Сходство в ДНК других Lactococcus-фаги
Последовательности сравнение P482, sk1 и bIL170, 3 Lactococcus-фаги из вида 936,
их геном был sequenced в комплекте, позволяет разделять в и выше
ниже залуживал области. Переходы из этих областей соответствуют точно обычно
с кодирующим областям ORFs. Подобное было и для L. lactis ssp. lactis и
cremoris установлено: в консервированных местах составлять различия на
Аминокислоты уровне максимум 10-20%, в противном случае 35-65% (Delorme et al., 1994).
При сравнении ранних фаги регионы (рис. 26) показывает на ORFs 23, 24, 28, 29,
30, 33, 38, 39, 40, 43, 44, 46 и 51 идентичность аминокислотных уровне между 80 и
100%. Также расположение этих генов в фаги P482, sk1 и bIL170 идентичны. В
генах ORFs 25, 36, 41, 42 и 45 средний уровень сохраненная viertheit отражается
40-80% против. Последовательности ORF 27, 34 и 37 приходят в подобной форме только в
bIL170, но не в sk1. ORF 26 и ORF 49 имеют высокое Сходство с ORF
E30 и Е2 от bIL170, но только небольшое Сходство ORF ORF 24 и 49 из sk1
на. Которые P482 конкретных ORFs 31, 32, 35, 47, 48 и 50 смогли ни в одном из двух
другие фаги быть идентифицированы. В отличие от этого, как sk1, а также содержат
bIL170 ORFs, которые содержатся только в этом фаги (sk1 ORFs 28, 29, 36, 37, 40, 44,
45, 47, 48, 49 или bIL170 ORFs E37, E36, E35, E34, E27, E26, E25, E22, E21, E20, E11,
E8, E4, E3).
В отличие от регионов раннем фаги гены, в которых фаги P482, sk1
и bIL170 значительно отличаются, являются регионы среднего и позднего
Фаги транскриптов во всех 3 фаги очень сохранились (рис. 27). 9 генов мудрецов 95 до 100%
Идентичность аминокислотной последовательности (ORF 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 14, 15). У других
ORFs быть достигнуто сходство Последовательности от 75 - 95%. Относительное расположение
отдельные ORFs остается во всех фаги. Только в sk1 ORF 11 отсутствует. Из P482
специфические ORF 13 не найдете ни в одном другом фаги.
| Page 93 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
18.0
19.0
20.0
ch
iregion
-35
.0
.0
.0
.0
25.0
26.0
27.0
28.0
.0
КБ
E3
E3
E3
E32
E3
E3
Е2
Е2
E27
Е2
E23
Е2
E21
E19
Е1
Е1
Е1
Е1
Е1
Е1
Е1
E9
E8
E6
E5
E3
Е2
Е1
E25
Alignm
en
T ru
R начале Pha
г
Engene
-8
00-9
80-7
70-60
-5
-9
В
ru
ntitä
T ru
R A
м
в
o
s
ä
u
re
в
V
e
РГ
ле
ic
H z
u
P
%
O
p
en
Re
ad
в
г
F
Ram
e
OR
F-B
e
z
e
я
n
u
n
г
P48
sk
BIL
18.0
19.0
20.0
.0
.0
17.0
18.0
9.0
20.0
21.0
.0
.0
.0
.0
23.0
.0
25.0
КБ
25.0
6.0
.0
.0
.0
.0
КБ
50-4
40-30
< 3
P4
sp
e
z
O
R
F
K
b
ko
n
Tin
u
Ierlic
ч
Это
Alig
n
м
en
т
Е1
Е2
E7
Е4
Е2
E3
E3
Е1
Рис. 26. "Early регионе" фаги P482, sk1 и bIL170.
| Page 94 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Рис. 27. Расположение средних и поздних генов фаги P482, sk1 и bIL170.
0.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
10.0
11.0
12.0
13.0
14.0
15.0
16.0
17.0
КБ
L1
L2
L3
L4
L5
L6
L7
L8
L9
L10
L
L1
L13
L14
L1
L1
L17
L1
L1
L2
L2
L
7 8 9
A
Lign
м
en
T d
e
R m
Ittleren u
n
d
Конце РН
АЖЕН
Ген
e
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
.0
10.0
11.0
12.0
13.0
14.0
.0
16.0
17.0
.0
k
b
co
s
co
s
co
s
0.0
.0
.0
.0
4.0
.0
6.0
.0
8.0
.0
10.0
11.0
12.0
13.0
14.0
15.0
КБ
M1
М2
М3
М4
co
s
co
s
29.0
30.0
31.0
.0
27.0
8.0
co
s
31.0
30.0
95-90
100-9
90-85
85-80
80-75
0-9
В
d
e
n
titä
T d
e
R A
м
в
os
ä
u
re
в
V
e
РГ
ле
ic
ч
z
u
P
%
O
p
En Read
в
Г Фра
м
e
O
R
F
-Б
e
z
e
ic
hn
ООН
г
P
Spe
z
O
R
F
КБ
ko
Ntin
Uierlic
ч
Это
Alig
Nmen
т
P482
P48
sk
sk
b
IL1
b
IL1
| Page 95 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
3.5.4. Анализ P482 специфических "Open Reading Frames"
ORF 11 приходит, кроме P482 и у Lactococcus-фаги bIL170 и bIL41 936
Вида, и Tuc2001, r1t и TP901-1, которые принадлежат P335-вид, Сходство с
от 70 до 79% на общую длину Протеина (табл. 25). Снижение
Последовательность сходства на 200 AS длинного фрагмента указывают на родство
с Streptococcus-фаги. Два Streptococcus thermophilus-фаги и Sfi21
Sfi19 показать в своих ORFs 1276 1291 или даже более высокие Homo психологии как Lactococcus-
Фаги phi67 и BK5-T. Из последовательности сходство может быть только тяжелая функция
Протеина вывести. Возможные структуры протеина фаги бы, при строительстве
Фаги хвоста участвует.
Организм
ORF-обозначение
% Сходство
Предсказанная функция
Л. л. фага bIL170
L12
неизвестно
Л. л. фага Tuc2009
ORF56
"
Л. л. фага r1t
ORF 47
"
Л. л. фага TP901-1
ORF 51
Воротник протеин
Л. л. фага phi41
L12
неизвестно
Л. л. фага с2
L15
маленькая структура белка
Str. therm. Фаговая Sfi21
ORF 1276
40% на 200 AS
Протеин f. d. специфичность Хозяина
Str. therm. Фаговая Sfi19
ORF 1291
39% на 200 AS
Протеин f. d. специфичность Хозяина
Л. л. фага phi67
ORF 35
39% на 160 AS
неизвестно
Л. л. фага BK5-т
ORF 1904
28% на 200 AS
Протеин f. d. специфичность Хозяина
Str. therm. Фаговая Sfi11
ORF 695
27% на 200 AS
Анти-Рецептор
Tab. 25. Белковых последовательностей Сходства с ORF 11.
При сравнение последовательности ORF 13 с базой данных только небольшое Сходство, чтобы быть
BK5-T, Streptococcus-фаги Sfi11, Sfi19 и Sfi21 или с2 списке. Как
возможная функция может участия Протеина в построении системы фаги хвоста
быть получены.
Из P482-специфические ORF 31 содержит 96% сходство Последовательности ORF 22 от r1t (Nauta et al.,
1996; van Sinderen et al., 1996) и 94% Сходства с ORF 230 от phi31.1 на (Durmaz
и Klaenhammer, 2000). Из этих двух P335-видов Lactococcus-фаги
исходящие ORFs мог быть назначен до сих пор нет функции, так что, несмотря на
большое сходство Последовательности ORF для 31 функции протеина не может быть получена. Как
Рис. 28 показывает Сходство также состоит из белков Streptococcus pyogenes MGAS8232
| Page 96 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
и M1GAS (Ferretti et al., 2001; Smoot et al., 2002) и Listeria inocua (Glaser et al.,
2001). Протеины содержат между 34 и 36% идентичные и от 51 до 57%
подобные аминокислоты. Последовательности, из Streptococcus thermophilus-фаги и Sfi11
Sfi19, как известно, свидетельствует о большей идентичности последовательностей Бактерий, чем
Последовательности Lactococcus-фаги (Lucchini et al., 1998; Lucchini et al., ICRP, 1999a) . Никому
из перечисленных протеинов до сих пор не удалось сопоставить функцию.
Рис. 28. Alignment в P482-специфические ORFs 31 с другими последовательностями из
Базы данных.
Для P482 конкретных ORFs 32, 35 и 48 были на ДНК или белка уровень только
небольшие сходства Последовательности записей в базах данных определены.
Которые ORFs 47 и 50 оба из Сходства к bIL170 известных белков
E11, E20 и E37. В этом фаги утроение этих схожих генов находится
прежде, локализуются также в разных Местах генома. В P482 ..
с ORF 37 также 3 варианта Белка с разной Сходство
bIL170-белков. В качестве возможной функцией этих протеинов может Endodeoxyribonuklease-
Активность быть таковой.
Все последовательности показывают большое Сходство с ДНК-полимеразы генов B. subtilis
Фаг phi-е и SP82 или L. lactis фаги r1t (рис. 29) (Goodrich-Blair и Shub,
1994).
| Page 97 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Рис. 29. Alignment P482-белки с deoxyribo нуклеаза функции и их
ближайший аналогичных представителей.