Основы молекулярной медицины. 2 курс, 3 семестр

Вопросы к контрольной работе № 1:

1. Нуклеиновые кислоты, состав, свойства. Правила Чаргаффа
2. Формы ДНК, их основные параметры
3. Триплексные и квадруплексные спирали, образование шпилек
4. Суперспираль ДНК, её параметры, особенности
5. Топоизомеразы I и II. Механизм действия
6. Репликация ДНК: репликативные ДНК-полимеразы, общие характеристики полимераз
7. Домены ДНК-полимеразы. Их функции
8. Холоэнзим ДНК-полимеразы III – компоненты, их функции
9. Ведущая и отстающая цепи – особенности процессинга.
10. Инициация репликации у прокариот. oriC, DnaA, DnaB, SSB
11. Общие чертырепликации у эукариот и прокариот
12. PCNA – функция
13. Процессинг фрагментов Оказаки у эукариот. РНКаза H и FEN1
14. Компоненты репликационной машины эукариот: DNA pol α + primase; DNA pol δ and ε, PCNA, RFC, RFA
15. Инициация репликациии у эукариот: где она начинается
16. Инициация репликациии у эукариот: факторы, участвующие в инициации репликации
17. Инициация репликациии у эукариот: последовательность событий
18. Факторы Cdt1 и Cdc6 – функция в сборке пререпликативного комплекса
19. Тайминг репликации (ранние и поздние ori, активные имолчащие гены)
20. Когезины: функция и их процессинг (механизм удаления) в анафазе
21. Что такое клеточный цикл
22. Фазы клеточного цикла
23. Фазы митоза
24. Что такое «сверочные» точки (Checkpoints)? Опишите их
25. Понятие «циклин», CDK, активные сайты CDK (сайты фосфориллирования)
26. Ингибиторы комплекса «циклин-CDK». p27: механизм действия
27. Транзиция от метафазы к анафазе. Комплекс APC/C, механизм деградации М-циклинов
28. События в S-фазе. Сборка пререпликативного комплекса.
29. Механизм предотвращения повторной активации preRC в S-фазе
30. Конденсины. Их активация и функция
31. Митотическое веретено: структурный состав центросомы, механизм дупликации центросом
32. Кинетохор: структура
33. Митотическое веретено: основные моторные белки
34. Митотическое веретено: механизм захвата хромосом микротрубочками
35. Механизм обеспечения би-ориентации хромосом
36. Силы, действующие на веретено
37. Расхождение сестринских хроматид, проверочная точка сборки веретена
38. Телофаза. Цитокинез. Бороздка дробления. Механизм образования контрактильного кольца
39. Ассиметрично делящиеся клетки, пример
40. Образование синцития на примере оплодотворенного яйца дрозофилы
41. Мейоз: образование хиазм
42. Синаптонемальный комплекс
43. Фазы профазы 1 мейоза
44. Схема расхождения гомологов и хроматид в мейозе.
45. Особенности удаления когезинов в мейозе 1 и 2
46. Ошибки мейоза
47. Митогены, ростовые факторы и факторы выживания. Пример активации Ras-каскада ростовым фактором
48. Белок pRb: механизм действия
49. Киназы ATR и ATM
50. Белок p53 – его мишени
51. Фосфоинозитол-3 киназа – механизм активации
52. Причины появления повреждений в ДНК
53. Апуринизация, дезаминирование, образование тиминовых димеров
54. Пути репарации ДНК: BER и NER, их механизмы (эукариотические клетки)
55. Исправление ошибок репликации (mismatch repair) в прокариотических клетках. Система белков Mut
56. Mismatch repair у эукариот: белки MSH
57. Микросателлитная нестабильность. Проскальзывание цепи
58. Обход препятствия посредством смены матричных цепей
59. Черезблоковые (translesion) ДНК-полимеразы: механизм работы у прокариот
60. SOS-репарация (репарация двунитевых разрывов). Негомологичное соединение концов (NHEJ). Белки Ku70/80, MRN комплекс, DNA-PKcs
61. SOS-репарация (репарация двунитевых разрывов). Гомологичная рекомбинация. Механизм
62. Потеря гетерозиготности
63. Белки BRCA 1 и 2
64. Структуры Холидея, их особенности (количество на одну хромосому). Миграция ветвей, белки Ruv
65. Кроссинговер и генная конверсия
66. Транспозоны. Виды транспозонов.
67. Транспозоны «только ДНК». Механизм транспозиции «вырезать-и-вставить»
68. Механизм интеграции ретровирусов в ДНК клеток хозяина
69. Ретровирус-подобные ретротранспозоны
70. Неретровирусные ретротранспозоны: элементы LINE и SINE
71. Консервативная сайт-специфическая рекомбинация (КССР): механизм
72. Использование КССР для включения/выключения генов
73. Особенности распределения генов у эукариот
74. Свойства генома человека
75. Нуклеосома: состав, свойства
76. Особенности гистонных белков. Модификация N-концов гистонов. Гистоновый код
77. Убиквитин, SUMO, изопептидная связь
78. Хроматин-ремоделирующий комплекс. Динамичная структура нуклеосомы.
79. Гистоновые шапероны
80. Гетеро- и эухроматин. Эффект положения гена. Самораспространение гетерохроматина, наследование распределения гетерохроматина клеточными клонами

81. Гетеро- и эухроматин. Эффект положения гена. Самораспространение гетерохроматина, наследование распределения гетерохроматина клеточными клонами.

82. РНК-полимеразы эукариот. Регуляция транскрипции полимеразой II.

83. Цис- и трансрегуляция транскрипции.

84. Базальная транскрипция и её факторы. TBP и TAF факторы.

85. Узнавание ДНК фактором TBP.

86. Ковалентная модификация факторов транскрипции.

87. Фосфорилирование субъединиы РНК-полимеразы II и элонгация транскрипции.

88. Белки - активаторы транскрипции

89. Типы доменов, узнающих регуляторные цис-действующие элементы.

90. Коактиваторы и корепрессоры Энхансеры и энхансеосома.

91. Принцип “дальнодействия” в регуляции транскрипции. Локус-контролирующие районы и "инсуляторы".

92. Полимеразы I и III. Особенности структуры промоторов генов, транскрибируемых с помощью этих полимераз.

93. Процессинг РНК. Кепирование, сплайсинг и полиаденилирование транскриптов, синтезируемых полимеразой II.

94. Механизмы сплайсинга. Роль малых ядерных РНК и белковых факторов.

95. Альтернативный сплайсинг. Энхансеры сплайсинга. Каскады альтернативного сплайсинга. Биологическая роль альтернативного сплайсинга, примеры.

96. Роль белков, связывающихся с РНК-полимеразой на промоторе, в определении специфичности сплайсинга.

97. Сплайсинг и его роль в определении специфичности функционирования мРНК в цитоплазме.

98. “Контроль качества” пре-мРНК в ядре. Ядерные поры.

99. Транскрипционные факторы как морфогены в развитии многоклеточных организмов.

100. Понятие о позиционной информации. Механизмы возникновения пространственно ограниченных морфогенетических градиентов факторов транскрипции.

101. Особенности структуры промоторов генов, ответственных за сегментную экспрессию белков-морфогенов в развитии дрозофилы.

102. Поток генетической информации ДНК→РНК→Белок.

103. Кодирующие и некодирующие РНК. Первичная, вторичная и третичная структура РНК.

104. А-форма двойной спирали РНК.

105. Тетрапетли, псевдоузлы и тройные взаимодействия.

106. Спираль-спиральные взаимодействия, формирование крупных доменов.

107.Структуры тРНК и рРНК.