Война с христианами своего вероисповедания
Папы неоднократно поощряли крестоносцев к вмешательству во внутренние конфликты в Иерусалиме и на Кипре, в споры между христианами. Климент IV требовал от иоаннитов в 1267 г. поддержки для Карла Анжуйского в борьбе с родом Гогенштауфенов из-за господства в южной Италии. Поскольку это встречало сильное противоречие "традиционных рыцарских орденов", для подобных целей были созданы даже специальные ордена. В 1261 г. в Италии появляется Орден Преблагословенной Девы Марии, правила которого требовали защищать веру, свободу Церкви и усмирять распри. В XIII в. вечная мечта Испании вытеснить мавров с Иберийского полуострова отошла на второй план из-за войн между отдельными княжествами, в которых ордена приняли большое участие. Ордена здесь сильно зависели от королевской власти, которая использовала их в своих светских планах. Очень часто владетели старались поставить на должности великих магистров своих детей, чтобы иметь над ними полный контроль. В 1385 г. внебрачный сын португальского короля Петра I стал магистром ордена Авиз. Неоднократно дети властителей, которые не могли из-за того, что были женаты, занять в орденах должности магистров, заполняли собой другие высшие позиции. В 1456 г. с согласия Папы Калиста III испанский король Генрих IV стал администратором и управляющим хозяйством сразу в двух орденах: Святого Якова и Калат-равы. Это способствовало вовлечению орденов в военные и политические интриги. В 1285 г., когда французы атаковали Арагон, местные ордена выступили на его защиту. В конце XIII в. в Кастилии во время внутренних сражений различные ордена поддерживали разные стороны на полях сражений. В 1347-1348 гг. почти все ордена выступили на стороне короля против народных восстаний. В 1356 г. ордена вошли в состав его войск в войне с Кастилией. Эта война завершилась только во второй половине XIV в., когда начался период битв с маврами за южную часть побережья полуострова - Гренаду.
Более "плодотворной" и лучше известной нам была деятельность Ордена Крестоносцев-тевтонцев. В 1308-1309 гг. они захватили Гданьское Поморье и хотели навсегда включить его в состав своего государства. Однако на это они не получили согласия польского короля Владислава Локетка, который со все возрастающей тревогой наблюдал за ростом их могущества. Орден тогда вступил в союз с Иоанном Люксембургским и ударил в 1326 г. по принадлежащим Владиславу местностям Куявы и Великой Польше. (Локеток провел ответную кампанию, в ходе которой к 1328 г. отбросил орденские войска за реку Оса.) Именно эти жестокие расправы, выжигание поселений, убийства женщин и детей заставили летописца более поздних времен Яна Длугоша назвать орденских рыцарей "разбойниками, помеченными крестами". Победа Владислава Локетка в битве под Пловцами в 1331 г. не ослабила ордена. Битвы с крестоносцами продолжались еще почти 200 лет. В результате их на полях битв погибли тысячи и еще больше - при уничтожении населенных пунктов. Множество обвинений, особенно в 1310 г., прозвучало в адрес крестоносцев на Папском трибунале. Им вменялись в вину грабежи христианских поселений. Даже архиепископ Риги обвинил крестоносцев в нападении. Обвинения были весьма серьезными, поскольку этот орден хотели даже распустить.
Другим местом борьбы с христианами своего же вероисповедания были орденские государства, а в особенности территория пруссов, принадлежащая крестоносцам. С XV в. ордена были все меньше заинтересованы поддержкой аристократии. Она сосредоточила в своих руках огромную собственность и хотела получить долю в управлении государством. До сих пор аристократия личным участием поддерживала военные операции ордена (в положении служащих братьев). Позже из-за участия в войнах наемных солдат военная роль аристократии сошла на нет. Ордену выгоднее было селить в своих государствах горожан и крестьян, которые платили налоги на содержание армии. Крестоносцы очень отчетливо дали понять прусской аристократии, что не передадут ей даже самых маленьких управленческих функций. Это привело к росту напряжения между рыцарями и аристократией. В 1440 г. восстание организации "Прусский союз" привело к гражданской войне. В течение 14 лет крестоносцы сражались со своими подданными. Часто они грабили их собственность, жгли принадлежащие им деревни.