Модульный теория фаги эволюции
Выравнивания среднего и позднего фаги гены P482, sk1 и bIL170 (рис. 27)
показывает в широких областях сходства Последовательности между 90 и 100%. Независимо от
их последовательность имеет геном всех подогнанный dsDNA-фаги очень похожие топологии
на (Brüssow и Desiere, 2001b). При этом Сходство не ограничивается только
Бактериофаги молочнокислых бактерий как sk1 из L. lactis и 21 или Sfi Sfi от 11
Streptococcus thermophilus, но можно также на примере E. coli-фаги λ и
HK97, Streptomyces-фаги φC31 или микобактерий-L5 и фаги TM4
продемонстрировать. Brüssow и Desiere (2001) поэтому говорить о "λ-Supergroup"
внутри Siphoviridae. Основываясь на Работах Lucchini et al. (1999) и
Brüssow et al. (2001) можно в конце области фаги гены P482 в 5
Последовательность разделов: (1) ДНК-упаковка - ORFs 1и 2; (2) головка морфогенеза
- ORFs 3-6; (3) соединение между головой и хвостом - ORFs 7-10; (4) хвост
Морфогенез - ORFs 11 - 20; (5) лизиса - ORFs 21 и 22. Модули 1, 2, 3 и 5 способов
Последовательность сходства между 80 и 100% для других Lactococcus-фаги 936
Вида на. Только в области хвоста морфогенеза которые отличаются
Фаги. С одной стороны, последовательность отдельных ORFs больше не сохраняет так, с другой стороны
возникают ионы на INSERT. P482 дополнительно содержит ORF 11, также из bIL170, bIL41, Tuc2009,
TP901-1 и r1t известно, и ORF 13, в которой нет сходства в Последовательности
Шаблоны баз данных. Может быть изменена или расширена за счет новых белков
Области хвоста морфогенеза и инъекции mechanismuses хозяина спектр
в фаги P482. На примере E. coli-фаги К1-5, в хвост морфогенеза-
Регион содержит один из φK5 и один из φK1E известный Ген, показали, что
этот новый изолированный фага, способного, как E. coli K1, а также E. coli K5 клеток
на зараженных, в то время как хозяин спектр фаги, только один из двух генов содержат
один штамм бактерий Scholl et al ограничено (., 2001). Горизонтальный перенос генов был
Page 128 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
также при замене хвост fiber генов между различными Enterobacteriaceae-
Фаги наблюдается (Хаггард-Ljungquist et al., 1992; песок Мейер, 1994).
После Modular-теория фаги эволюции ДНК-последовательности фаги состоит из
Модулей, их гены образуют функциональный блок (Botstein, 1980). Геномы
всех подогнанных dsDNA-фаги являются мозаики из блоков общей
генетические пулы состоят (Hendrix et al., 1999). Через Heteroduplex-Mapping
было показано, что модули с гомологичных функций между фаги один
Перекресток семье могут быть обменены (Casjens et al., 1992). Эти ДНК-сегменты
необходимо иметь при этом никакой последовательности сходство. Разнообразие возникает фаги
главным образом путем вставки, делеции или замены ДНК-разделах и только
слишком низкий процент за счет точечных мутаций (Lucchini et al., ICRP, 1999a).
Фаги геномы, следовательно, подлежат вертикальной и горизонтальной эволюции (Koonin et al.,
2000).
Еще больше, чем в позднем регионе фаги стенограммы, где у P482 двух вставок
наличии, модульный характер фаги генома в области раннего
Фаги генов значительно. Здесь 4 ДНК-сегментов отличаются. Во время первой
ORF (ORF 51 в P482, ORF 50 в sk1 и ORF Е1 в bIL170) рано еще Transkripts
Последовательность имеет сходства между 80 и 100%, следует во всех 3 фаги область
с 3 по 5 для каждого фаги характерные ORFs (ORFs 50-47 в P482, ORFs
49-45 в sk1 и ORFs Е2-Е4 в bIL170). Которые ORFs 47, 48 и 50 от P482 не имеют
или очень мало сходства Последовательности с другими записями в базе данных.
Только последовательность ORF из 49 P482 на 100% совпадает с ORF Е2 из bIL170,
эта функция ORFs неизвестна.
В sk1 "Origin of Replication находится" в этот первый модуль на ВР 440
длинные "Intergenic Region" между ORFs 47 и 48 (Chandry et al., 1997). Через
Последовательность сравнении с sk1 могла Origin на последовательность P482 не гипотетические "of
Replication" быть идентифицированы. Как Alignment ранних генов фаги P482, sk1
и bIL170 (рис. 26) показывает, возникают в этой области никакого Сходства к другим
Фаги 936 вида на. Сравнение "Origin of Replication"-последовательностей sk1
с соответствующими последовательности Lactococcus-фаги c2 (c2-вида), r1t и φ50
(оба P335 видов) также показывает отсутствие значимого Сходства (Hill et al., 1990; van
Sinderen et al., 1996; Waterfield et al., 1996). Все эти Origins содержат "Direct Повторов",
но отличаются по размеру, расположению и частоте повторений Последовательности
или в общую длину Origin-последовательности.
Page 129 |
4. Обсуждение
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Второй гипотетический модуль (P482: ORFs 46-38, sk1: ORFs 44-32, bIL170: ORFs E5
E15) включает как минимум 9 из P482 известных ORFs, сохраняя их viertheit градусов
между 50 и 100%. В sk1 и bIL170 2 вставок, расположенных между 41 и ORF
42. между ORF 43 и 44. Гены это ДНК-сегмента мог еще до сих пор
нет функции подключить.
Аналогично модуль 1 он, скорее всего,в модуле 3 (P482: ORFs 37-31, sk1: ORFs 31-28
bIL170: E16-E22) между фаги перекрестке группу взаимозаменяемых
ДНК-раздел без Сходства на уровне Последовательности действий. Гипотетические белки
отличаются молекулярным весом, в их свойствах и аминокислот
относительно их изоэлектрической точки.
В последнем модуле (P482: ORFs 30-23, sk1: ORFs 27-21, bIL170: E23-E37) раннего
Фаги последовательность генов сходство во всех фаги существующих 7 генов находится на 70-
100%. При P482 происходят в одном месте, у bIL170 ионов в 3 Местах на INSERT.
Для других waisted dsDNA-фаги неоднократно постулировал Модульной теории можно так
также с помощью 3 полной последовательности Lactococcus-фаги наглядно представлять.
В то время как средние и поздние гены регулируются главным образом вертикальной эволюции
и меньший порядковый иметь различия, в области ранних генов все
Последовательность модулей заменить.