГDIFSLKSNRVLKT-MKNKKNGYIYIHLTKDGKKKAF

----------------MEWKDIKGYEGHYRISDНГDIFSLKSNKVLKT-MSNK-НGYTYIHLTKGGKKKСФ

MGFLLYRIRTNGGNLVTKLRKFIKYKEKYМVSDДГEVWEIQKNNLKKKPLSKNNSGYLYTSI----НГKPL

y 6 G 6

GY 6 k

: 52

: 47

: 56

: 47

: 49

: 52

: 54

: 53

: 67

P482_ORF37 :

P482_ORF50 :

bIL170_E11 :

bIL170_E20 :

bIL170_E37 :

r1t_ORF41 :

SP82

Пхи-E :

P482_ORF47 :

RVHRIVMEAFHG--KSDLTVDHIDГNKEННNLNНЛEYVTQTENAKR-----------FHD-----------

KVHRLVIEAFКГ--KSDLTVDHIDГNKLННSLDНЛQYLTREENLIK-----------SIA-----------

FLHRIIATAFIDNPEEKPQVNHIDENKLННDLNНЛEWCТVKENNIH----GTRMKRIAEKHFKKV------

YVHRLVМЛAFHG--KSDLTVDHLNМNKQDNRLEНЛEYVTAVENIKR-----------ALG-----------

LLHKVITRAFLG--DTTLTVDHIDГNKNННKLSНЛEYVTQAENTRR-----------MFDRTGTDRCSKIG

PIHRLVAEAFIPNPENKATVDHIDГNRKННSIDНЛRWAТYSENNSRFETIGVRSETIIVERFAEERKKRGG

ТIHRLVALHFCGGYEESLVVDHIDRNRЧННHFSНЛRWVSRKENSSN---ISADTKKNIITAVRKNAKSQSQ

ТIHRLVALHFCEGYGEDLVVDHIDQDRDННHCSНЛRWVSRKENSNN---ISADTRAKVSEVSKRNARKVSQ

ГVHRIVЛЕAFТГ-YSSEEVAIKIEIKLITVCLILNMFLIKKMYVDT-------------------------

6H466 aF

v h6 n НЛ 5 ы

: 99

: 94

: 117

: 94

: 107

: 123

: 122

: 121

: 112

P482_ORF37 :

P482_ORF50 :

bIL170_E11 :

bIL170_E20 :

bIL170_E37 :

r1t_ORF41 :

SP82

Пхи-E :

P482_ORF47 :

-----KKVLWNGK------EFRSFSDLSRYVGV-ANSTAWKNYSKGYK-----ЛКГHIIEVVK--------

-----IPIYYDNV------КЫРSTNELSRKLNV-SKNTIKYNLNKYGS-----YKГKKLNY----------

---IQLDLNDNVLN-----EFESMVQAEQETGV-SRRNISSCCNGKR------KSAGRFKWRKK-------

-----IKVKWNGK------EFRSFSDLAKYVGV-SHQSVSRNYSKGYK-----ЛКГYIIEVVK--------

KKYSSKKIIWNDI------VFESVSEFCRKTGYKSTSGIAKSVRKGWK-----VKГHLISYL---------

GHLSWLYVIETI-------EFKSISETAKYFNC-TIGNISLMLEKGTIGQRGITRГYQFSYKNRKRSKINS

RSNRKIRPVISISPEGVIRHHRSITQASKETGV-TNASISNNLNKGSR----LMSГYRFLYKDRQLNG---

MTGRKKRPVISISPDGVEKYHGSIMEASRYTGV-GNSSIWKALNKGSV----ПРОЧИТАЛГYKFKHA---RUS---

--------------------------IQKK-----------------------------------------

: 145

: 138

: 166

: 140

: 158

: 186

: 185

: 181

: 116

Page 98

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

или белковых последовательностей содержит, он содержит ДНК(аденин-н6)-Метил Трансфер типичные Асен

Аминокислотные мотивы. Аминокислоты 222-228 имеем последовательность P L-Y-L-D-P-Y. За ним

сохраненная мотив (СМ) II. скрывает консенсус-последовательности для CM I - F-

x-G-x-G (Timinskas et al., 1995). Также эта тема невозможна в ORF 32 между

Аминокислоты 38 до 42 (последовательность F-G-G-G-G) идентифицировать. Расстояние между

два законсервированных объектов примерно соответствует в других представителях

Белка класс найденного расстояния. Чтобы белок ORFs 32 может D12-класс

ДНК(аденин-н6)-Метил Трансфер Асен быть назначены.

ORF

ПИР

PROSITE patterns

Домены PFAM

БЛОКИ

HNH Endonuklease

важное Hüll-

белка

АТП-GTP связи

задать мотив A

Цинк-зависимые

Фосфолипазы C

Трансмембранный

белка

Гидролазы

N-Acetylmuramoyl L-

Аланин Amidase

N-Acetylmuramoyl L-

Аланин Amidase

ДНК(аденин-н6)-

метилтрансферазы

Endodeoxyribo-

нуклеаза

HNH-Endonuklease

Endodeoxyribo-

нуклеаза

HNH-Endonuklease

АТП-GTP связи

задать мотив A

Tab. 26. Характерные аминокислотные мотивы в последовательностях из putativen протеины

Фаги P482.

Page 99

3. Результаты

_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Подготовительные работы к ДНК-чип-гибридизации

3.6.1. Метка ставки на ПЦР, ник Translation и "random грунтованный

labelling"