Целями наказания по Соборному Уложению были устрашение и возмездие, изоляция преступника от общества составляла дополнительную и второстепенную цель.
Для системы наказаний были характерны следующие признаки:
а) Индивидуализация наказания. Жена и дети преступника не отвечали за совершенное им деяние. Однако пережитки архаической системы наказаний были еще живы и выразились в сохранении института ответственности третьих лиц: помещик, убивший чужого крестьянина, должен был передать понесшему ущерб помещику другого крестьянина; сохранялась процедура "правежа", в значительной мере поручительство походило на ответственность поручителя за действия правонарушителя (за которого он поручался).
б) Сословный характер наказания. Он выражался в том, что за одни и те же преступления разные субъекты несли разную ответственность (так, за аналогичное деяние боярин наказывался лишением чести, а простолюдин кнутом — гл.Х).
в) Неопределенность в установлении наказания. Этот признак был связан с целью наказания — устрашением. В приговоре мог быть указан не сам вид наказания и использовались такие формулировки: "как государь укажет", "по вине" или "наказать жестоко". Если даже вид наказания был определен, неясным оставался способ его исполнения ("наказать смертью") или мера (срок) наказания (бросить "в тюрьму до государева указа"). Принцип неопределенности дополнялся принципом множественности наказаний. За одно и то же преступление могло быть установлено сразу несколько наказаний — битье кнутом, урезание языка, ссылка, конфискация имущества.
За кражу наказания устанавливались по нарастающей: за первую кражу — битье кнутом и урезание уха, два года тюрьмы и ссылка; за вторую — битье кнутом; урезание уха, четыре года тюрьмы; за третью — смертная казнь.
Неопределенность в установлении наказания создавала дополнительное психологическое воздействие на преступника. Целям устрашения служила особая символика наказаний: преступнику заливали горло расплавленным металлом, к нему применяли наказание, которое он желал был для оклеветанного им человек ("ябедничество"), т.е. применяли архаический принцип талиона, "эквивалентного возмездия". Публичность казней имела социально-психологическое назначение: многие наказания (сожжение, утопление, колесование) служили как бы аналогами адских мук.
В Соборном Уложении применение смертной казни предусматривалось почти в шестидесяти случаях (даже курение табака наказывалось смертью). Смертная казнь делилась на квалифицированную (колесование, четвертование, сожжение, залитие горла металлом, закапывание живьем в землю) и простую (отсечение головы, повешение).
Членовредительные наказания включали: отсечение руки, ноги, урезание носа, уха, губы, вырывание глаза, ноздрей. Эти наказания могли применяться как дополнительные или как основные. Увечащие наказания, кроме устрашения, выполняли функцию означивания преступника, выделения его из окружающей массы людей.
К болезненным наказаниям относилось сечение кнутом или батогами в публичном месте (на торгу).
Тюремное заключение, как специальный вид наказания могло устанавливаться сроком от трех дней до четырех лет или на неопределенный срок. Как дополнительный вид наказания (иногда как основной) назначалась ссылка (в отдаленные монастыри, остроги, крепости или боярские имения).
К представителям привилегированных сословий применялся такой вид наказания, как лишение чести и прав, варьирующийся от полной выдачи головой (т.е. превращение в холопа) до объявления "опалы" (изоляции, остракизма, государевой немилости). Обвиненного могли лишить чина, права заседать в Думе или приказе, лишить права обращаться с иском в суд (условно говоря, это напоминало частичное объявление вне закона).
Широко применялись имущественные санкции (гл. X Уложения в семидесяти четырех случаях устанавливала градацию штрафов "за бесчестье" в зависимости от социального положения потерпевшего). Высшей санкцией этого вида была полная конфискация имущества преступника. Наконец, в систему санкций входили церковные наказания (покаяние, епитимья, отлучение от церкви, ссылка в монастырь, заточение в одиночную келью и др.).