Затем, рассказывал живописец, «бедняк ничего уже не слышал, он описал ещё круг, пошатнулся, упал навзничь, умер, и его патроны пошли в мой запас».

Во время боев в Самарканде эмир Музаффар, испугавшись, что победа шахрисабзцев, поколеблет не только русскую власть, но и его собственную, разослал несколько ложных писем о том, что бухарское войско готовится к походу на Шахрисабз. Это обстоятельство, наряду с подходом сил Кауфмана, способствовало уходу осаждавших из Самарканда.

В июне к русскому командованию прибыл посол эмира Мусса-бек и между Россией и Бухарой был заключен договор.

Бухарцы официально признали вхождение Ходжента, Ура-Тюбе и Джизака в состав Российской империи. Они обязались также выплатить 500 тыс. руб. контрибуции, причем для обеспечения исполнения этого пункта Самарканд и Катта-Курган подлежали временной оккупации русскими. Из вновь занятых территорий был организован Зеравшанский округ, начальником которого стал произведенный в генерал-майоры Абрамов.

Сын эмира Абдул-Малик бежал в Карши, где провозгласил себя ханом. Музаффар немедленно двинул туда свои войска и выгнал сына из города, но как только он вернулся в Бухару, непокорный отпрыск опять засел в Карши. Тогда Музаффар обратился за помощью к Абрамову, и тот направил под Карши свой отряд. Не дожидаясь битвы, Абдул-Малик вновь бежал, на этот раз в Индию, под защиту англичан. В Карши вступили русские войска, передавшие его затем представителям эмира. Все свидетельствовало о превращении Бухарского ханства в вассала Российской империи

Ситуация в бухарских землях также оставалась сложной. После того, как эмир подписал с русскими мир, шахрисабзские беки отказались подчиняться его власти. «Отпали» от Бухары и мелкие бекства в верховьях Зеравшана: Матча, Фальгар, Фан и др. Весной 1870 г. туда были отправлены экспедиции под начальством генерал-майора Абрамова (550 солдат с 2 горными пушками) и полковника Деннета (203 чел.).

Первый отряд выступил 25 апреля из Самарканда, прошел более 200 км вверх по Зеравшану и достиг селения Обурдан. Туда же прибыл и отряд Деннета, но он шел из Ура-Тюбе, через горный Аучинский перевал. Соединившись, экспедиции Абрамова и Деннета вышли к селению Пальдорак, резиденции матчинского бека, который, узнав об их приближении, бежал. В конце мая Абрамов пошел дальше на восток, к ледникам Зеравшана, а Деннет — на север, к перевалу Янги-Сабах. Пройдя перевал, отряд Деннета столкнулся с большим войском таджиков-матчинцев и киргизов, после чего вернулся на соединение с силами Абрамова. Затем русские снова двинулись на север, настигли противника и 9 июля 1870 г. разгромили его у северного выхода с Янги-Сабах. После этого они обследовали территории по рекам Ягноб и Фан-Дарья, у озера Искандер-куль, по названию которого вся экспедиция стала называться Искандер-кульской. В том же 1870 г. новые земли были включены в состав Зеравшанского округа под названием «Нагорные Тюмени».

Между тем в Петербург поступали новые вести, что эмир Музаффар, несмотря на оказанную ему при Карши помощь, пытается сколотить союз против России, устанавливает контакты с афганским эмиром Шер-Али, ведет переговоры с Хивой и даже со своими недавними врагами шахрисабзскими беками. Ситуация осложнялась тем, что из-за холодной и малоснежной зимы 1869—1870 гг. в ряде областей Бухарского ханства был неурожай. Из-за бескормицы начался падеж скота. «Шайки голодных бедняков, — сообщал Кауфман, — стали бродить по ханству, производя серьёзные беспорядки. Фанатичное же духовенство всеми мерами подстрекало эмира против нас, указывая ему в один голос на важность утраченной в 1868 г. житницы (то есть Самаркандского оазиса)».

Для предотвращения возможных выступлений Кауфман летом 1870 г. решил нанести удар шахрисабзским бекам. Поводом к началу боевых действий послужило то, что в Шахрисабзе нашел убежище некий Айдар-ходжа, который со своими сторонниками совершали набеги на границы Зеравшанского округа. Генерал Абрамов потребовал выдачи виновного, но получил отказ. Вскоре в Самарканде был сформирован экспедиционный отряд из 9 рот пехоты, 2,5 сотен казаков при 12 орудиях и 8 ракетных станках. Он был разделен на две колонны, которые двинулись в поход с интервалом в 2 дня (7 и 9 августа) и 11 августа подошли под стены города Китаба в Шахрисабзском оазисе. 12 августа русские, заложив батареи, начали осаду этого пункта. Гарнизон Китаба насчитывал 8 тыс. чел., и его укрепления были достаточно мощны.

Августа, когда русские пушки пробили в городской стене брешь, руководивший осадой генерал Абрамов решился на штурм. Солдаты штурмовой колонны под началом полковника Михайловского одновременно ворвались в брешь и поднялись по приставным лестницам на стены. За ними последовала резервная колонна майора Полторацкого, солдаты которой подожгли городской склад сена. После ожесточенных уличных боев город был взят. В сражении погибло 600 защитников Китаба и 20 русских (1 офицер и 19 солдат). Желая подчеркнуть, что данный поход направлен только против мятежников, Абрамов передал управление Шахрисабзскими оазисом посланцам эмира.

Тем временем шахрисабзские военачальники Джура-бек и Баба-бек собрали 3-тысячное войско в Магианском бекстве. Против них выступили три роты пехоты и беки, не решившись на битву, отступили. Шахрисабзская экспедиция не только увенчалась победой, но под видом помощи продемонстрировала эмиру силу и мощь русской армии.

Ещё один крупный успех был достигнут на границе киргизских племен и Западного Китая. Летом 1871 г. отряд во главе с губернатором Семиречья Г. А. Колпаковским занял там земли Кульджинского ханства, возникшего в ходе восстания мусульман-дунган против китайской власти. Переход Кульджи в русские руки способствовал крупному дипломатическому успеху: заключению договора с правителем Кашгара Якуб-беком, тем самым, что воевал с русскими, будучи кокандским полководцем. Прекрасно понимая с какой сильной державой он имеет дело, Якуб-бек вообще всячески избегал конфликтов с русскими.

Таким образом в 1868—1872 гг. российские вооруженные силы подавили очаги сопротивления в Бухарском ханстве, совершили далекие походы в горный Таджикистан и вглубь Туркменских земель. Следующим этапом, по замыслу туркестанского командования должно было стать решительное наступление на Хивинское ханство, которое по-прежнему пыталось держаться по отношению к России независимо и даже вызывающе

В 1873 в награду за поставку верблюдов и провианта российским войскам во время Хивинского похода, к Бухаре была присоединена полоса земли, принадлежавшая Хиве, между урочищами Кукертли и Ичке-Яр. В 1876 году, вследствие поддержки России, Бухара возвратила отпавшие бекства Гиссар и Куляб, а в 1877 раздвинула свои пределы далее на юго-восток, покорив, после незначительного сопротивлений, Дарваз и Каратегин. После смерти Музаффара в 1885 году власть унаследовал его сын, предпоследний бухарский эмир Сеид-Абдул-Ахад-Хан.