Генетические элементы фаги P482
Open Reading Frames
Анализ фаги последовательности показал 55 Open Reading Frames (ORF) (табл. 23)
следующие критерии для идентификации ORFs отвечали: (1) ORF включила
как минимум 30 Кодонов, (2) он начал с одной из для L. lactis выявленных старт кодоны:
AUG, GUG, UUG или AUA (Ширман et al., 1994; van de Guchte et al., 1992), (3) каждому
ORF один сайт связывания Рибосом (RBS) предшествовала, как дополнение к 3'-концу
16S rRNA (3'-UCUUUCCUCCA-5') (Ludwig et al., 1985), существовало.
Возможность для трансляционной связи. 55 ORFs были организованы модульные и
могли быть разделено аналог sk1-последовательность в ранней, средней и поздней зон. К
ранние регион 29 ORFs (ORF 23-51), которые читаются справа налево. Которые
средняя и поздняя в регионе фаги P482 содержит 4 (ORF 52-55) или 22 ORFs (ORF 1-22),
их сетке чтения слева направо.
В основном ORFs соединяют непосредственно друг с другом или накладываются на несколько баз. Это
Фаги генома, содержащего 11 интерактивный genische регионов (IGR), превышающие 30 ВР. Три
IGR находятся между ранней, поздней или средней области фаги гены (ORF
22 - ORF 23 279 ВР, ORF51 - ORF 52 150 ВР, ORF 55 - ORF 1 665+262 bp). Это
Примечание для синтеза polycistronischer мРНК для Трансляции на
отдельных регионов, принадлежащих гены формируются. Дополнительные IGRs находятся в
В начале и/или конце P482-специфические белки ORF 13, ORF 35, ORF 48.
от ORFs, которые встречаются только у bIL170 или sk1 (ORF 11, ORF 37, 47 и ORF ORF
49). У IGR между ORF 28 и 29 соответственно ORF 43 и 44 обратная ситуация,
а именно делеция фаги в P482, перед.
Молекулярный вес фаги из белков колеблется между 3,2 кДа в ORF 34 и 70,2
кДа в ORF 11. Которые изоэлектрической точки прогноза протеины различаются между
4,0 (ORF 50) и 10,2 (ORF 27). Средняя доля основания гуанин и цитозин
на всей последовательности нуклеотидов ORFs составляет 33,9%, что на 1% ниже
G+C содержание общей последовательности. G+C-отношение отдельных ORFs подлежит
значительный диапазон колебаний между и 22,0 40,2%. В Табл. 23 кроме того, которые являются
через запрос к базе данных определили последовательность сходства известных фаги или их
Белков и возможные производные функции P482-протеины показано. В
Последовательность сравнения определяется очень часто одному из двух других Lactococcus-фаги из
936-вид, от которого известна полная последовательность, как ближайших Родственников
| Page 80 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
P482. Сходство на уровне Белка, как правило, между 95 и 99%. Что-то
меньшее Сходство будет для Lactococcus-фаги из двух других видов с2 и
P335 найдены. Как weitläufigere сопутствующих компьютер определяет представителя в
Streptococcus thermophilus-фаги. Из филогенетические дерево содержит эти бактерии вида
также как ближайший родственник вида Lactococcus . Анализ Codon Usage
каждого ORFs не выявил значимых отклонений в L. lactis (Chopin,
1993) использовали частоту отдельных Кодонов.
ORF Пуск
Стоп
Длина
[AS]
МВт
[кДа]
pΙ
%GC взаимо-
Genic
Dist.
Аналогично-
Возможности
%
Iden-
tität
Возможные
Функция
Позднее Регионе
+ 262-
19,9 5,3 37,9 262
φvi (ORF1),
P008 СИД (ORF1),
bIL170 (L1)
sk1 (ORF 1),
712 (L1),
bIL41 (L1)
Terminase -
маленькие
Субблок
"
+ 787-
63,0 5,8 36,3
sk1 (ORF 2),
P008 СИД (ORF 2)
bIL170 (L2)
bIL41 (L2)
Terminase -
большой Untereinh.
"
"
+ 2399-
11,2 9,1 39,4
- 8
bIL41 (L3)
bIL170 (L3)
sk1 (ORF 3)
Структура белка
"
"
+ 2696-
43,3 5,0 32,9
bIL170 (L4)
sk1 (ORF 4)
bIL41 (L4)
Структура белка
Неизвестно
"
+ 3813-
20,0 4,6 36,0 - 17 bIL170 (L5),
sk1 (ORF 5)
bIL41 (L5)
Неизвестно
"
+ 4342-
44,5 6,0 35,4
- 4
sk1 (ORF 6)
bIL170 (L6/7)
bIL41 (L6/7)
Структура белка
"
"
+ 5544-
10,0 6,2 31,0
bIL170 (L8)
sk1 (ORF 7)
bIL41 (L8)
Структура белка
"
"
+ 5807-
10,9 8,0 35,8
bIL170 (L9),
sk1 (ORF 8)
bIL41 (L9)
Структура белка
"
| Page 81 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
+ 6111-
12,7 4,1 35,4
- 7 bIL170 (L10)
bIL41 (L10)
sk1 (ORF 9)
Неизвестно
"
"
10 + 6440-
13,7 10,1 36,2
- Sk1 6 (10 ORF)
bIL170 (L11)
bIL41 (L11)
Неизвестно
"
"
11 + 6862-
70,2 5,0 36,0
bIL170 (L12)
Tuc2009
(ORF 56)
r1t (ORF 47)
TP901-1
(ORF 51)
bIL41 (L12)
с2 (L15)
Sfi21
Неизвестно
"
"
Воротник протеин
"
малые структуры
белка
Белок ф. Хозяинов
специфичность
12 + 8856-
32,3 5,2 39,1
Q7
bIL170 (L13)
sk1 (ORF 11)
Hauptcapsid-
белка
"
"
13 + 9847-
22,5 5,7 33,2
с2 (L15)
Sfi19 (ORF
1291), Sfi21
(ORF1276)
Sfi11 (Р1)
BK5-T (ORF
1904)
малые структуры
белка
Белок ф. Хозяинов
специфичность
“
“
14 + 10468-
10,5 5,1 33,7
bIL170 (L14)
sk1 (ORF 12)
F4-1
Структура белка
"
"
15 + 10763-
19,9 4,8 32,2
bIL170 (L15)
sk1 (ORF 13)
Неизвестно
"
16 + 11275-
96,7 9,3 38,4
2 sk1 (ORF 14),
bIL170 (L16)
F4-1 (Часть)
Sfi19
(ORF1626)
(ORF33)
bIL67
(ORF31)
Структуры
белка
Tail-Компонент
Неизвестно
маленький
Хвост белка
| Page 82 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
17 + 14025-
34,5 5,2 33,4
bIL170 (L17)
sk1 (ORF 15)
Unknown
"
18 + 14921-
42,6 5,1 34,0
sk1 (ORF 16)
bIL170 (L18)
Unknown
"
19 + 16023-
11,9 9,3 33,7 - 22 sk1 (ORF 17)
bIL170 (L19)
Неизвестно
"
20 + 16321-
27,4 7,8 36,3
- 7 sk1 (ORF 18)
bIL170 (L20)
Неизвестно
Основание плиты
белка
21 + 17137-
13,4 7,9 34,5
23 sk1 (ORF 19),
bIL170 (L21)
Holin
22 + 17487-
26,0 6,1 40,2
- 1 bIL170 (L22)
sk1 (ORF 20)
Лизин
"
Раннее Регионе
23 - 18469-
101,2 4,7 30,4 279 sk1 (ORF 21)
bIL170 (E33)
Неизвестно
"
24 - 18729-
7,0
9,7 30,0
- 3 bIL170 (E32)
sk1 (ORF 22)
Фаговая PZA
(ORF 9)
phi 29 (P9)
Неизвестно
"
Tailprotein
“
25 - 18908-
12,2 6,8 35,3
- 1 sk1 (ORF 23)
bIL170 (E31)
Неизвестно
"
26 - 19255-
6,9
6,6 34,8
- 3 bIL170 (E30)
sk1 (ORF 24)
Неизвестно
"
27 - 19422-
6,7 10,2 35,1
bIL170 (E29) 85
Неизвестно
28 - 19591-
9,5
6,2 34,3
- 4 sk1 (ORF 25)
bIL170 (E28)
Неизвестно
"
29 - 19919-
12,5 4,8 36,4
75 sk1 (ORF 26)
bIL170 (E24)
Неизвестно
"
30 - 20227-
4,2
8,4 35,2
sk1 (ORF 27)
bIL170 (E23)
Неизвестно
"
31 - 20352-
91%
26,4 4,6 36,1
r1t (ORF 22)
phi31.1 (ORF
230)
Str. pyogenes
MGAS8232
Неизвестно
“
"
32 - 21070-
35,0 9,1 33,7
25 Str. pyogenes
MGAS8232
Неизвестно
33 - 21971-
9,9
6,7 35,0
- 4 sk1 (ORF 30)
bIL170 (E21)
Неизвестно
"
| Page 83 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
34 - 22220-
3,2
9,8 28,0
- 4 bIL170 (E19) 86
Неизвестно
35 - 22305-
6,7
4,4 33,3
- 4
-
-
Неизвестно
36 - 22513-
11,4 5,5 30,3
37 sk1 (ORF 31)
bIL170 (E17)
Неизвестно
"
37 - 22812-
17,0 9,8 27,1
- 1 bIL170 (E20)
(E37)
r1t (ORF 41)
Пхи-E (ORF 1)
SP82 (ORF 2)
Endodeoxy-
рибону
Неизвестно
Endodeoxy-
рибону
“
38 - 23322-
20,2
9,5 36,9
75 sk1 (ORF 32),
bIL170 (E15)
bIL67 (ORF 16)
С2 (E11)
Неизвестно
“
“
39 - 23831-
8,3
4,5 37,6
- 1 sk1 (ORF 33),
bIL170 (E14)
Неизвестно
40 - 24059-
13,0 5,1 38,1
15 bIL170 (E13)
sk1 (ORF 34)
с2 (E16)
bIL67 (ORF 14)
Неизвестно
"
“
“
41 - 24422-
21,3 6,1 36,8
sk1 (ORF 35)
bIL170 (E12)
TP901-1
(ORF11)
Tuc2009
(ORF14)
Неизвестно
"
“
Предполагаемых
Топоизомеразы I
42 - 24945-
15,9 9,7 36,1 - 27 sk1 (ORF 38)
bIL170 (E10)
Неизвестно
"
43 - 25183-
11,7 9,9 34,0 - 159 sk1 (ORF 39)
bIL170 (E9)
С2 (E13)
bIL67 (10 ORF)
Неизвестно
"
“
“
44 - 25520-
10,6 9,0 32,2
49 sk1 (ORF 41)
bIL170 (E7)
Неизвестно
"
45 - 25776-
4,9
5,0 26,0 - 12 sk1 (ORF 42)
Неизвестно
46 - 25891-
35,5 6,0 37,4
bIL170 (E5)
sk1 (ORF43)
bIL67 (ORF3)
С2 (E5)
ДНК-полимераза
subunit
"
"
"
| Page 84 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
47 - 26956-
13,5 9,8 29,1 120 bIL170 (E20)
(E37)
Endodeoxy-
рибону
48 - 27398-
9,6
9,4 31,7
-
-
-
49 - 28115-
4,5
4,7 27,5 474 bIL170 (Е2) 100
Неизвестно
50 - 28648-
16,2 22,0 9,9 416 bIL170 (E20)
(E37)
Endodeoxy-
рибону
51 - 29061-
7,6 10,0 32,8
- 1 sk1 (ORF 50)
bIL170 (Е1)
Неизвестно
"
Средняя Зона
52 + 29376-
4,8
4,0 32,6 150 sk1 (ORF 51)
bIL170 (M1)
bIL66 (ORF1)
712 (M1)
Неизвестно
"
“
“
53 + 29509-
5,1
4,9 27,3
712 (М2)
bIL170 (М2)
sk1 (ORF52)
bIL66 (ORF2)
Неизвестно
"
"
"
54 + 29637-
18,0 5,9 36,0
- 1 bIL66 (ORF3)
712 (м3)
bIL170 (м3)
sk1 (ORF 53)
C2 (L2)
bIL67 (ORF 23)
Неизвестно
"
Холлидей-Джанкшен
Endonuklease
"
Holin
Неизвестно
55 + 30116-
6,2
6,5 32,1
- 1 sk1 (ORF 54)
bIL170 (М4)
712 (М4)
bIL66 (ORF4)
Неизвестно
"
"
"
Tab. 23. "Open Reading Frames" фаги P482.
Промоутеров
Для выявления промоутер структур, которые были -10 и -35 последовательности из L. lactis
σ39 обнаружены притягивается (TTGACA - 17 bp - TATAAT). RBS был из-за
для 16S рДНК комплементарные нуклеотидные последовательности определены. В P482 7 промоутеров смогли
идентифицируются (табл. 24 и рис. 25). Из выравнивания с другими Lactococcus-
Фаги показывают, что эти структуры в областях с высокой Homo к психологии и sk1
| Page 85 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
bIL170 лежат (PE28 ≅ PE6 из sk1, PE37 ≅ PE3 из sk1, PE43 ≅ PE5 из sk1, PE47 ≅ PЕ2 из sk1,
PE51 ≅ PE7 из sk1, PE52 ≅ PМ из sk1). На примере sk1 функционировании мог
Промоутеры PЕ1PE7 и PМ в эксперименте подтверждены (Chandry et al., 1997).
PE28(19899-19837 ВР):
TGCTTGACAGTGTGAACTTTTTTTGATAATATTGTTTTATAGAAAGGAGATTAAACAATGGCA
PE35(22533-22470 ВР):
TGCTTGACAATTAAAAACAAATAGCTTATAATTGTGTATAGAATAAAGGAGAACAACAATGGAA
PE37(23300-23241 ВР):
ГГЦTTGACAGCTTAGAGTTTTTTTATTATACTTAATACATCGAGTTAAAGAAAGATGAAA
PE43(25529-25465 ВР):
TACTTTACAATAGTAAATAATTTTCATATAATAGTATATATAGAAATAAAGGAGAACTTATGАТА
PE47(27351-27296 ВР):
ГГЦTTGACTTTTCAAGTCTTTTTTCTTATTATATACTAAAGGAGAAATAAATGGGA
PE51(29295-29220 ВР):
TGATTGACTTTGTAGGTATTTTGTGTTATAATCTTTATAGGAGGTAACAATGGCT
PM52
(26412-26476 ВР):
ACTCCAAAAAGTGGATATGCTATAATAGATACAGAAGTTAAGAGAGGAAAGCAAATGACA
Tab. 24. Промоутер структур в P482.
-10 и -35 регион и подчеркнут толстой Напечатано, RBS курсив
Напечатано, а также подчеркивание и Пуск Транскрипции толстая Напечатано
и подставил представлены.
Termina ворот
Определение возможных терминатор-структур осуществлялось с помощью программы
"Терминатор" пакета программ ГУСАР. Между регионе поздних и ранних генов
находится терминатор 1 (18201 - 18228 bp), очень стабильной "stem"-диапазон от 10
bp и ∆G-значение -6,4 ккал/моль образует (рис. 21). Терминатор 2 останавливает
Транскрипция после ORF 38 (23276 - 23309 ВР). 3. Терминатор находится между
ORF 49 и 50 и ORF останавливает от промотор PE51 исходящие транскрипции (28610 -
28644 ВР). Стенограмма средней фаги гены tRNAs и будет терминатор 4
ограничено (30865 - 30888 ВР).
| Page 86 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Рис. 21. Terminator-структур фаги P482.
Структуры Сигнала
Прямых Повторов (ДР) проводились с использованием программы Repeat пакета программ Гузар
определены. Перед первой ORF поздних генов 9 bp длинные последовательности (повторяется 5'-
TAATCTTGC-3') 4 раза (71-117 ВР). При пятом повторе остается DR
неполный и заканчивается 5'-TAATCTT-3'. Эти DR являются частью структуры Сигнала
Чувствительность или резистентность к ген Фаг abiF и передает о себе
вся cos-регион расширяется (промывка IT OFF et al., 2000). После последнего ORF средней
Фаги гены в сфере cos-Сайта были при P482 3 7 ВР долго DR идентифицирует. Один
Сравнение cosрегионах фаги P482, sk1 и 712 (рис. 22) показывает при P482
значительные отклонения от установленных для sk1 и 712 определенные сопротивления-дару
Сигнал структур. Кроме двух отсутствующих Terminase связывания R2 и R4 отходит
также расположение которых cos-Сайт фланговые ИК в P482 из sk1 и 712
известные структуры Сигнала. В cos-Сайт расширяющимся Шпилька может не P482
натренированы.
Терминатор 1
∆G = -6,4 ккал/моль
Терминатор 3
∆G = -6,2 ккал/моль
Терминатор 4
∆G = -4,6 ккал/моль
Терминатор 2
∆G = -5,0 ккал/моль
| Page 87 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Sk1 и 712
P482
Рис. 22. Организация cosрегионе у Lactococcus-фаги P482, sk1 и 712.
IGR между поздней и ранней регионе фаги содержит гены между базами
18187 и 18493 в общей сложности 8 различных 7 до 9 долго ВР DR, которые отчасти друг друга
вложенные месторождения (рис. 23) (DR 1 5'-TAAAAAA-3', 2 DR 5'-CTTTATA-3', 3 DR 5'-
TTTATATTT-3', 4 DR 5'-TTCTTCA-3', 5 DR 5'-TGCTTTCTC-3', DR 6 5'-TTGCTTT-3',
DR 7 5'-GCCTTTT-3', DR 8 5'-TGCTTCAAT-3').
Рис. 23. "Direct Повторов" и "терминатор", расположенный в IGR между концом и
рано стенограмма фаги гены.
DR 1
DR 1
DR 2
DR 2
DR 3
DR 3
DR 4
DR 4
DR 5
DR 5
DR 6
DR 6
DR 7
DR 7
DR 8
DR 8
Поли-
C
Cos
R3
Cos
R3
R4
Поли-
C
R2
DR 1
DR 1
ИК 1
ИК 1
DR 2 DR 2 DR 2 DR 2
DR 2 DR 2 DR 2
Поли-
C
Cos
R3
Cos
R3
R4
Поли-
C
R2
DR 1
DR 1
ИК 1
ИК 1
DR 2 DR 2 DR 2 DR 2
DR 2 DR 2 DR 2
ИК 1
ИК 1
DR 1
DR 1
DR 1
DR 2
DR 2
DR 2 DR 2
DR 2
DR 2
DR 2
Поли-
C
Cos
R3
DR 1
DR 1
ИК 1
ИК 1
DR 2 DR 2 DR 2 DR 2
DR 2 DR 2 DR 2
Cos
R3
R4
Поли-
C
R2
| Page 88 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
В отличие от накопления ДР в IGRs между поздних и ранних генов Фаг
соответственно средних и поздних генов происходят в регионе между ранней и средней
Генов только 2 коротких 7 bp DR на долго, которые простираются на 120 БП. Это соответствует примерно
статистического распределения по всей DR фаги генома. Сигнала функция скорее
маловероятно.
Между ORF 11, который не происходит за исключением P482 в bIL170 и bIL41, но в sk1,
и ORF 12, который в свою очередь во всех виртуализированные фаги 936 вида присутствует
еще один "Direct Repeat"мотив мог быть локализован. 7 bp длинные последовательности 5'-
ATAAAAA-3' повторяется между основаниями 8829 и 8855 3 раза. В 59 ВР длинными
IGR перед ORF 11 DR, состоящий из 8 ВР и один раз повторяется (можно дойти также за 5'-
TGAAATTA-3').
| Page 89 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Рис. 24. Расположение возможных сигнальных структур перед ORF 11 (рис. 24а) и после ORF 11
(Рис. 24B).
P482+В :
P482-В :
bIL170 :
bIL41 :
sk1 :
F4-1 :
*
*
*
*
GGTTATCATGGCATGTAYTTCTTAGTTGARАааааRGGTATGCAAGAТGTCAAAACAACATTGAAAAAAGGCGCTAATTATGCYA
GGTTATCATGGCATGTATTTCTTAGTTGAГАааааAGGTATGCAAGAТGTCAAAACAACATTGAAAAAAGGCGCTAATTATGCCA
GGTTATCATGGCATGTATTTCTTAGTTGAAAAAAAAGGTATGCAAGACGTCAAAACAACATTGAAAAAAGGCGCTAATTATGCТA
GGTTATCATGGТATGTATTTCTTAGTTGAAAAAAAAGGTATGCAAGACGTТAAAACAACATTGAAAAAAGGCGCTAATTATGCТA
GGTTATCATGGCATGTATTTCTTAGTTGAAAAAAAГGGTATGCAAGAТGTCAAAACAACATTGAAAAAAGGCGCTAATTATGCCA
GGTTATCATGGТATGTATTTCTTAGTTGAAAAAAAГGGCATGCAAGACGTТAAAACAACATTGAAAAAAGGТGCTAATTATGCCA
GGTTATCATGGcATGTAtTTCTTAGTTGAaAAaaa GGtATGCAAGA GTcAAAACAACATTGAAAAAAGGcGCTAATTAtgc A
: 85
: 85
: 85
: 85
: 85
: 85
Рис. 24а
DR2
DR3
Стоп
P482+В :
P482-В :
bIL170 :
bIL41 :
sk1 :
F4-1 :
*
*
*
*
*
ATTCAATGAAATTATAAААGTAGAAAGTGGCTTAATTACATTTGATTGAAATTAACAATAATGGTATTTTTAAATGAGTTTAGAT
ATTCAATGAAATTATAГАА------------------------------------------------------------------
ATTCAATGAAATTATAAААGTAGAAAGTGGTTTAATTACATTTGATTGAAATTAACAATAATGGTATTTTTTAATGAGTTTAGAT
ATTCAATGAAATTATAAААGTAGAAAGTGACTTAATTACATTTGATTGAAATTAACAATAATGGTATTTTTAAATGAGTTTAGAT
ATTCAATGAAATTATAГАА------------------------------------------------------------------
ATTCAATGAAATTATAГАА------------------------------------------------------------------
ATTCAATGAAATTATA AA
: 170
: 104
: 170
: 170
: 104
: 104
IR1
DR3
Пуск
ORF 10
ORF 11
Рис. 24B
DR4
IR1
DR4
P482+В :
P482-В :
bIL170 :
bIL41 :
sk1 :
F4-1 :
* 2140
* 2160
* 2180
* 2200
*
TCCACAGGAAAATGGGAAAATATCGGTTCAGCAGTAATTGGTTTAACAACAATATATTATTGGAAACGTACTGCATAAAAATATA
-------------------------------------------------------------------------------------
TCTACAGGAAAATGGGAAAATATCGGTTCGGTAGTGGTTGGTTCAACAACAATATATTATTGGAAACGTACTGCATAAAAATATA
TCCACAGGAAAATGGGAAAATATTGGTTCAGCAGTAATCGGTTCAGTAACGGTATATCATTGGCAACGAACTGCATAAAAAAATA
-------------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------------
: 2136
: -
: 2127
: 2208
: -
: -
ORF 11
Стоп
DR2
P482+В :
P482-В :
bIL170 :
bIL41 :
sk1 :
F4-1 :
* 2240
* 2260
* 2280
AAAAGGААAAТAAAAAATGAAATTAGATTATAACTCACGTGAGATTTTCTTTGGTAATGAAGCTCTARTCGTAGCTG
------ААГAГAAAAAATGAAATTAGATTATAACTCACGTGAGATTTTCTTTGGTAATGAAGCTCTAГTCGTAGCTG
AAAAGGААAAТAAAAAATGAAATTAGATTATAAТTCACGTGAGATTTTCTTTGGTAATGAAGCTCTAATCGTAGCTG
AAAAGGААAACAAAAAATGГAATTAGATTATAACTCACGTGAGATTTTCTTTGGTAATGAAGCTCTAATCGTAGCTG
------ААGGGAAAAAATGAAATTAGATTATAAТTCACGTGAGATTTTCTTTGGTAATGAAGCTCTAATCGTAGCTG
------ААГAГAAAAAATGAAATTAGATTATAAТTCACGTGAGATTTTCTTTGGTAATGAAGCTCTAATCGTAGCTG
AA a AAAAAATGaAATTAGATTATAA TCACGTGAGATTTTCTTTGGTAATGAAGCTCTaatcgtagctg
: 2213
: 175
: 2204
: 2285
: 175
: 175
DR3
ORF 12
DR4
Пуск
| Page 90 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Гены для tRNAs
С программой пакет Omiga 2.0 два гены смогли быть определены для tRNAs
кодирование (рис. 25). После последнего ORF средней фаги области между
База парами и 30488 30558 находится последовательность разделе, для триптофана-
тРНК кодируются. После короткого Spacer стал между основаниями и 30628 30699
Пролин-тРНК локализован. На терминатор 4 (см. фиг. 3.5.2.3) следует
| Page 91 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Г
e
n
e
Tisc
He E
Lemen
te
d
e
S P
ч
ag
en
P
Хи-Reg
ИО
n
Т
Аки
Та
q
I
Т
Аки т
Аки
Т
Аки
Sa
u
AI Sa
u
A
I
Sa
u
AI
Sa
u3
AI
Sa
u
AI
Sa
u
AI
Sa
u3
AI
Sa
u3
AI
0.0
k
b
.0
КБ
2.0
k
b
.0
k
b
4.0
k
b
Тра
J
Тра
J
Та
q
I
Taq
I
Та
qI Ta
q
ITa
q
I
K
b
0.0
k
b
1.0
k
b
.0
k
b
Тра
J
Хи-регион
c
ч
I-R
e
Гион
c
ч
I-регион
Та
q
I
Та
q
I
Sa
u
AI
Sa
u
AI
.0
k
b
.0
k
b
.0
k
b
.0
k
b
Taq
I
.0
КБ
.0
КБ
.0
k
b
.0
КБ
.0
КБ
ch
I-R
e
г
ИО
n
ch
ire
г
ИО
n
-35
Та
q
I
Та
q
I
Та
q
I
Та
qI
Sa
u
AI
Sa
u
AI
Sa
u
AI
Sa
u
AI
Sa
u
AI
КБ
.0
КБ
K
b
Kb
Та
q
I
Т
Аки
Т
Аки
Та
q
I
Та
q
I
Та
q
I
Taq
I
Taq
I
Sa
u
A
I
Sa
u3AI
.0
КБ
.0
КБ
.0
КБ
.0
КБ
c
ч
I-R
e
Гион
Та
q
I
Та
q
I Ta
q
I
Та
q
I
Sa
u3
AI
КБ
КБ
Тра
J
Хи-Reg
ИО
n
Та
q
I
Та
q
I
Taq
I
Sa
u
AI
Sa
u
AI
K
b
.0
k
b
K
b
.0
k
b
Та
q
I
c
ч
I-R
e
Гион
P Е2
P
E3
P E3
P Е4
P
Е4
P E5
P E5
Т 1
Т 3
Т 4
ГТО
Pro
Cos
Cos
ОП
En Re
ad
в
G F
Ram
e
O
R
F
-Б
e
z
e
ic
hn
ООН
г
P4
s
p
e
z
OR
F
Т 1
P Е2
ГТО
co
s
co
s
Сайт
tR
N
A
Si
Si
Si
Si
Si
Si
S
ИГ
n
a
Lstru
Ktur
P
Romo
Ворота
Te
rm
в
АТОР
K
b
ko
Ntin
Uie
Rlic
ч
e
s
Alig
Nme
n
т
S
p
Устройств
s
Т
Ransk
Rip
T: Ge
n
e
1-2
Средней
re
s
Т
Ran
s
k
ript:
Ge
Ne 5
-5
Раннее
S T
РА
n
sk
ript:
Ge
ne
-2
Т 2
Рис. 25. Генетические элементы фаги P482.
| Page 92 |
3. Результаты
_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________