Умер Оттон 13 января 1200 года в Безансоне и был похоронен там же в церкви Св. Этьена, оставив двух малолетних дочерей, которые последовательно наследовали графство.

1200-1205 Жанна I Бургундская (фр. Jeanne I de Bourgogne нем. Johanna von Burgund, ок. 1191 — 1205), пфальцграфиня Бургундии с 1200 года из династии Гогенштауфенов, дочь пфальцграфа Оттона I и Маргариты де Блуа.

Жанна унаследовала графство Бургундия в девятилетнем возрасте после смерти отца. Регентшей при Жанне была её мать, Маргарита де Блуа, дочь графа Тибо V де Блуа, вышедшая после смерти Оттона I замуж за Готье II д'Авен, графа де Гиз. Жанна умерла в 1205 году так и не достигнув совершеннолетия, после чего графство унаследовала её младшая сестра Беатрис.

1205-1231 Беатрис II Бургундская (фр. Béatrice II de Bourgogne; ок. 1193 — 7 мая 1231) — графиня Бургундии с 1205 года, герцогиня Андекс-Меранская с 1208 года.

Беатрис родилась в 1193 году в семье пфальцграфа Бургундии Оттона I и его жены Маргариты (1170-1230), дочери Тибо V, графа Блуаского и Шартрского и Алисы Французской (1150-1195). Таким образом, по мужской линии Беатрис приходилась внучкойгерманскому императору Фридриху Барбароссе, а по женской - правнучкой французскому королю Людовику VII.

13 января 1200 года в Безансоне был убит её отец, которому наследовала её старшая сестра Жанна I. Но правление Жанны оказалось недолгим: уже в 1205 году она умерла в возрасте 14 лет и Беатрис стала пфальцграфиней Бургундии.

Беатрис II умерла в 1231 году в возрасте 40 лет.

Андексская династия.

1208-1231 Оттон I Меранский (нем. Otto I. von Meranien; ок. 1171/1184 — 7 мая 1234) — герцог Меранский, граф Андекса и Плассенбурга с 1205 года, пфальцграф Бургундии (под именем Оттон II) в 1211—1231 годах, маркграф Истрии в 1228—1230 годах, старший сын герцога Меранского Бертольда IV и Агнес фор Рохлиц, дочери графа фон Грёйч и маркграфа Нижнелужицкого Дедо V Веттина.

1231-1248 Оттон II Андекс-Меранский или Оттон III Бургундский (1208 — 1248) — герцог Меранский и пфальцграф Бургундии, последний представитель Андексской династии, основатель города Инсбрука.

Алиса (Адель) I (ум.1279), графиня Бургундии с 1248, дочь Оттона III

Иврейская династия (линия Шалон).

1248-1266 Гуго де Шалон (фр. Hugues de Chalon; 1220 — 1266) — пфальцграф Бургундии (по праву жены) с 1248, сеньор Салена с 1263, сынЖана I Мудрого, графа Шалона, и Маргариты (Маго), дочери Гуго III, герцога Бургундии.

В 1236 году отец, Жан I Мудрый женил его на Алисе Меранской, дочери графа Оттона II Меранского. После смерти в 1248 годуграфа Бургундии Оттона III графство Бургундия перешло к его сестре Алисе, жене Гуго. Правление Гуго было довольно беспокойным. С 1250 года у Гуго постоянно возникали конфликты с отцом, желавшим править Бургундией от имени своей невестки. В 1258 году восстало население Безансона против архиепископа Гильома. Восстание поддержали Жан и Гуго, в результате чего оно охватило все бургундское графство. В 1259 году восстание осудил папа Александр IV, призвавший вмешаться короля Франции Людовика IX и герцога Бургундии Гуго IV. Восстание прекратилось в 1260 году.

Гуго умер ещё при жизни отца в конце 1266 года. Жан Мудрый стал регентом графства Бургундия при малолетнем Оттоне IV (ум. 1303), но вскоре умер. Графство Бургундия до 1279 года находилось под управлением вдовы Гуго, Алисы Меранской, вышедшей в 1268 году вторично замуж — за Филиппа Савойского.

Савойская династия.

Филипп I Савойский(ум.1285), граф Бургундии с 1248, епископ Валенсии 1246—1267, граф Савойский с 1268, муж Алисы I

Иврейская династия (линия Шалон).

1279-1302 Оттон IV (фр. Hugues de Chalon; до 1248 — 17/26 марта 1303, Мелюн) — пфальцграф Бургундии с 1279, сын Гуго де Шалона, пфальцграфа Бургундии, и Алисы, пфальцграфини Бургундии, дочери Оттона II Меранского, пфальцграфа Бургундии и герцога Меранского.

Его отец, Гуго, умер ещё в конце 1266 года. Регентом графства Бургундия при малолетнем Оттоне IV стал дед, Жан I Мудрый, но вскоре умер. Графство Бургундия до 1279 года находилось под управлением матери Оттона, Алисы Меранской, вышедшей в 1268 году вторично замуж — за Филиппа Савойского.

После смерти Алисы Меранской в 1279 году графство Бургундия перешло под управление Оттона IV. Начало его правления прошло в соперничестве с дядей, Жаном де Шалон-Арлей. Оттон был сторонником короля Франции, а Жан — Священной Римской империи, правителем которой в это время стал Рудольф I Габсбург. В 1289 году император воспользовался конфликтом между графом Базеля и графом Монбельяра Рено (братом Оттона IV), решив подчинить графство своему влиянию. Поддерживаемая Жаном де Шалон-Арлей, двадцатитысячная армия Рудольфа вторглась в графство, захватив Монбельяр и осадив Безансон, где укрылись Оттон и Рено. Город Рудольфу захватить так и не удалось, но он опустошил окрестности города. В результате Оттон был вынужден подчиниться императору. Безансон при этом получил особый статус и свободу управления, при этом он был выведен из подчинения архиепископа. Жан де Шалон-Арлей, благодаря поддержке императора, стал в 1293 году мэром Безансона, а в следующем году стал виконтом Безансона.

В поисках защиты от притязаний Рудольфа, Оттон IV в 1291 году женился вторым браком на Маго, дочери Роберта II, графа Артуа. Благодаря этому он сблизился с французским королевским двором. Позже он 2 марта 1295 в Венсене подписал тайный договор с королем Франции Филиппом IV, по которому обязался выдать старшую дочь, Жанну, за второго сына короля — Филиппа, в качестве приданного он обязался передать графства Бургундия. Мужское потомство Маго и её мужа лишалось возможности наследовать Бургундию. В качестве компенсации, французское правительство подтвердило права Маго на графство Артуа, которое она в 1302 году унаследовала после смерти своего отца.

После подписания договора с королём Франции Оттон перебрался в Париж, где и жил при королевском дворе. Он умер в марте1303 года в Мелюне от ран, полученных 5 декабря 1302 года в битве около города Кассель, где французская армия разбила фламандскую армию под командованием Вильгельма Юлихского. Его тело было первоначально захоронено в аббатстве Лис около Мелюна, а 5 марта 1309 года перезахоронено в аббатстве Шерлью.

1302-1315 Роберт Молодой (фр. фр. Robert de Bourgogne; 1300 — 1315) — титулярный пфальцграф Бургундии (Франш-Конте) с 1303, единственный сын Оттона IV де Шалон, пфальцграфа Бургундии, и Маго, графини Артуа.

В 1303 году номинально наследовал своему умершему отцу и носил титул пфальцграфа Бургундского до самой смерти. Но реально графство ещё с 1295 года по договору принадлежало французскому королю Филиппу IV Красивому. Впоследствии оно было закреплено в качестве приданного за старшей сестрой Роберта, Жанной Бургундской, вступившей в брак со вторым сыномФилиппа IV, будущим королём Филиппом V.