Алгоритм кластерного анализа

Кластерный анализ – это совокупность методов классификации многомерных наблюдений или объектов, основанных на определении понятия расстояния между объектами с последующим выделением из них групп, "сгустков" наблюдений (кластеров, таксонов). При этом не требуется априорной информации о распределении генеральной совокупности.

Выбор конкретного метода кластерного анализа зависит от цели классификации.

Кластерный анализ используется при исследовании структуры каких–либо совокупностей.

От матрицы исходных данных

(16.5)

переходят к матрице нормированных значений Z с элементами:

, (16.6)

где:

j = 1, 2, 3, 4 – номер показателя, i = 1,2,..., n – номер наблюдения;

; (16.7)

(16.8)

В качестве расстояния между двумя наблюдениями z_i и z_ν используется "взвешенное" евклидово расстояние, определяемое по формуле:

(16.9)

Полученные значения удобно представить в виде матрицы расстояний:

, (16.10)

Так как матрица R симметрическая, т.е. , то достаточно ограничиться записью наддиагональных элементов матрицы.

Используя матрицу расстояний, можно реализовать агломеративную иерархическую процедуру кластерного анализа. Расстояния между кластерами определяют по принципу «ближайшего соседа» или «дальнего соседа». В первом случае за расстояние между кластерами принимают расстояние между ближайшими элементами этих кластеров, а во втором – между наиболее удаленными друг от друга.

Принцип работы иерархических агломеративных процедур состоит в последовательном объединении групп элементов сначала самых близких, а затем все более отдаленных друг от друга.

На первом шаге алгоритма каждое наблюдение z_i (i = 1, 2,..., n) рассматривается как отдельный кластер. В дальнейшем на каждом шаге работы алгоритма происходит объединение двух самых близких кластеров, и вновь строится матрица расстояний, размерность которой снижается на единицу. Работа алгоритма заканчивается, когда все наблюдения объединены в один класс.

Вопросы для самоконтроля

1 В чем принципиальное отличие между дискриминантным и кластерным анализами при отнесении признака к какому-то либо существующему или вновь образующемуся классу?

2 По каким критериям можно выбирать оптимальный способ классификации признака при дискриминантном анализе?

3 Чем отличаются рандомизированные и нерандомизированные решающие правила при дискриминантном анализе?

4 В чем разница между двумя общими методами дискриминантного анализа: стандартного и пошагового?

5 При каком количестве обучающих выборок дискриминантный анализ может дать достаточно достоверную оценку разделения признаков?

6 Что может служить мерой сходства между объектами в кластерном анализе?

7 Чем отличаются методы одиночной, средней и полной связей в кластерном анализе?

8 Какое количество кластеров закладывается на первом этапе классификации n объектов?

Литература

ОСНОВНАЯ

1 Лакин, Г.Ф. Биометрия / Г.Ф. Лакин - М.: «Высшая школа», 1990. – 142 с.

2 Плохинский, Н.А. Биометрия / Н.А. Плохинский - М.: «МГУ», 1970. – 368 с.

3 Свалов, Н.Н. Вариационная статистика / Н.Н. Свалов - М.: «Лесная промышленность», 1977. – 177 с.

4 Рокитский, П.Ф. Биологическая статистика: изд. 3 испр. / П.Ф. Рокитский - Минск: «Вышейшая школа», 1973. – 320 с.

5 Жученко, Ю.М. Статистическая обработка информации с применением персональных компьютеров: практическое руководство для студентов 5 курса / Ю.М Жученко – Гомель: УО ГГУ им.
Ф. Скорины, 2007.– 101 с.

6 Зайцев Г.Н. Математическая статистика в экспериментальной ботанике / Г.Н. Зайцев - М.: «Наука», 1984. –
424 с.

ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ

7 Мюллер, П. Таблицы по математической статистике /
П. Мюллер [и др.] - М.: «Финансы и статистика», 1982. – 64 с.

8 Павловский, З. Введение в математическую статистику /
З. Павловский - М.: «Статистика», 1967. – 285 с.

9 Карасев, А.И. Теория вероятностей и математическая статистика / А.И. Карасев - М.: «Статистика», 1979. – 279 с.

10 Бейли, Н. Математика в биологии и медицине / Н. Бейли - М.: «Мир», 1970. – 167 с.

11 Урбах, В.Ю. Статистический анализ в биологических и медицинских исследованиях / В.Ю. Урбах - М.: «Медицина», 1975. – 321 с.

12 Боровиков, В.П. Популярное введение в программу STATISTICA / В.П. Боровиков - М.: «КомпьютерПресс», 1998. – 69 с.

13 Лапач, С.Н. Статистические методы в медико-биологических исследованиях с использованием Excel / С.Н. Лапач
[и др.] - К.: «МОРИОН», 2000. – 196 с.

14 Реброва, О.Ю. Статистический анализ медицинских данных: применение пакета прикладных программ STATISTICA /
Реброва О.Ю. - М.: «МедиаСфера», 2002. – 84 с.

Приложение. Основные формулы и определения

Алгебраические преобразования

Законы действий над числами

Переместительный закон сложения: .

Сочетательный закон сложения: .

Переместительный закон умножения: .

Сочетательный закон умножения: .

Распределительный закон умножения относительно сложения:

Распределительный закон умножения относительно вычитания:

Дробные выражения

Основное свойство дроби: , ,

Действия с дробями (предполагается, что знаменатели дробей отличны от нуля):

,

,

,

Пропорциональность

Пропорция – равенство двух отношений:

, ,

(a, d – крайние члены пропорции; b, с – средние члены пропорции).

Основное свойство пропорции: .

Выражение члена пропорции через остальные:

, , , .

Если истинна пропорция , то истинны и следующие пропорции: , , , , , , , .

Прямая пропорциональность – функция, заданная формулой:

,

где k – коэффициент пропорциональности;

y, x – пропорциональные переменные.

Свойство прямой пропорциональности: .

Обратная пропорциональность – функция, заданная формулой:

, ,

Свойство обратной пропорциональности: .

Степени и корни

Степень с целым показателем

(n раз, ), , , .

Свойства:

, , , , .

Корень n–й степени

– арифметический корень n–й степени из числа а, а > 0,

.

Свойства:

.

В частности, – арифметический квадратный корень:

.

Степень с дробным (рациональным) показателем

.

Свойства степени с действительным показателем

,

Прогрессии

Арифметическая прогрессия

Арифметическая прогрессия – числовая последовательность (a_n), определяемая условиями: 1) а₁= а; 2) a_n+1 = а_n + d, n = 1, 2, ...
(d – разность арифметической прогрессии).

Свойства арифметической прогрессии:

Формула n-ro члена: .

Формулы суммы n первых членов:

Геометрическая прогрессия

Геометрическая прогрессия – числовая последовательность (bn), определяемая условиями:
(q – знаменатель геометрической прогрессии).

Свойства геометрической прогрессии:

.

Формула n-ro члена: .

Формулы суммы n первых членов ( ):

Сумма бесконечной геометрической прогрессии:

.

Формулы сокращенного умножения

Логарифмы

– логарифм числа b по основанию а.

Основное логарифмическое тождество: .

– десятичный логарифм (логарифм по основанию 10): .

– натуральный логарифм (логарифм по основанию е): .

Переход от одного основания к другому:

В частности,

M – модуль перехода от натуральных логарифмов к десятичным.

Свойства логарифмов (u, v > 0):

,

.

Элементы комбинаторики. Формула Ньютона

Перестановки. Размещения. Сочетания

Число перестановок из n элементов:

(n! – n факториал)

Число размещений из n по m (n ≥ m):

Число сочетаний из n по m (n ≥ m):

Формула бинома Ньютона

Треугольник Паскаля

Числовые функции

Основные понятия

Область определения (множество задания) функции f: :

X = D(f).

Множество значений функции f:

.

График функции:

.

Четная функция:

.

Нечетная функция:

.

Периодическая функция (периода ω):

.

Линейная функция

Функция строго возрастает при а > 0, строго убывает при а < 0.

График функции – прямая линия.

Квадратичная функция:

1. При а > 0 (рисунок 1–а) функция строго убывает на и строго возрастает на . График функции – парабола с осью , вершиной в точке и ветвями, направленными вверх.

2. При а < 0(рисунок 1–б) функция строго возрастает на и строго убывает на . График функции – парабола с осью , вершиной в точке и ветвями, направленными вниз.

а)	б)
Рисунок 1 – Квадратичная функция a) ; б)

Степенная функция:

1. : . Функция четная, строго возрастает на и строго убывает на (рисунок 2–а).

2. : , . Функция нечетная, строго убывает на и (рисунок 2–б)

а)	б)
Рисунок 2 – Степенная функция: а) ; б)

Экспонента: (рисунок 3–а)

При a > 0 – функция строго возрастает. При a < 0 – функция строго убывает.

Показательная функция: (рисунок 3–б)

При 0< а< 1 функция строго убывает, при а >1 строго возрастает.

а)	б)
Рисунок 3 – Показательная функция: а) ; б)

Логарифмическая функция

Логарифм натуральный: .

Функция строго возрастает (рисунок 4–а).

Логарифм с основанием а: ,

При 0 < а < 1 функция строго убывает, при а > 1 строго возрастает (рисунок 4–б).

а)	б)
Рисунок 4 – Логарифмическая функция: а) ; б)

Логистическая функция

Уравнение Ферхюльтса: ,

При a ≥ 0 и b ≤ 0 функция строго возрастает (рисунок 5–а).

При a ≤ 0 и b ≥ 0 функция строго убывает (рисунок 5–б).

а)	б)
Рисунок 5 – Логистическая функция: а) , a>0, b<0; б) , a<0, b>0

Учебное издание

Жученко Юрий Михайлович

МАТЕМАТИЧЕСКАЯ СТАТИСТИКА
В БИОЛОГИИ И ХИМИИ

Учебное пособие

для студентов вузов, обучающихся
по специальности 1-31 01 01 «Биология»

Редактор

Корректор

Лицензия _________________________

Подписано в печать . Формат 60х84 1/16.

Бумага писчая №1. Гарнитура «Таймс». Усл. п. л.

Уч.- изд. л. Тираж 100 экз. Заказ № .

Отпечатано с оригинала-макета на ризографе

учреждения образования

«Гомельский государственный университет

имени Франциска Скорины»

Лицензия _________________

246019, г. Гомель, ул. Советская, 104